1963-cü ildə orta məktəbi qızıl medalla bitirmiş və Azərbaycan Neft və Kimya İnstitutuna daxil olmuş və 1968-ci ildə İstehsalat proseslərinin avtomatlaşdırılması faklütəsini fərqlənmə diplomu ilə bitirmişdir. 1969-cu ildə aspiranturaya daxil olmuş və 1973-cü ildə namizədlik dissertasiyası müdafiə etmişdir. İsa Abdullayev pedaqoji-elmi fəaliyyəti həmişə Azərbaycan Dövlət Neft Akademiyası ilə bağlı olmuşdur. O, burada assistent, dosent və avtomatika, telemexanika və elektronika kafedrasının müdiri işləmişdir. 1992-ci ildən doktorluq dissertasiyasını müdafiə edib texnika elmlər doktoru alimlik dərəcəsi, 1993-cü ildə isə professor elmi adını almışdır. İstehsalat proseslərinin avtomatlaşdırılması fakülətsinin dekanı olub.

İsa Abdullayevin elmi fəaliyyəti, təkcə Azərbaycanla məhdudlaşmayıb. 1979–1980-cı illərdə o, Amerika Birləşmiş Ştatlarının Pensilvaniya ştatında yerləşən Pensilvaniya Universitetində Fulbrayt fondunun təsis etdiyi IREX (Beynəlxalq elmi tədqiqatlar mübadiləsi) proqramı üzrə xarici həmkarları ilə elmi tədqiqat işləri aparmışdır.

1986–1987-ci illərdə isə Çinin Xarbin Universitetində mühazirələr oxumuş, dəfələrlə Beynəlxalq konfranslarda məruzələrlə çıxışı etmişdir. Professor İsa Abdullayev bir monoqrafiyanın, 100-dən artıq elmi məqalə və məruzənin, 30 ixtira və patentin, 8 dərs vəsaitinin müəlifidir. Elmi işlərinin böyük əksəriyyəti siqnalların rəqəmli işlənməsi və elektronika sənayesi məhsullarının keyfiyyətinə nəzarət və idarəetmə üçün avtomatlaşdırılmış sınıq-diaqnostika sistemlərinin yaradılması problemlərinə həsr etmişdir. Onun rəhbərliyi altında 10 nəfər elmlər namizədi yetişmişdir.