İran və Yaponiyanın ən azı 7-ci əsrdən bəri birbaşa ticarət əlaqələri olduğu bilinir. Yapon alimlərinə görə, 1960-cı illərdə ilk dəfə kəşf olunan bir taxta parçasının araşdırmaları daha geniş əlaqələrə işarə edə bilər. İnfraqırmızı görüntüdə taxta üzərində (Yaponiyada kağızdan əvvəl ən çox yayılmış yazı səthi) əvvəllər oxunması mümkün olmayan, ölkədə yaşayan bir fars məmurunu göstərən işarələr aşkar edilmişdir. Koreyada olduğu kimi Yaponiyada da fars dilinin güclü bir mədəni təsiri var.

1878-ci ildə Yaponiyanın Rusiyadakı səfiri Enomoto Takeaki, Sankt-Peterburqdakı rəsmi görüş zamanı İran hökmdarı Nasirəddin şah Qacar tərəfindən qəbul edilir. Ancaq rəsmi diplomatik əlaqələr yalnız 1929-cu ildə qurulur. 1939-cu ildə dostluq müqaviləsi imzalanır. İran və Yaponiya arasında isti münasibətlər İkinci Dünya müharibəsi zamanı müttəfiqlərin iranı işğal etdiyi 1942-ci ilə qədər davam edir. Rəsmi diplomatik münasibətlər 1953-cü ildə San-Fransisko sülh müqaviləsinin imzalanmasından sonra bərpa edilir.

1974-cü ildə İran və Yaponiya vizasız rejimə dair bir müqavilə imzalayır, lakin İran inqilabından sonra iranlıların Yaponiyaya kütləvi qanunsuz köçü səbəbiylə 1992-ci ilin aprelində ləğv edilir. İran və Yaponiya Əfqanıstanın yenidən qurulması və İsrail-Fələstin münaqişəsi kimi Yaxın Şərqdəki regional xarici siyasət məsələlərində də əməkdaşlıq edirlər. 2004-cü ildən bəri Yaponiya, İranın Azadeqanda yerləşən ən böyük quru neft yatağının işlənməsi üzərində işləyir. 2000-ci ilin oktyabrında İran Prezidenti Məhəmməd Hatəmi Yaponiyaya dövlət səfəri edir.

Yaponiyanın İrana qarşı xarici siyasəti və investisiyaları tarixən etibarlı enerji təchizatı təmin etmək arzusundan qaynaqlanır. İran Yaponiyaya Səudiyyə Ərəbistanı və Birləşmiş Ərəb Əmirliklərindən sonra üçüncü ən çox neft tədarük edən ölkədir.

İran və Yaponiya arasındakı ticarət tarazlığı İranın xeyrinədir. Yaponiya İrana avtomobil və elektrik məhsulları ixrac edir. İran isə əks istiqamətdə neft və neft kimyası ixrac edir. 2010-cu ildən etibarən Yaponiya İranla bir neçə böyük layihədə əməkdaşlıq edir. İki ölkə arasındakı illik ticarət dövriyyəsi 11 milyard ABŞ dollarından çoxdur.