1955-ci ildə Pakistan İran, İraq və Türkiyə ilə birlikdə Bağdad paktı hərbi-siyasi ittifaqına daxil olur. 1958-ci ildə İraqda 14 iyul inqilabı baş verir. 1959-cu ildə Bağdad Paktından ayrılmağa qərar verən Abd əl-Kərim Qasim hakimiyyətə gəlir.İran-İraq müharibəsi zamanı Pakistan prezidenti Məhəmməd Ziyaülhaqq bu ölkəyə silah tədarük etməyə başlayaraq İranın tərəfini tutur.

1991-ci ildə Körfəz müharibəsi başlayır. Pakistan Silahlı Qüvvələrinin bölmələri Səudiyyə Ərəbistanına və bununla da Pakistan beynəlxalq koalisiya qüvvələrinin İraqa qarşı müharibəsinə qoşulur. Pakistan Səudiyyə Ərəbistanındakı müsəlman dini yerlərini qorumaq üçün təxminən 11.000 əsgər göndərir. Ölkə daxilində Pakistan hökumətinin müharibədə beynəlxalq koalisiyanın tərəfini tutması qərarı birmənalı qarşılanmır. Pakistanlılar Səddam Hüseynin Küveyti ələ keçirilməsini doğru bir şey olduğu fikrini açıq şəkildə dilə gətirir. Pakistan Silahlı Qüvvələrinin generalı Mirzə Aslam Beq, ölkə liderlərini çətin vəziyyətdə qoyan və generalın vəzifəsindən uzaqlaşdırılmasına səbəb olan İraq hökumətinə dəstəyini açıq şəkildə bildirir.

2003-cü ildə İraq müharibəsi başlamazdan əvvəl Pakistan hökuməti İraqa qarşı hər hansı bir hərbi əməliyyata qarşı olduğunu açıqlayır. Pakistanın daxilində ictimaiyyət hökumətin müharibəyə qarşı mövqeyini dəstəkləyir. İraq müharibəsinin aktiv fazası bitdikdən sonra Pakistan hökuməti, lazım gələrsə barışı qorumaq üçün İraqa əsgər göndərməyə hazır olduğunu bildirir. Lakin Amerika Birləşmiş Ştatları və Böyük Britaniya Pakistan hökumətinə bu ölkənin qoşunlarını İraqa göndərmələrini xahiş etdikdə, onlar bu xaişi rədd edir. Pakistan İraqdakı ABŞ liderliyindəki koalisiya qüvvələrinə qarşı qiyamın miqyasını və bu ölkədəki daxili anarxiyanı nəzərə alaraq, əsgərlərini bura göndərməyin bir mənası olmadığını bəyan edir.

İraqda pakistnlıların girov götürülməsi İraq-Pakistan münasibətlərini təhdid edir. 2004-2005-ci illərdə İraqda 14 Pakistan vətəndaşı girov götürülür. Üstəlik bunlardan ikisi öldürülür. ABŞ qoşunlarının İraqdan çıxmasından sonra İraq-Pakistan münasibətləri yaxşılaşır. 2013-cü ildə İraq və Pakistan bir müdafiə paktı imzalayır.

2011-ci ildə İraqın İslamabaddakı səfiri Rüşdi Əl-Ani Pakistanı müsəlman bir super güc hesab etdiyini söyləyərək, İraqın bu ölkəyə güzəştli şərtlərlə neft tədarükünə davam etməyə hazır olduğunu bildirir. 2014-cü ildə İraq Pakistanla müdafiə əməkdaşlığı çərçivəsində Pakistanın PAC Super Mushshak təlim təyyarəsini satın alır.

2008-ci ildə Pakistan İraqa 24 milyon dollar dəyərində mal tədarük etmişdir.