Nepal və İndoneziya Respublikası arasında ilk diplomatik əlaqələr v25 dekabr 1960-cı ildə qurulmuuşdur. İndoneziya özünün Katmandudakı səfirliyini 1965-ci ildə açır. Ancaq İqtisadi əhəmiyyətliki baxımından səfirliik 1967-ci ildə bağlanır. 2010-cu ildə isə İndoneziya Katmanduda özünün konsulluğunu açmışdır.

İndoneziya Respublikasının Dəkkədə yerləşən səfirliyi Nepalda akkreditə olunmuşdur. Nepalında İndoneziyada akkreditə olunmuş səfirliyi Bankokda yerləşir.

Həm Nepal həm də İndoneziya Tərəfsiz Dövlətlər Hərəkatının təşkilatçılarındadırlar. Nepal 1955-ci ildə Bandunq konfransının iştirtakçısı olmuşdur. Bununlada Tərəfsiz Dövlətlər Hərəkatının meydana gəlməsində vasitəçi olmuşdur.

İndoneziyanın Xarici İşlər Naziri Mohtar Kusumaatmaca 1981-ci ildə Nepalı ziyarət etmiş və kral Birendranıntacqoyma mərasimində iştirak etmişdir. Nepalın baş naziri Qirica Prasad Koirala 1992-ci ildə Tərəfsiz Dövlətlər Hərəkatının 10-cu sammitində iştirak etmək məqsədi ilə İndoneziyaya gəlmişdir.

Sonra Nepal kralı Qyanendra və kraliça Komal 2023 aprel 2005-ci ildə Asiya-afrika sammitində iştirak etməkdən ötrü Cakartaya gəlmişdir. Nepalın Baş Nazirinin müavini və Xarici İşlər Naziri Narayan Kaci Şreşta 2012-ci ilin noyabrında 5-ci Bali demokratik forumunda iştirak etmək üçün İndoneziyaya gəlir.

İndoneziya müxtəlif sahələrdə təhsil alan nepallı tələbələrə təqaüd verir. Bənzər mədəni və turistik maraqlara görə İndoneziya [[Bali] və Kadmandu şəhərlərinin qardaşlaşmasını istəyir. İki ölkə arasında birbaşa hava əlaqəsi təşkil olunduğu zaman hər iki şəhərə səfər edən turistlərin böyük bir axını baş verəcəkdir.

İki ölkə arasında iki tərəfli ticarət əlaqələrinin həcmi 14 mln dollar olmuşdur. Bu banımdan ixracatın üstünlüyü İndoneziyanın payına düşür. İndoneziyadan Nepala əsasən ərzaq məhsulları, meyvə, qoz və palma yağı, həmçinin kağız, kardon və kimyavi vastələr ixrac edilir. Bu iki ölkə arasında turizm və ticarət sektorunda ümumi məsələlərin inkişafına potensial vardır. Üstəlik sosial və mədəni paylaşma önəmlidir.