İlan mağarası uzun müddətdir bilinir. Mağara ilk dəfə 1924-cü ildə S. Zabnin tərəfindən təsvir edilmişdir. 1960–1980-ci illərdə məşhur yerli tarixçi və karstoloq V. Duşevski Simferopol Dövlət Universitetinin Coğrafiya fakültəsinin müəllimləri və tələbələri tərəfindən fəal şəkildə öyrənilmişdir. 2000-ci illərdən bəri, Ukrayna Speleologiya və Karstologiya İnstitutunun (Simferopol) əməkdaşları tərəfindən hipogen speleogenez nümunəsi öyrənilmişdir.

Əsas mineral tərkibi: brusit; hidroksilapatit; gips; kalsit; kristobalit; sepiolit; florapatit. Mağara daşlarla üç mərtəbəyə bölünür. Hansı ki, dağətəyi mağaralar üçün bənzərsiz bir hadisədir. Üçüncü mərtəbə indi dağıdılıb. Döşəmələr çoxsaylı quyularla birləşdirilmişdir. Mağara qurudur, içərisində sarkıt və dikit yoxdur. Mağaranın sonunda, alt mərtəbədəki otaqlardan birində mağaradakı əvvəlki su səviyyəsini göstərən kalsit kristalları qorunub saxlanılmışdır.

Mağarada Qırmızı Kitaba düşmüş Böyük nalburun yarasalarının populyasiyası vardır. Onların sayı getdikcə azalır.

1950–1960-cı illərdə A. Şepinski burada arxeoloji tətqiqatlar aparmışdır. Eramızdan əvvəl VII–VI əsrlərdə mağarada Qızıl-Koba mədəniyyətinə mənsub insanların bir ailə ziyarətgahı olmuşdur. Orta əsrlərdə bura bütpərəst bir məbəd olur. Mağarada qəliblənmiş qab-qacaq parçaları, sümük deşikləri, qurbanlıq mal-qara sümükləri tapılmışdır. Xüsusi hallarda insan qurbanlarıda olmuşdur.

Mağaraya təbii abidə statusu verildi. 12 iyun 1965-ci ildə Krım Regional İcraiyyə Komitəsinin 583 saylı "Krımın mağara, şaxta və digər karst boşluqlarının qorunması haqqında" bir qərarı qəbul edir. Buna görə İlan mağarası bir statusu alır. 30 yanvar 1989-cu ildə Krım Regional İcraiyyə Komitəsinin 19/8–67 saylı Qərarı ilə İlan mağarası yerli əhəmiyyətli bir təbii abidə elan edilir.