Birinci filmdə baş verən hadisələrdən 20 il öncə Professor Çarlz Xavier və Erik Lenşer mutantlar məktəbinə dəvət etmək üçün gənc mutant Cin Qrey ilə ailəsinin evində görüşürlər. Bundan on il sonra zəngin sənayeçi Vortinqton oğlu Uorreni öz qanadlarını kəsməyə cəhd göstərərkən görür və beləliklə onun mutant olduğunu öyrənir.

İndiki zamanda Vortinqton laboratoriyası "mutant müalicəsinin" kəşf edildiyini və könüllü mutantlar üçün sahib olduqları bacarıqları əlindən alaraq normal insana dönmələrini təmin edən, bir sözlə X genini məhv edə bilən peyvənd hazırladıqlarını elan edirlər. Peyvənd Alkatraz adasında yaşayan adlı gənc bir mutantın genomundan hazırlanmışdır. İks-adamlardan daxil olduğu bəzi mutantlar "müalicə" fikri ilə maraqlansalar da, digər mutantlar bu xəbəri böyük etiraz ilə qarşılayırlar. Maqneto mutantları müalicənin onların sonu olacağı ilə bağlı xəbərdar edir və müalicəyə qarşı çıxan mutantlar ilə birlikdə yaradır.

köməyi ilə Maqneto və bir çox mutantları qrupuna daxil edir. Onlar həbs olunmuş Mistik, və da azad edirlər. Mistik Maqnetonu peyvəndlənmiş oxdan xilas edir və özü vurulur. Beləliklə Mistik özmutant güclərini itirir və normal insana dönüşür. Maqneto onu artıq gərəksiz hesab edərək, tərk edir.

Bu arada hələ də sevgilisi Cin Qreyin ölümü ilə barışa bilməyən Skott Sammers Cinin səsini eşitməyə başlayır və bunun ardınca onu sonuncu dəfə gördüyü Alkali gölünə geri dönür. Skott orada Cinin özü ilə qarşılaşır. Cin öpüşərkən Skotu öldürür. Baş verənləri hiss edən Xavier Loqan və Fırtınanı oraya göndərir. Onlara oraya çatdıqları vaxt telekinetik enerji ilə havada uçan qayaları, daşları, Skotun qoruyucu eynəyini və yerdə huşsuz vəziyyətdə yatan Cini görürlər.

Mistik federal büro tərəfindən yaxalanır. Loqan və Fırtına Cini iqamətgaha gətirdikdən sonra Xavier Cinin özünü fəda edərkən telepatik olaraq Cini ələ keçirməsinin qarşısının alındığı dağıdıcı "Zümrüd quşu" gücünün azad olduğunu və Cinin bu cür sağ qaldığını söyləyir. Loqan ilk öncə Xavierin Cini telepatik nəzarət altında saxlamasına qəzəblənir. Lakin Cin oyanması ilə Loqan onun Skotu öldürdüyünü və artıq əvvəlki kimi olmadığını başa düşür. Cin Loqanı divara çırpır və uşaqlıq illərinin keçdiyi evə gedir.

Maqneto Kallisto vasitəsi ilə Cinin yaşadığını və hazırda ondan da güclü olduğunu öyrənir. İks-adamlar və Mutant qardaşlığı eyni vaxtda Cinin evinə gəlir. Xavier və Maqneto Cinin sədaqəti üçün mübarizə aparmağa başlayırlar. Xavier qısa müddətliyinə Cini sakitləşdirə bilsə də, Zümrüd quşu gücü yenidən onu ələ keçirməyə nail olur. Cin evi darmadağın edərək, Xavieri öldürür və Maqnetoya hələ də güvənməməsinə baxmayaraq Mutant qardaşlığına qoşulur. Bu arada Maqnetonun xəyanətinin ardınca Mistik Mutant qardaşlığının yerini Federal Təhqiqat Bürosuna məlumat verir. Lakin Mistikin söylədiyi yerdə təkcə Çoxalanın çoxlu surətləri olur. Maqneto ordusu ilə birlikdə Vortinqton laboratoriyasına hücum etmək üçün gücündən istifadə edərək Golden Gate körpüsünü hərəkətə gətirir. Mistik həbsdən qaçmağa nail olur. İks-adamlar Mutant qardaşlığı və hərbi birliklər arasında müharibə başlayır.

Döyüş zamanı Cimmini Caqqernautdan xilas edir. Loqan və Koloss Maqnetoya peyvənd vurması üçün Maqnetonun diqqətini yayındırmağa çalışırlar. Maqnetonun məğlubiyyətinin ardınca Loqan Cini sakitləşdirə bilir, lakin bu vaxtda hərbi qüvvələr Cin üzərinə atəş açmağa başlayırlar. Bu Zümrüd quşunun hücuma keçən ordunun və Maqnetonun bir çox mutantlarını yox etməsinə və Alkatraz adasını darmadağın etməsinə səbəb olur. Loqan regenerasiya qabiliyyəti və adamantium skeleti sayəsində yalnız onun Zümrüd quşunun qarşısına keçə biləcəyini anlayır. Qısa müddətliyinə vücudunu geri qazanan Cin Loqana onu xilas etməsi üçün yalvarır. Çarəsiz qalan Loqan Cinə onu sevdiyini söyləyərək, adamantium caynaqları ilə onu öldürür.

Hər şey bitdikdən sonra Maqnetonun məhbus olaraq saxlanıldığı kamerada şahmat masasında oturduğu vaxt barmağını fiqurlardan birinə yaxınlaşdıraraq onu tərpətdiyi və bununla da müalicənin işə yaramadığı göstərilir.

• — Internet Movie Database saytında.