Sultanəhməd meydanında yerləşən sarayın Sultan Süleyman Qanuni dövrünün sədrəzəmlərindən Parqalı İbrahim Paşa tərəfindən inşa edildiyi bilinir. Topqapı sarayındakı arxivdə yerləşən, İstanbul əmini Ömər ağa tərəfindən padşaha təqdim edilən 1521 tarixli sənəddə göstərilir ki, saray burada bilinməyən bir tarixdə inşa edilən bir köşkün təmiri və binaya edilən əlavələrlə meydana gəlmişdir. İçərisində bir qüllə və çardağı, kiçik bir köşkü, xəzinə otağı, haamı, anbarı, mətbəxləri, divanxanası və atların saxlanması üçün bir tövləsi olan bu sarayın inşa müddəti olduqca qısadır. Belə ki, Rodos səfərindən dönən padşah bu saraya dəvət olunmuş, sədrəzəmliyə gətirilən Parqalı İbrahim Paşanın möhtəşəm toy mərasimi də 1524-cü ildə burada keçirilmişdir. 16 may 1525 gecəsi baş verən üsyan nəticəsində şəhərin digər saray və köşkləri kimi bu saraya da hücum edilmiş, sarayın qapı və pəncərələri dağıdılmışdı. Sarayını təmir etdirən Parqalı İbrahim Paşa, Budin səfərindən qənimət olaraq gətirdiyi heykəlləri də 1526-cı ildə sarayın önünə yerləşdirmiş, bu səbəblə əhalinin etirazlarına hədəf olmuşdur. Paşanın sarayı önündəki heykəllər XVI əsrə aid bəzi qravüralarda görülür. Sultan Süleymanın şahzadələrinin 18 iyun 1530 tarixində keçirilən sünnət mərasimi üçün Parqalı İbrahim Paşa sarayı önündə yeni bir qəsr inşa edilmiş,dövrün padşahı bir ay davam edən əyləncələri buradan izləmişdir.

Parqalı İbrahim Paşanın 1536-cı ildə edamının ardından saraya dövlət əl qoymuş, bir hissəsi Əndərun məktəbinə ayrılmış, bir qismi isə sədrəzəmlərə və digər məşhur şəxslərə bağışlanmağa başlamışdır. 1566-cı ildə vəzir, daha sonra Misir və Anadolu bəylərbəyi olan Zal Mahmud Paşa 1574-cü ildə Sultan Səlimin qızı Şah Sultanla burada evlənmiş və 1580-ci ildə vəfat edənədək burada yaşamışdır. 1584-cü ildə binanın Əndəruna ayrılan hissəsi istisna olmaqla, qalan bütün strukturu Sultan Muradın qızı Ayşə Sultanla evlənən sədrəzəm İbrahim Paşaya verilmişdir. İbrahim Paşanın 1601-ci ildə vəfatından sonra bütün malları və sarayı, ertəsi il Ayşə Sultanla evlənən sədrəzəm Yemişçi Həsən Paşaya təsis edilmişdir. Ancaq Həsən Paşa 1603-cü ildə edam edilmiş, saray bu dəfə də Ayşə Sultanın üçüncü əri Gözəlcə Mahmud Paşaya verilmişdir. 1605-ci ildə Ayşə Sultan və əri ard-arda vəfat etmiş, saray bir müddət boş qalmışdır. 1611-ci ildə Sultan Əhmədin qızı Gövhər Sultanla kaptan-I dərya Öküz Mehmed Paşa evləndirilmiş, saray da onlara hədiyyə edilmişdir. Ancaq Mehmed Paşanın vəzifədən alınması və daha sonra vəfatının ardından saray, Gövhər Sultanın ikinci əri kaptan-ı dərya Rəcəb Paşaya təsis edilmişdir. Uzun müddət Rəcəb Paşanın adıyla anılan saray 1632-ci ildə sədrəzəm olan Rəcəb Paşanın elə həmin il edam edilməsinin ardından Sultan Muradın silahdarı Mustafa ağaya verilmişdir.Sultan Murad 1640-cı ildə vəfat etmiş, saray yeni padşah olan Sultan İbrahimin ən yaxın adamı olan Silahdar Yusif Paşaya hədiyyə edilmişdir. 1645-ci ildə padşahın 3 yaşlı qızı Fatma Sultanla evləndirilən Yusif Paşa toydan bir il sonra edam edilmişdir. Saray bu dəfə də Fatma Sultanın ikinci əri və Sultan İbrahimin müsahiblərindən Fəzli Paşaya təsis edilmiş, ancaq Fəzli Paşa əyalətlərdə vəzifələndirildiyi üçün sarayda yaşamamışdır. 1648-ci ildə saray Sultan İbrahimin sevimli hasəkisi Hümaşah Sultana hədiyyə edilmişdir. Bundan sonra XVII əsr boyunca sarayın sahibləri sədrəzəmlər, kaptan-ı dəryalar, bəylərbəyləri və ya Osmanlı ailəsinə kürəkən olan dövlət adamları olmuşdur. Övliya Çələbi bu binanın İstanbuldakı digər vəzir sarayları arasında ən böyüyü olduğunu qeyd edir.

Saray 1652-ci ilin noyabrında yanmış, 1720-ci illərdə Nevşəhərli İbrahim Paşa tərəfindən təmir edilsə də, 1741-ci ildə sarayın yenidən yanması ilə bir daha təmir edilməmişdir. 1675-ci ildə baş verən zəlzələdə dağılan sarayın XVII əsrin sonlarında Körpülü Fazil Əhməd Paşa tərəfindən bağlandığı bilinir.

• Evliya Çelebi, Seyahatnâme (haz. Zuhurî Danışman), İstanbul 1969, II, 26;
• H. D. Jenkins, Ibrahim Pasha: Grand Vizir of Suleiman the Magnificent, New York 1911;
• Sedat Çetintaş, Saray ve Kervansaraylarımız Arasında İbrahim Paşa Sarayı, İstanbul 1939;
• Konyalı, İstanbul Sarayları, tür.yer.;
• Nurhan Atasoy, İbrahim Paşa Sarayı, İstanbul 1972;
• Yüksel Yoldaş Demircanlı, İstanbul Mimarisi İçin Kaynak Olarak Evliya Çelebi Seyahatnâmesi, İstanbul 1989, s. 487–488;
• Hüsrev Tayla, "La restauration du palais de Ibrahim Pacha-Istanbul, Armos", Prof. Mout Sopoulos Armağanı, Selânik 1991, III, 1817–1839;
• Süheyl Ünver, "İbrahim Paşa Sarayı Hakkında Birkaç Resim ve Minyatür", Arkitekt, VIII, İstanbul 1938, s. 169–170;
• Zarif Orgun, "İbrahim Paşa Sarayı", a.e., IX (1939), s. 55–59;
• A. M. Scheineder, "Das Serai des Ibrahim Pascha am At Meidan zu Konstantinopel", RHSE, XVIII (1941), s. 131–136;
• İlhan Akbulut, "İbrahim Paşa Sarayı ve Türk İslam Eserleri Müzesi", Antik ve Dekor, sy. 15, İstanbul 1992, s. 114–119;
• M. Tayyib Gökbilgin, "İbrâhim Paşa", İA, V/2, s. 909;
• Semavi Eyice, "İbrahim Paşa (Makbul) Sarayı", TA, XX, 5–6;
• Tülay Artan, "İbrahim Paşa Sarayı", DBİst.A, IV, 128–130.