Birinci Ermənistan Respublikasında universitet yaranana qədər Tiflisdə yerləşən Zaqafqaziya özəl universitetində erməni tələbələrin sayı çox idi. 1919-cu ildə aparılan məsləhətləşmələrə əsasən, İrəvanda universitetin yaradılması müzakirə olunur.

1920-ci il yanvarın 31-də universitet müvəqqəti olaraq Aleksandropol Ticarət Məktəbinin binasında açılır. Növbəti tədris ilindən universitet İrəvan Müəllimlər Seminariyasının binasına köçürüldü və Ermənistan Xalq Universiteti, 1922-ci ildən isə İrəvan Dövlət Universiteti adlandırılır.

1920-ci il oktyabrın sonunda baş nazir Hamo Ohancanyan və o vaxtkı təhsil naziri Gevorq Qazaryan "Universitetdə tibb fakültəsinin açılması haqqında qanun" dekretini imzalasalar da, Ermənistan Sovet İttifaqının tərkibinə daxil olduğu üçün icra olunmadı.

1921-ci il noyabrın 3-də İrəvanda tibb fakültəsi, 1922-ci il martın 15-də isə İDU-nun tibb fakültəsi yaradıldı. İlk dekan doktor Spandrarat Kamsarakan oldu və professor-müəllim heyəti 6 nəfərdən ibarət idi.

İlk 32 tələbə 1927-ci ildə tibb fakültəsindən məzun oldu. Ermənistan SSR 1930-cu ildə müstəqil universitetlər yaratmaq qərarına gəldi və Dövlət Tibb Universiteti də bunlardan biri idi. İkinci Dünya Müharibəsinin başlaması ilə Krasnodar və Orconikidze Tibb İnstitutunun tələbələri və professorları İrəvana gəldilər. 1947-ci ildə tələbə elmi cəmiyyəti yaradıldı. 1958-ci ildə "Gələcəyin doktoru" qəzeti təsis edildi və bu günə kimi nəşr olunur. Erməni diasporundan gələn tələbələr üçün xarici tələbələr şöbəsi yaradıldı. Ermənistan Nazirlər Soveti 25 may 1989-cu il tarixli qərarı ilə İrəvan Tibb İnstitutuna orta əsrlərin məşhur erməni həkimi adı verildi.

1988-ci ilin dekabrında zəlzələ baş verən gün, dekabrın 7-də institutda operativ qərargah yaradılır. Hər gün 200-250 tələbə qrupu fəlakət bölgəsinə gedir. İnstitutda ianə məntəqəsi təşkil olunur.

1994-cü ildə "Hərbi tibb" kafedrası yaradıldı. 1992-ci ildə universitetdaxili fəaliyyətin təşkilində mühüm rol oynayan universitet tələbələrinin təşəbbüsü ilə tələbə parlamenti quruldu. 1995-ci ildə Ermənistan hökuməti instituta rəsmi universitet statusu verdi. Elə həmin il bütün tibb kompleksi Tibb Universitetinin tərkibinə daxil edildi. 2005–2006-cı tədris ilində İDTU ikipilləli təhsil sisteminə keçdi. 2011-ci ildə hökumətin qərarı ilə Milli Səhiyyə İnstitutunun təhsil komponenti Tibb Universitetinin təhsil sistemi ilə birləşdirildi.

2014-cü ildə Noyabrın 27-də Ermənistan hökumətinin qərarı ilə “Mxitar Heratsi İrəvan Dövlət Tibb Universiteti” dövlət qeyri-kommersiya təşkilatı “Yerevan Mxitar Heratsi Dövlət Tibb Universiteti” fondu olaraq yenidən təşkil edildi.

Tibb Universiteti şəhərin mərkəzi hissəsində, Koryun 2 ünvanında yerləşir. Dörd strukturdan ibarətdir: əsas, inzibati, laboratoriya və anatomik.

İDTU-da tələbələrin bilik və praktik təcrübə əldə etdikləri üç xəstəxana kompleksi var: 1 saylı “Heratsi” xəstəxana kompleksi, “Muratsan” Universitet Xəstəxanası, “Mikaelyan” Cərrahiyyə İnstitutu. Bu komplekslər tələbələrin klinika, poliklinika, laboratoriya və diaqnostika mərkəzlərində təcrübə keçməsinə imkan yaradır.

Tələbələrin nəzəri biliklərinin praktikada tətbiqi və möhkəmləndirilməsi məqsədilə “Mikaelyan” Cərrahiyyə İnstitutunda İDTU-nun simulyasiya mərkəzi fəaliyyət göstərir.

Yataqxanaların yaxınlıqda yerləşməsi tələbələrin universitetə ​​asanlıqla və tez çatmasına şərait yaradır. Bütün otaqlar lazımi aksesuarlarla təchiz olunub. Yataqxanalarda kitab oxumaq, görüşlər keçirmək və müzakirələr aparmaq üçün yeməkxanalar, kompüter otaqları və digər istirahət otaqları var.

Universitetin idarə edilməsi Ermənistan qanunvericiliyinə və Universitetin Əsasnaməsinə uyğun olaraq, tək idarəetmə və kollegiallıq prinsiplərini birləşdirən özünüidarəetmə əsasında həyata keçirilir. Universitetin idarəetmə orqanları bunlardır: şura, rektor, elmi şura, rektorluq.

Şura 32 üzvdən ibarətdir və universitet professorları, tələbələri, Ermənistan hökumətinin, Təhsil və Elm Nazirliyinin nümayəndələrindən ibarətdir. Universitet Şurasının əsas vəzifələri universitet rektorunun seçilməsi, universitetin inkişafı və rektorun təqdimatı ilə beynəlxalq əməkdaşlığın əsas aspektləridir. Şura həmçinin universitetin büdcəsini müzakirə edir və təsdiq edir.

Bu gün tibb universitetində 7000-dən çox gələcəyin həkimi təhsil alır. Bu tələbələrin 24%-i 26 ölkədən olan əcnəbi tələbələrdir. Bu ölkələrə ABŞ, Rusiya, Almaniya, Hindistan, İsrail, Kanada, İran, İraq, Gürcüstan, Böyük Britaniya, Yunanıstan, Qazaxıstan, Türkmənistan, Venesuela, Suriya, Sinqapur, Avstraliya, Polşa, İsveç, Çin, Fransa, Ukrayna, İordaniya, Kipr, Livan, Şri-Lanka daxildir.

Universitetin 1100-dən çox professorundan 171-i elmlər doktoru, 504-ü elmlər namizədidir. Universitetdə Ermənistan Milli Elmlər Akademiyasının 7 akademiki elmi-pedaqoji fəaliyyətlə məşğuldur.

İDTU kitabxanası Ermənistanın ən böyük kitabxanalarından biridir və 65 000-dən çox dərslik və ədəbiyyata malikdir. O, tibb üzrə zəngin elmi və tədris materialları kolleksiyası ilə təchiz olunub. Peşə ədəbiyyatı universitet əməkdaşlarının müəllifi olduğu dərsliklər, eləcə də müxtəlif ölkələrin dərslikləri və kitabları ilə tamamlanır. Xüsusi tədqiqat jurnalları daim yenilənir.

Universitetin həm tələbələr, həm də maraqlı tərəflər üçün əlçatan olan tədris materiallarından, testlərdən və sual vərəqlərindən ibarət onlayn kitabxanası var.