Atası Cəfərqulu xanın ölümündən sonra Şəkidə hakimiyyətə başladı və Çar Aleksandrın 22 may (Yuli təqvimi ilə: 10 may) 1815-ci il tarixli fərmanı ilə rəsmi şəkildə Şəki xanı kimi təsdiqləndi. Lakin o, Rus hakimiyyət dairələrinin ümidlərini doğrultmamışdı. Yüksək çinli Rus məmurlarının öz aralarındakı raportlarında İsmayıl xanı hətta "великий дурак" da adlandırmışdılar. Nəhayət, İsmayıl xan xəstələndi və bir həftəlik yataq vəziyyətindən sonra 5 avqust (Yuli təqvimi ilə: 24 iyul) 1819-cu ildə öldü. Belə bir fürsət gözləyən ruslar isə onun oğul varisinin olmamasını bəhanə edərək Şəki xanlığının ləğv edildiyini və yerində Şəki əyalətinin yaradıldığını elan etdilər. Şamaxı xanı Mustafa xan o vaxt iddia etmişdir ki İsmayıl xanı ruslar öldürüblər. Ruslar isə öz növbələrində onun, bacısı Sara bəyim tərəfindən zəhərlənməsindən şübhələndiklərini bildirirdilər.

Şəki xanlığının ləğv edilməsindən az sonra, ruslar mərhum xanın qohum-əqrəbasının bir qisminə illik təqaüd kəsdilər. Məsələn, "Kiçik ağa" ləğəbi ilə tanınan əmisi oğlu Kəlbəli bəyə əvvəl 1300, sonra isə 2300; Kəlbəli bəyin anası Səltənət bəyimə 1200 manat və s. Lakin bununla yanaşı, həm də onlara Nuxanı tərk etmək "məsləhət" görüldü.

İsmayıl xanın ölümündən sonra əmisi oğlu Kəlbəli bəy rus hakimiyyət dairələrinə rəsmən müraciət edərək mərhumun nəşinin Kərbəlaya aparılması üçün təşkilati köməklik göstərilməsini istəmişdir.

İsmayıl xanın arvadı Şəkinin yerli xanlarından olan Məhəmməd Həsən xanın qızı Tuti ağa idi. Tüti ağa İsmayıl xanın 2 qızının anasıdır və bu qızlardan biri isə İsmayıl xanın ölümündən bir-neçə gün sonra dünyaya gəlmişdir.

• Aydın Məmmədov. Fətəli xan Xoyskinin əsli nəcabətinə dair faktlar, "Elm" qəzeti, 4 oktyabr, 2002-ci il.

• — İsmayıl xan Xoyski məqaləsi