Bu ölkədə islam dini tacirlərin vasitəsilə yayılıb.

XIII-XIV əsrlərdə Azərbaycan torpaqlarından gələn qafqazlı Mövlanə Malik İbrahim əs-Səmərqəndi və yaxud da Sunam Qirsik deyə tanınan şəxsin İndoneziyaya gəlişi ilə islam dini bu torpaqlarda formalaşmağa başlamışdır. O, Səmərqənddə dini təhsil aldıqdan sonra, İndoneziyaya gələrək burada islam dinini yaymağa başlamışdır.

İndoneziya əhalisinin böyük əksəriyyəti - 87 faizi müsəlmanlardır. Hazırda 250 milyon nəfərdən artıq müsəlman əhalisi olan İndoneziya dünyada müsəlman əhalisinin sayına görə birinci yerdə durur.

  Əsas məqalə: Açehdə müsəlman cinayət hüququ

Açeh İndoneziyanın yeganə əyalətidir ki, burada şəriət məhkəmələri fəaliyyət göstərir. Bu məsələ 2004-cü ildə müzakirələrə səbəb oldu və narahatlıq doğurdu. Müzakirə əsnasında qaldırılan bir çox məsələlər din azadlığına toxunurdu. Bununla belə, Açeh dövlətin şəriətə xüsusi icazə verdiyi yeganə əyalət olaraq qaldı.