İbrahim Cəfərov 20 yanvar 1956-cı ildə Naxçıvan Muxtar Respublikası Şərur rayonu Düdəngə kəndində anadan olub. 1974–1976-cı illərdə keçmiş Sovet Ordusu sıralarında hərbi xidmət keçib.

1979-cu ildə Azərbaycan Kənd Təsərrüfatı İnstitutunda dinləyici, 1980–1985-ci illərdə həmin institutda tələbə olub, "Bitki mühafizəsi" fakültəsini bitirib. 1985–1988-ci illərdə K. A. Timiryazev adına ^[rus.] "Fitopatologiya" kafedrasının əyani aspirantı olub.

13 fevral 1989-cu ildə SSRİ Nazirlər Soveti yanında Ali Attestasiya Komissiyasının qərarı ilə kənd təsərrüfatı elmləri namizədi elmi dərəcəsi verilib.

1993-cü ildən 2002-ci ilədək Meyvə-tərəvəzçilik və üzümçülük fakültəsinin, sonra isə Aqronomluq və torpaqşünaslıq fakültəsinin dekanı işləyib. 2005-ci ilin iyun ayında doktorluq dissertasiyasını müdafiə edib. Azərbaycan Respublikası Prezidenti yanında Ali Attestasiya Komissiyasının 16 iyun 2006-cı il tarixli qərarı ilə kənd təsərrüfatı elmləri doktoru elmi dərəcəsi verilib.

İbrahim Cəfərov 25 iyul 2013 tarixində Azərbaycan Dövlət Aqrar Universitetinin rektoru təyin olunmuşdur. İbrahim Cəfərov bu təyinatadək ADAU-nun rektor əvəzi, tədris işləri üzrə prorektoru idi.

İbrahim Cəfərov 6 sentyabr 2022-ci ildə Azərbaycan Dövlət Aqrar Universitetinin rektoru vəzifəsindən azad edilib.

İbrahim Cəfərov 6 oktyabr 2022-ci ildə kənd təsərrüfatı naziri İnam Kərimovun əmri ilə Bitki Mühafizə və Texniki Bitkilər Elmi-Tədqiqat İnstitutunun direktoru vəzifəsinə təyin olunub.

2000–2013-cü illərdə 39 saylı Kəpəz birinci (Gəncə) Dairə Seçki Komissiyasının, sonra isə 38 saylı Nizami ikinci (Gəncə) Dairə Seçki Komissiyasının sədri olmuşdur.

3 dərslik, 1 dərs vəsaiti, 100-dən artıq elmi məqalə, 4 metodiki tövsiyə, fənn proqramları və metodik göstərişlərin müəllifidir. Çapdan çıxmış elmi əsərlərinin ümumi sayı 148-dir. Bu əsərlərdən 43-ü xaricdə, 13-ü Beynəlxalq bazalarda referatlaşdırılan və indeksləşdirilən jurnallarda çap edilmişdir. Müəlliflik şəhadətnamələrinin və patentlərin sayı 2-dir.

• Биологические особенности развития милдью винограда в условиях Нахичевани // Известия ТСХА, 1988, вып. 5, с. 125–130
• Курчавость листьев персика в Азербайджане / Сучаний стан i перспективи захисту плодово-ягiдних культур i винограду вiд шкiдливих организмiв. Матерiали Всеукраiтськой научново- практичной конф-цii Харкiв, 2001, с.133–137
• Патогенная микобиота косточковых плодовых пород Азербайджана и ее особенности // Земляробства i ахова раслiн, 2003, № 3, с.36–37
• Парша косточковых культур и меры борьбы с нею // Садоводство и виноградарство, 2003, № 3, с.10–11
• Анализ микобиоты косточковых плодовых культур Азербайджана // Земляробства i ахова раслiн, Минск, 2007, № 2 (51), с.30–32
• О микобиоте косточковых плодовых культур Азербайджана // Труды института Ботаники национальной академии наук Азербайджана, Баку, "Элм", 2007, т. XXVII, с.125–131
• Tağlı bitkilərin plantasiyalarında fitosanitar vəziyyəti təhlili / Ümummilli Lider Heydər Əliyevin anadan olmasının 91-ci ildönümünə və ADAU-nun 85 illik yubileyinə həsr olunmuş elmi konfransın materialları. Gəncə, № 1, 2014, s.6–14
• Биологическая эффективность фунгицидов на озимой пщенице // Защита и карантин растений, 2015, с.48–49
• Повыщение пролуктивности семечковых плодовых пород в Куба-Хачмазской зоне Азербайджана /"Основы повышения продуктивности агроценозов" материалы международной научно-практической конференции, посвященной памяти известны ученых И. А. Муромцева и А. С. Татаринцева (24–26 ноября 2015 г.), Мичуринск–наукоград РФ, 2015, с.78–82
• Morphology, Molecular İdentity, and Pathogenicity of Vertucillium dahliae and V.longisporum Associated with İnternally Discolored Horseradish Roots // Plant disease, volume 100, number 4, 2016, p. 749–757

• 2008-ci ildə Azərbaycan Elmi-Tədqiqat Əkinçilik İnstitunun nəzdində fəaliyyət göstərən FD 04.012 Müdafiə Şurasının həmsədri, və sədr müavinidır.
• 2015-ci ildən Azərbaycan Respublikasının Prezidenti yanında Ali Attestasiya Komissiyasının 24 fevral 2015-ci il tarixli 46 nömrəli əmri ilə Azərbaycan Dövlət Aqrar Universitetinin nəzdində fəlsəfə doktoru elmi dərəcəsi almaq üçün təqdim olunan dissertasiyaların müdafiəsini keçirən FD.04.131 dissertasiya şurasının sədridir.
• 2016-cı ildən Qazaxıstan Milli Aqrar Universitetinin fəxri professorudur.

Kənd təsərrüfatı işçilərinin təltif edilməsi haqqında Azərbaycan Respublikası Prezidenti İlham Əliyevin 7 noyabr 2016-cı il tarixli Sərəncamı ilə Kənd təsərrüfatının inkişafında xidmətlərinə və dövlət qulluğunda səmərəli fəaliyyətinə görə 3-cü dərəcəli "Vətənə xidmətə görə" ordeni ilə təltif edilmişdir.