Stalin və Bağırov repressiyalarının qurbanı olmuşdur. 1938-ci ilin iyul ayında "Ehtiyatda olan sağ-troskiçi mərkəzinin əksinqilabi milliyətçi təşkilatının" rəhbərindən biri olduğu ittihamı ilə həbs olunmuşdur. İttiham əvvəldən axıra kimi Mir Cəfər Bağırovun başçılıq etdiyi Azərbaycanın o zamanki ali hakimiyyəti və onların əlaltıları tərəfindən saxtalaşdırılmışdır. Bu iş üzrə keçən başqa məhbuslar kimi işgəncələrə məruz qalaraq ittihamı etiraf etməyə məcbur edilmişdir. Ancaq başqa məhbuslarla birlikdə 1939-cu ildə öncəki ifadələrindən imtina etmişdi. Bundan sonra işi üzrə bir neçə dəfə istintaq aparılmışdır. Nəhayət 1941-ci ildə məhkəmənin hökmü ilə əmlakının müsadirə edilməsi ilə10 il müddətinə azadlıqdan məhrum edilmişdir. 1946-cı ildə həbs düşərgəsində dünyasını dəyişmişdir. 1955-ci ildə SSRİ Ali Məhkəməsinin Hərbi Kolleqiyasının qərardadı ilə bəraət edilmişdi. Keçdiyi istintaq işi və adı Bağırov və onunla əlbir olanların məhkəmə hökmünün mətnində xatırlanmışdır.

• Aydın Əlizadə. 2018-02-17 at the Wayback Machine
• Смирнов Н. Рапава, Багиров и другие. Антисталинские процессы 1950-х гг.. — АИРО-XXI, 2014. — С. 123–124. — 380 с. — ISBN 978-5-91022-274-2.

• “Ehtiyatda olan sağ-trotskiçi mərkəzinin əksinqilabi milliyətçi təşkilatı” rəhbərlərinin işi