SSRİ-nin dağılmasından sonra, 1991-ci ilin dekabrında İsrail Özbəkistanın müstəqilliyini tanıyır. Özbəkistan da öz növbəsində İsrail dövlətinin müstəqilliyini tanıyır. Rəsmi olaraq, iki ölkə arasında diplomatik münasibətlər 10 aprel 1992-ci ildə qurulmuşdur. Həmin ilin may ayında Daşkənddə İsrail dövlətinin Özbəkistan Respublikasındakı Səfirliyi açılır. Özbəkistan da öz növbəsində İsraildə bir konsulluq açır və 1997-ci ildə Tel-Əviv yaxınlığındakı Ramat-Qan şəhərində yerləşən səfirliyə çevrilir. Diplomatik münasibətlərin bütün dövrü ərzində iki ölkə arasındakı münasibətlər sabit vəziyyətdədir.

1994-cü ilin iyul ayında İsrail Xarici İşlər Naziri Şimon Peres Özbəkistana rəsmi səfər edir. İnvestisiya, hava daşımaçılığı, nəqliyyat və turizm sahələrində əməkdaşlıq müqavilələri imzalanmışdır. 1997-ci ilin aprelində Özbəkistan Xarici İşlər Naziri Əbdüləziz Kamilov rəsmi olaraq İsrailə səfər edir. Səfər zamanı mədəniyyət, elm və tibb sahəsində müqavilələr imzalanmışdır. Özbəkistan Hökuməti ilə İsrail Hökuməti arasında turizm sahəsində əməkdaşlıq haqqında saziş 4 iyul 1994-cü ildə imzalanmış və 31 dekabr 1995-ci ildə qüvvəyə minmişdir. Bu müqavilələrin imzalanmasından sonra turizm sektorunda əməkdaşlığın böyüməsi baş tutur.

1998-ci ilin iyul ayında Sənaye və Ticarət Naziri Natan Şaranskinin başçılıq etdiyi İsrail işgüzar dairələrinin nümayəndə heyəti Özbəkistanı ziyarət edir.

14-16 sentyabr 1998-ci il tarixlərində Özbəkistan Respublikasının Prezidenti İslam Kərimov İsrailə rəsmi səfərə gəlir. Bu səfər ölkələrin ikitərəfli münasibətlərini yeni səviyyəyə qaldırır. Səfər zamanı müxtəlif sahələrdə səkkiz müqavilə imzalanmışdır. İqtisadi əməkdaşlıq üzrə Özbəkistan-İsrail komissiyası yaradılır. Elə həmin il "Özbəkistan-İsrail" ortaq dostluq cəmiyyəti qurulur. Tibb, turizm, nəqliyyat, elm və informasiya texnologiyaları sahələrində əməkdaşlıq aktiv şəkildə inkişaf edir. Münasibətlərin ilk illərində İsrail əsasən Özbəkistandan qızıl, gümüş, pambıq, yun və dəri idxal edirdi. Daha sonra Özbəkistandan idxal olunan malların siyahısına tekstil, kimyəvi məhsullar, metal və digər materiallar daxil olur. Özbəkistan İsraildən ev, inşaat və kənd təsərrüfatı avadanlığı, qara metal, plastik və plastik məhsullar, optik məhsullar, qida, qəhvə, çay, ət və balıq məhsulları, dərman və digər mallar alır. Daşkənd və Tel-Əviv hava limanları arasında müntəzəm hava əlaqəsi mövcuddur.

Hər iki ölkədə ortaq kapital iştirakı da daxil olmaqla müxtəlif firma və müəssisələr fəaliyyət göstərir. Xüsusilə Özbəkistanda 45-dən çox İsrail firması, şirkəti və müəssisəsi fəaliyyət göstərir.

2019-cu ilin oktyabrında bir anlaşma memorandumu imzalanır. Bu anlaşmaya görə Özbəkistan İsrailin Watergen şirkəti tərəfindən hazırlanmış havadan su çıxarmaq üçün bir neçə min qurğu alacaq. Əməliyyatın ümumi məbləği bir neçə milyon ABŞ dolları olaraq qiymətləndirilir.

10 fevral 2018-ci ildə Özbəkistan İsrail vətəndaşları üçün 30 gün müddətinə vizasız rejim tətbiq edir. Bu Prezident Şavkat Mirziyayevin "Özbəkistan Respublikasının turizm potensialının inkişafı üçün əlverişli şəraitin yaradılması üçün əlavə təşkilati tədbirlər haqqında" fərmanı ilə təmin edilmişdir.