Klubun tarixi 18 avqust 2018-ci ildən başlayır. Klubun drektoru Elgün Hüseynovun böyük əzmi ilə, fədəkarlığı ilə "Marxal Futbol Klubu" adı altında fəaliyyətə başlayır. İlk dönəmlərdə klub qadın futbol klubu idi. Klub Azərbaycan Yüksək Dəstəsinə güclü başlasa da bir müddət sonra dünyanı cənginə alan Covid-19 pandemiyası səbəbiylə liqaya bir müddətlik ara verildi.

2019–2020 illərində Azərbaycanda alınan qərarlar yekununda oyunlar keçirilmədi.

2022/2023 sezonlarında klub artıq kişi futbol klubu şəklində Azərbaycanın ən nüfuzlu həvəskar liqası olan, Region Liqasına vəsiqə qazandı. Yeni mövsüm üçün artıq Marxal ilə tərəfdaşlığı olmayan klub, ad dəyişmə prosesində geçikdiyi üçün bir sezon da əlavə bu adla çıxış etməli oldu. Klub 13 noyabr 2022-ci ildən liqa oyunlarına start verdi. İlk oyunun "Qala" futbol klubuna qarşı oynadı, qonaq getdiyi stadionda qələbə qazandı. Ardından öz stadionunda 4-1 hesabı ilə "Göyəzən" klubunu məğlub etdi. Karyerasının ən fərqli və böyük məğlubiyyətini "Şəki" futbol klubuna qarşı aldı. Şəki derbisindən 13 cavabsız qolla ayrılan klub öz rekordunu qırdı. "Göygöl" klubunu 1-0, "Ağstafa" futbol klubunu 8-1 hesabı ilə məğlub etdi. Klubun oynadığı oyunların sadəcə 2-də Karvan İdman Klubuna məğlub olub.

2022/2023 Region Liqası playy-off oyunları

Region Liqası play-off oyunlarında klubun ilk rəqibi Qobustan FK oldu. İlk oyunu Qaradağlı stadionunda keçirən Şəki klubu, rəqibi ilə heç-heçəyə razı oldu. İkinci qarşılaşma isə 24 aprel tarixində oldu. Bu oyun isə klubun öz doğma meydanında baş tutdu. Klub 4–1 hesabı ilə növbəti mərhələyə vəsiqə qazandı.

Bu dönəm artıq rəqib klubda bəlli idi - Xəzər Lənkaran. İlk oyun Şəki təmsilçinin öz meydanında baş tutdu. 30 aprel 2023-cü ildə başlayan oyunu Şəki klubu 3–1 hesabı ilə qazandı.

Lakin oyunun başa çatmasından çox keçmədən Xəzər klubu ilə Şəki klubu arasında narazılıqlar özünü brüzə verdi. AFFA-ya edilən şikayətdən sonra 3–1 hesablıq nəticə ləğv olaraq 3:0 hesablı texniki məğlubiyyət verildi Lənkaran təmsilçisinə.

Səbəb kimi isə turnir qaydalarının 5.3-cü bəndinin pozulması göstərildi. Növbəti oyun isə Şəki Siti klubu üçün 2-0 məğlubiyyətlə bitsə də, 1 qol fərqi ilə növbəti mərhələyə keçdi.

Klubun ilk loqosu mor rəngdə olan butaların üzərində top şəkili yer almışdır. Buda öz növbəsində klubun qadın futbol klubu olmasını bildirirdi.

2020-ci ildə isə klub emblemi tamamiylə dəyişib. Bu loqonun istifadəyə verilməsinə səbəb isə, Şəkidə baş verən ayı olayı ilə bağlıdır. Belə ki, o bölgədə tez-tez ayıların şəhərə enmələri hadisələri müşahidə olunur. Bəzən isə Kütləvi İnformasıya Vasitələri tam əksindən, insanların ayı ovlamağında bəhs edir. Elgin Hüseynov loqo dəyişikliyinin səbəbinin qonur ayıların nəslinin tükənməsi olduğunu açıqlayıb. Yeni loqo dairəvi formadadır, loqonun mərkəzində kükrəyən ayı təsvirinə yer verilmişdir. Başında şah tacı olan bu ayının tacının üzərinə Şəki adı yazılmışdır.

2022-ci ildə isə klub 3-cü loqosunu istifadəyə verdi. Bu loqoda isə, loqonun formatı biraz daha fərqlidir. Bozqurd şəklindədir. Loqonun mərkəzində klubun adına, alt tərəfində isə Şəki xan sarayının şəkilinə yer verilmişdir. Üst tərəfində isə Şəkinin dağının rəsmi verilmişdir. Həmçinin Siti sözündə yer alan "İ" hərfi qüllə şəlində yazılmışdır.

• Klub 14 oyuna 49 qol vurmuşdur. Bu isə yer aldığı liqanın bu sahədə ən böyük göstəricidir.
• 14 oyunun 11-də qalib olaraq liqada yeni ən yaxşı göstəriciyə sahib olmuşdur.

Klubda həmçinin U10-dan U14-də qədər bir çox komanda fəaliyyət göstərir.

• — Instagram səhifəsi
  
• — Instagram səhifəsi
  

• Azərbaycan futbol klublarının siyahısı
• Şəki
• AFFA