İsaak Komninin hansı nəsildən olduğu haqqında məlumatlar çox azdır və hələ də mübahisə mövzusudur. Bizans tarixçisi Nikitas Xoniata görə İsaak imperator I Manuilin qardaşı İsaak Komninin və Feodora Kamterin oğlu idi. Bu yazılanlardan belə çıxır ki, İsaak adlı-sanlı bir ailənin övladı olub. Başqa bir mənbədə isə anasının adı İrene kimi qeyd olunur. Aleksandr Sturdza onun atasının I Andronikin zamanında edam edilən Andronik Duka Kamteros ola biləcəyini yazır.

1174 və ya 1175-ci ildə imperator I Manuil İsaakı Tarsusa hakim təyin edir. İsaak hakim olduğu dövrdə Klikiya knyazı III Rubenə qarşı müharibə aparırdı. Ancaq bu mübarizə onun üçün uğursuz bitdi. Əsir götürülən İsaak bir neçə il Klikiyada həbsdə qaldı və daha sonra Antioxiya hökmdarı III Boemunda təhvil verildi. İsaak 1182 ya da 1183 ildə azadlığa buraxıldı. Onun həbsdən çıxmasında Feodora Komnina, Konstantis Mokraduk və Andronik Komteros böyük rol oynayır.

Vətəninə qayıtdıqdan sonra İsaak muzdlu döyüşüçülərdən ibarət dəstə quraraq Kiprə yollanır. O adada saxta sənədlərlə bu torpaqların Bizans hökmdarına aid olduğunu və özünün bura hakim təyin olunduğunu deyir. Ancaq qısa müddət sonra İsaak Kipri müstəqil hökmdar kimi idarə etməyə başladı. Bu xəbəri eşidən imperator Andronik İsaakın həbsdən çıxmasına vasitə olan Konstantik Mokraduku və Andronik Komterosu edam etdirdi. Bizansın yeni imperatoru II İsak Anqel Kipri ələ keçirməyə cəhd göstərsədə, göndərdiyi qoşun darmadağın edilir. Nikitas Xoniata görə İsaak Komnin çox zalım bir insan idi. Onun hakimiyyəti altında kiprlilər çox əziyyət çəkirdilər.

1191-ci ildə İngiltərə kralı I Riçardın bacısı və həyat yoldaşı Kipr adası yaxınlığında qəzaya uğrayır və İsaak tərəfindən əsir alınır. Üçüncü səlib yürüşü zamanı I Riçard yaxınlarını xilas etmək üçün adaya hücum etdi. Qısa müddət ərzində adanı ələ keçirən kral, hökmdarı da əsir aldı. Əvvəlcə Qüdsdə, daha sonra Liviyada əsirlik həyatı yaşayan İsaak yalnız 1194-cü ildə azadlığa qovuşdu.

Həbsdən çıxdıqdan sonra İsaak Bizansa qarşı mübarizə aparmaq istəyi ilə Rum sultanlığına yollanır. Ancaq istəyi qəbul olunmur və 1196-cı ildə zəhərləndirilərək öldürülür.

İsaak Komnin iki dəfə evli olmuşdur. Birinci həyat yoldaşı Kilikiya knyazı II Toros qızı İzabella idi. Bu izdivacdan onların bir oğul və bir qızları olur. Güman edilir ki, ikinci həyat yoldaşı Siciliya kralı I Vilyamın qızı olub.

1. Europäische Stammtafeln, Stammtafeln zur Geschichte der europäischen Staaten, Margurg, J. A. Stargardt.