Ağakişiyev İsmayıl Əlövsət oğlu 1961-ci il oktyabrın 29-da Bakıda anadan olub. 1988-ci ildə M.V.Lomonosov adına Moskva Dövlət Universitetinin tarix fakültəsini fərqlənmə diplomu ilə bitirib. 1988-1991-ci illərdə M.V.Lomonosov adına Moskva Dövlət Universitetinin humanitar fakültələri nəzdində Vətən tarixi kafedrasında əyani aspiranturada oxuyub. 1991-ci ildə “Hümmət” sosial-demokrat partiyasının yaradılması və fəaliyyəti (1904-1911-ci illər)” mövzusunda namizədlik dissertasiyası müdafiə edib.

2005-ci ildən İ.Ağakişiyev postsovet məkanının öyrənilməsi üzrə informasiyaanalitik mərkəzin əməkdaşıdır. “Rusiya–Azərbaycan” adlı xüsusi layihənin rəhbəridir. 2006-cı ildən M.V.Lomonosov adına Moskva Dövlət Universitetinin tarix fakültəsinin yaxın xarici ölkələrin tarixi kafedrasında dərs deyir.

İ.Ağakişiyev “Bakı neft sənayesinin tarixi və İkinci neft bumu (XIX əsrin ikinci yarısı – XXI əsrin başlanğıcı)” monoqrafiyasının (2011) müəllifidir. Onun qələminin məhsulları arasında, həmçinin, 50-dən çox elmi iş, o cümlədən “1904-1911-ci illərdə Zaqafqaziyada “Hümmət” (“Birlik”) sosial-demokrat partiyasının yaradılması və fəaliyyəti” (1993), “Azərbaycan demokratları və İranda 1905-1911-ci illər inqilabı” (1996), “İkinci Dövlət Duması və azərbaycanlı deputatların fəaliyyəti” (1998), “Birinci Rus İnqilabı illərində azərbaycanlılarla ermənilər arasında çar gizli polisi tərəfindən təşkil edilmiş birinci milli münaqişə və bu münaqişədən çıxış yolları” (1999), “Dünya dinlərinin tarixi” (2005) əsərləri (hamısı rus dilində) var. O, “Azərbaycan tarixi. Ən qədim dövrlərdən 1991-ci ilə qədər” (1991), “Xəzər regionu ölkələrinin neft sənayesinin tarixi (1993-2005-ci illər)” (2011), “Qafqazda geosiyasi proseslər” (2012) tədris kurslarının müəllifidir.

İ.Ağakişiyev “Kavkazskiy Vestnik” layihəsinin təşkilatçılardan biri və baş direktorudur. 2014-cü ildən fəaliyyət göstərən bu analitik informasiya agentliyi Azərbaycanda baş verən proseslər haqqında obyektiv və mötəbər məlumatın çatdırılması üzrə fəal iş aparır.

İ.Ağakişiyev 2014-cü ildən həm də “Şimal-Cənub” politoloji mərkəzin icraçı direktorunun müavini, bu mərkəzin media-layihələrinin rəhbəridir.

İ.Ağakişiyev M.V.Lomonosov adına Moskva Dövlət Universitetinin tarix fakültəsinin dosentidir. O, həm Rusiyada, həm də digər ölkələrdə təşkil edilən çoxsaylı elmi konfransların və “dəyirmi masa”ların daimi iştirakçısıdır. Tələbələr üçün azərbaycanşünaslıq kursu aparmaqla, Azərbaycan üzrə mütəxəssislər hazırlayır.

İ.Ağakişiyevin elmi maraqlarının əhatə dairəsi: Azərbaycan tarixi, dinşünaslıq, Azərbaycanın ictimai hərəkatları, Azərbaycanın müasir siyasi tarixi, Xəzər problemi.