1939-cu ildə Misir ilə İran arasındakı diplomatik münasibətlər səfirliklər səviyyəsində qurulur. Yusif Zulfikar Paşa Misirin Tehrandakı ilk səfiri təyin edilir. Elə həmin il Misir kralı I Fərruxun bacısı Şahzadə Favziyə, sonradan son Şahənşah olan İranın vəliəhdi Məhəmməd Rza Pəhləvi ilə evlənir.

İki ölkə arasındakı güclü əlaqələr 1980-ci ildə, İran İslam İnqilabının qələbəsindən və İsrailin Misir tərəfindən tanınmasından qısa müddət sonra kəsilir. Nəticədə Misir İranda səfirliyi olmayan yeganə ərəb ölkəsi olur. Ölkələr arasında mübahisələrdə soyuqluq yaradan səbəblər: Misirin 1979-cu ildə İsrail ilə Camp David Sazişini imzalaması, İran-İraq müharibəsi (1980-1988) dövründə Misirin İraqa verdiyi dəstək, İranın Misir Prezidenti Ənvər Sadatın qatilinin tərif və qəhrəmanlığı təbliğ etməsi, Misirin ABŞ və əksər Qərbi Avropa ölkələri ilə sıx əlaqəsi. 2007-ci ildən bəri İran və Misir arasında, əsasən ticarət və diplomatik səylər səbəbindən münasibətlərdə bir qədər istiləşmə baş verir. Ümumiyyətlə 2012-ci ilin fevralında prezident Hüsnü Mübarəkin istefasına səbəb olan Misirdə baş verən inqilab qədər İranla Misir arasında münasibətlərdə nəzərəçarpacaq dərəcədə yaxşılaşma olmur. Elə həmin ilin aprelində İran Misirə səfir təyin edir. Avqust ayında Misirin yeni prezidenti Məhəmməd Mursi İrana səfər edir və ölkələr arasında ikitərəfli diplomatik münasibətləri bərpa etmək qərarı verilir. Uzun illər ərzində ilk dəfə olaraq Misirin İrana səfiri təyin edilir. Ölkələr arasındakı münasibətlər durmadan inkişaf etsə də, həll olunmamış bir çox problem var. Bu problemlərin çoxu Səudiyyə Ərəbistanı və Qərb ölkələri kimi üçüncü ölkələrlə münasibətlərlə əlaqədardır.

2011-ci ildə Misirdə baş verən inqilabdan və təxminən 30 illik fasilədən sonra səfirlərin təyin edilməsindən sonra Misir prezidenti Məhəmməd Mursi, İran İslam İnqilabından sonra ilk tarixi səfərini İrana edir. 30 avqust 2012-ci ildə Qoşulmama Hərəkatının zirvə görüşündə Mursi sədrliyi İrana təhvil verir. İran Prezidenti Mahmud Əhmədinejad da öz növbəsində 5 fevral 2013-cü ildə Misirə rəsmi səfər edir və bu İran İslam İnqilabının zəfərindən sonra Misirə səfər edən ilk İran prezidenti olur.