1989-cu ildə Tacikistan Sovet Sosialist Respublikasında 15000 yəhudi yaşadığı halda bu gün ölkədə demək olar ki, heç bir yəhudi qalmamışdır. Bütün yəhudilər (əsasən Buxara) ABŞ-a və İsrailə köç etmişlər. 2006-cı ildə Tacikistan hökuməti tərəfindən ölkədə qalan yeganə sinaqoq və yəhudi məktəbi dağıdılmışdır.

İki ölkə arasındakı münasibətlər 1992-ci ildə, Tacikistan müstəqillik qazandıqdan sonra başlamışdır. Lakin fələstinlilər və iranlıları dəstəkləyən əhali buna etiraz etmişdir. Tacikistan İran ilə sıx iqtisadi, sosial və mədəni əlaqələrdə olan bir müsəlman ölkəsidir. İranın nüvə proqramını dəstəkləyir, İrana tətbiq olunan beynəlxalq sanksiyaların əleyhinədir və eyni zamanda BMT-də İsrailə qarşı mübarizədə fələstinlilərin tərəfinə fikir ifadə edir Bütün bunlara baxmayaraq, İsrail Tacikistanla Orta Asiyada yəhudi dövlətinə qarşı ittifaq yaranmasının qarşısını almaq üçün münasibətləri davam etdirməyə çalışır. 1992-ci ildə münasibətlər qurulduqdan sonra Tacikistan prezidenti İsrailin Rusiyadakı səfiri ilə görüşdü və təcili olaraq yəhudi dövlətinin köməyinə ehtiyac duyduğunu bildirdi: iqtisadi, texniki və elmi.

Tacikistanın Fələstinə və İrana verdiyi dəstək səbəbindən iki ölkə arasındakı siyasi münasibətlər hələ də sərin olaraq qalır. Tacikistan hökuməti israilli həmkarlarını BMT və İslam Əməkdaşlıq Təşkilatında səs verərək Tacikistanın Fələstin və İrana dəstəyini qəbul etməli olduqlarına inandırmağa çalışır. İsrailin bu iki ölkə ilə münasibətləri onunla Tacikistan arasında tam hüquqlu münasibətlərə imkan vermir.

İsrail, Tacikistana əməliyyatlar aparmaq üçün həkimlər göndərir və yerli su mütəxəssisləri yetişdirir. 2013-cü ilin fevral ayında hər iki ölkənin Xarici İşlər Nazirlikləri ikitərəfli məsləhətləşmələr apardılar və Anlaşma Memorandumu imzaladılar. Gələcəkdə də məsləhətləşmələri davam etdirmək niyyətlərini ifadə etdilər. 2013-cü ilin iyul ayında İsrail iş adamları Düşənbədə olmuş və ikitərəfli iqtisadi əlaqələrin genişləndirilməsi məqsədilə Tacikistan Xarici İşlər Nazirinin müavini ilə görüşmüşdür.

Ölkələr əsasən kənd təsərrüfatı sahəsində əməkdaşlıq edirlər. Tacikistanda kənd təsərrüfatı ÜDM-in 23% -ni gətirir və ölkə əhalisinin 75% bu sahədə işləyir. Ancaq ölkənin çox az ərazisi kənd təsərrüfatına yararlıdır. Səbəb isə geniş ərazilərin dağlıq bölgə olmasıdır.

2009–2013-cü illərdə İsraildən Tacikistana ixrtacın illik dövriyyəsi 400 000 dollar olmuşdur. Əks istiuqamətdə isə cəmi 5 000 dollar təşkil etmişdir.