Sovet İttifaqının dağılmasından sonra hər iki dövlət müstəqillik qazanır. İkitərəfli münasibətlərin hüquqi bazası 111 idarələrarası və dövlətlərarası müqavilələrdən ibarətdir. Münasibətlərin istiqamətini müəyyənləşdirən əsas sənədlərdən biri də 4 yanvar 1993-cü ildə imzalanmış Dostluq, Yaxşı Qonşuluq və Əməkdaşlıq Müqaviləsi və 15 iyun 2000-ci il tarixli Əbədi Dostluq Müqaviləsidir.

1998-ci ildə Özbəkistanın nümayəndəlik səviyyəsində diplomatik nümayəndəliyi Tacikistanın paytaxtında fəaliyyətə başlayır

Ancaq 1995-ci ildən bəri Tacikistan və Özbəkistan arasındakı münasibətlər böyüyən və açıq qarşılıqlı yadlaşma dövrünə q ədəm qoyur. Özbəkistan səlahiyyətliləri Tacikistanın tədarük olunan neft, neft məhsulları və qaz üçün ədalətli bir qiymət ödəməli olduğunu bildirir.

2009-cu ilin noyabrından 2010-cu ilin fevralına qədər Özbəkistan dəmiryolu işçiləri Tacikistana gedən 400, fevralın əvvəlindən iyuna qədər isə təxminən 2000 vaqona yaxın yükü saxlayırlar. 2011-ci ilin noyabrında Qələbə-Amuzanq xəttindəki partlayışdan sonra bu hissədə bütün Cənubi Tacikistanın nəqliyyat blokadası başlayır. 2012-ci ilin yanvarında Özbəkistan təmir bəhanəsi ilə Tacikistanla sərhəddə 16 nəzarət məntəqəsindən 9-u bağlayır. 2012-ci ilin aprelində Özbəkistan Tacikistana təbii qaz tədarükünü dayandırır, bu da alüminium zavodunun fəaliyyəti üçün təhlükə yaradır. Bütün bu tədbirlər Özbəkistanın Tacikistanda yerləşən Roqun su-elektrik stansiyasının tikintisinə kəskin etiraz etməsi ilə əlaqələndirilir. Bu Özbəkistanda pambıqçılığa zərər verəcək Amudəryanın dayazlaşmasına gətirib çıxara bilər. Əlavə olaraq Özbəkistanda deyildiyi kimi, tikilməkdə olan su-elektrik stansiyasının bəndi zəlzələyə meyilli bir zonada yerləşir və məhv olması halında, nəzəri olaraq Özbəkistanın aşağı hissəsindəki yaşayış məntəqələri su altında qala bilər.

Özbəkistan və Tacikistan arasında da Fərhad su elektrik stansiyası ətrafında ərazi münaqişəsi yaşanır.

Prezident Şavkat Mirziyayev Özbəkistanda hakimiyyətə gəldikdən sonra Özbəkistan-Tacikistan münasibətləri yaxşılaşır. 2017-ci ildə iki ölkənin paytaxtları arasında uçuşlar bərpa edilir. Qələbə-Amuzanq dəmir yolu bərpa edilir, Səmərqənd-Penjikent arasında A-377 beynəlxalq yolu açılır və Özbəkistan-Tacikistan sərhədindəki 10-a yaxın nəzarət məntəqəsi yenidən fəaliyyətə başlayır. 2018-ci ildə Özbəkistan qazının Tacikistana tədarükünün bərpasına dair bir razılaşma əldə edilir. Fərhad su-elektrik stansiyasının yerləşdiyi ərazinin Tacikistan ərazisi kimi tanınması və hidroelektrik stansiya barədə razılıq əldə edilir. Müqaviləyə görə stansiya Tacikistanda yerləşsədə, mülkiyyət Özbəkistana aiddir. Obyektin qorunması Tacikistan tərəfindən, onun istismarı Özbəkistan tərəfindən həyata keçiriləcəkdir. Özbəkistan da Roqun SES-in tikintisini tənqid etməkdən imtina edir və onu dəstəkləyir.

• 2020-08-14 at the Wayback Machine