9-cu əsrin 2-ci yarısında Başqırdıstan çöllərinə, peçeneqlər gəlmiş, 10-11-ci əsrlərdə isə onları bu ərazidən Oğuzlar sıxışdırmışlar. 10-13 əsrlərdə müasir Başqırdıstanın ərazisi Volqa-kama Bolqarıstanın siyasi təsiri altında idi. 10-cu əsrdən ərəb yazılı mənbələrində başqırdlar haqqında qeydlər var, lakin onlarla bağlı olan arxeoloji abidələrin tərkibi aydın deyildir. Qızıl ordunun süqutundan sonra, müasir Başqırdıstanın ərazisi Kazan xanlığı, Sibir xanlığı və Noqay Ordasının tərkibində olmuşdur. 1558-ci ilədək başqırdların böyük hissəsi Rusiyanın tabeliyi altına düşdü. 1744-1781-ci illərdə indiki Başqırdıstan ərazisi Orenburq quberniyasının tərkibinə daxil idi. Bölgə, Puqaçov üsyanının əsas mərkəzlərindən birinə çevrilmiş, Başqırdların milli qəhrəmanı Salavat Yulayev, Puqaçovun ən yaxın silahdaşı olmuşdur. 1798-1865-ci illərdə kanton idarəetmə üsulu mövcud olmuşdur. 19-cu əsrdə, xüsusilə islahat dövründə gəlmə əhalinin sayı artmışdır.