Pakistanın İsraillə əlaqəsi ilk diplomatik əlaqələrin qurulmasına cəhdlər 1947-ci ildə edild. İsrailin ilk Baş Naziri David Ben-Qurion Pakistanın qurucu atası Məhəmməd Əli Cinnaha teleqram göndərdi. Ancaq Cinnah ona cavab vermədi. Daha sonra 1949-cu ildə İsrailin Xarici İşlər Naziri Pakistanın paytaxtı olan Kəraçidə bir nümayəndəlik aça biləcəyinizə və ya heç olmasa açıq ticarət etmək imkanının olacağına inandı. Pakistanın Londondakı səfiri ilə İsrail və yəhudi təşkilatlarının nümayəndələri arasında ilk əlaqə 1950-ci illərin əvvəllərində edildi. Onlar Pakistan hökumətindən Əfqanıstandan çıxmaq və İsrailə mühacirət etmək istəyən bir neçə yüz yəhudi üçün Hindistana tranzit icazəsi verilməsini istədilər. Pakistan hökuməti onlara tranzit viza verməkdən imtina etdi və yəhudilər Əfqanıstanı İran üzərindən tərk etdilər.

1952-ci ildə Pakistanın xarici işlər naziri olan Məhəmməd Zafrullah xan İsrailə qarşı sərt siyasətini davam etdirdi və ərəb dövlətlərinin birliyini müdafiə etdi. Beləliklə Xanın siyasəti ərəb dövlətləri ilə strateji əlaqələrin qurulmasına səbəb oldu.

2019-cu ilin yanvar ayında Kəraçi şəhərində yaşayanyəhudi əsilli bir Pakistan vətəndaşı olan Fişel Xalid, ölkə tarixində ilk dəfə olaraq ölkəsinin səlahiyyətlilərindən İsraili ziyarət üçün icazə aldı.

1948-ci il İsrail-Ərəb müharibəsi zamanı İsrailin Vaşinqtondakı diplomatik missiyasına Pakistanın ərəb müxaliflərinə hərbi yardım göstərməyə çalışdığı, Pakistanın yəhudi dövləti ilə döyüşmək üçün bir Fələstinə bir batalyon göndərəcəyi barədə məlumat verildi. Pakistan Çexoslovakiyadan ərəblər üçün nəzərdə tutulmuş 250.000 tüfəng alıb. Pakistanın misirlilər üçün İtaliyadan üç təyyarə aldığı da məlum olur.

Pakistan Hərbi Hava Qüvvələri 1967-ci ildəki Altı günlük müharibə və 1973-cü il Yom Kippur müharibəsində iştirak etdi. Pakistan pilotları İordaniya və Suriya təyyarələrində uçurdular. Qarşıdurmalarda iştirak edən pilotlar İsrail təyyarələrini vururdular. Keçmiş Pakistan bombardmançı pilotu Sayful Azam, Altı günlük müharibə zamanı ən azı 4 İsrail təyyarəsini vurduğunu söylədi. Yom Kippur müharibəsindən sonra Pakistan və FAO Pakistan hərbi akademiyalarında FAO zabitlərinin hazırlanması haqqında saziş imzaladı. 1982-ci il Birinci Livan Müharibəsi zamanı Pakistanlı könüllülər FAO sıralarında xidmət etdi və onlardan 50 nəfər Beyrutun mühasirəsi əsnasında tutuldu.

«Time» jurnalının məlumatına görə, fransız ziyalı Bernard-Henri Levinin sözlərinə görə Amerikalı bir israilli olan Daniel Pearlnın ölümüün rxasında Pakistanın kəşfiyyatı durur. BBC və Time jurnalının digər xəbərlərinə görə pakistanlı hərbçilər Daniel Perlin Amerikan jurnalisti adı altında İsrail Mossadına xidmət etdiyi üçün həhv etmişlər.

Bundan əlavə Pakistanın dini siyasi partiyaları və Camaat-i-İslami, Jamiat Ulema-e-İslam və Laşkar-Taiba kimi silahlı qruplar, İsraillə hər hansı bir əlaqəyə şiddətlə qarşı çıxır və İsraili daim İslam və Pakistanın düşməni adlandırırlar.

Pakistan öz vətəndaşlarına İsrailə getmələrini qadağan edir və bütün Pakistan pasportlarında «Bu pasport İsraildən başqa dünyanın bütün ölkələri üçün etibarlıdır» yazısı var.

1980-ci illərdə İsrailin Hindistanın köməyi ilə və ya olmadan Pakistanın bomba arsenalına mümkün bir hücum planlaşdırdığı bildirildi. 1981-ci ildə İraq nüvə reaktorunun məhv edilməsindən sonra İsrail 1980-ci illərdə Hindistanla birlikdə Kahutdakı Pakistanın nüvə obyektlərinə bənzər bir hücum planlaşdırmışdı. Peyk görüntülərindən və kəşfiyyatından istifadə edərək İsrailin F-16 və F-15 pilot dəstələrinin hücum hazırladığı Kahutda obyektin tam miqyaslı bir modelini qurduğu bildirildi. «The Asian Age» jurnalının məlumatında jurnalistlər Adrian Levi və Katerina Skott-Klark «Deception kitabında qeyd etdilər: Pakistan, ABŞ və İsrail Silahlı Qüvvələrinin toplandığı Qlobal Silahlar Birliyi Hindistanın Gucarat bölgəsindəki CamnaQar hava bazasından 1980-ci illərin ortalarında Kahutuya hücum planlaşdırır. Kitabda deyilir ki, 1984-cü ilin mart ayında Baş nazir İndira Qandi, Hindistan, Pakistan və İsrailə bir nüvə qarşıdurmasının çıxara biləcək bir İsrail əməliyyatı üçün icazə imzaladı.».

1 oktyabr 2015-ci ildə İsrailin Baş naziri Benyamin Netanyahu New Yorkdakı Serafinada əvvəlcədən planlaşdırılan naharını ləğv etdi. Bun səbəb pakistanlı həmkarı Nəvaz Şərifin də eyni zamanda orada nahar etməsi olur. Bu ərəfələrdə Pakistan tərəfi "İsrailin Fələstindəki açıq vəhşiliyi" haqqında fikir bildirmişdir.

Bəzi İsrail siyasətçiləri hesab edirlər ki, Pakistanla diplomatik münasibətlər qurulduqdan sonra bu ölkə İsrail ilə müsəlman dünyası, o cümlədən ərəb ölkələri arasında körpü ola bilər. İsrail və Pakistan hökumətlərinin bir-biri ilə rəsmi münasibətləri olmasa da, iki ölkə arasında çox sayda əlaqə mövcuddur. Jang News-a görə yüksək səviyyəli Pakistan rəsmilərinin İsrailə səfərləri haqqında çox sayda xəbər var.. Pakistanın keçmiş prezidenti Pərviz Müşərrəf İsraillə diplomatik münasibətlər qurmaq barədə açıq bəyan etmişdir.

2019-cu ilin mart ayında Pərviz Müşərrəf ölkəsinin Hindistanla münasibətləri normallaşdırmaq üçün İsrail ilə münasibətlər qurmağa borclu olduğunu bildirdi. Bundan əlavə Pakistanda İngilis dilində nəşr olunan Daily Times yazır ki, İsrail və Pakistan "ideoloji fərqlər" istisna olmaqla düşmən deyillər və Qüds ilə Yeni Dehli arasındakı yaxın əlaqələrə görə Pakistan hökuməti israillilərlə praqmatik əsaslarla dialoqu bərpa etməlidir.