20 dekabr 1991-ci ildə Pakistan Özbəkistanın müstəqilliyini tanıyır. Bununlada dünyada onu tanıyan ilk ölkələrdən biri olur. 10 may 1992-ci ildə dövlətlər rəsmi diplomatik əlaqələr qurur. 1990-cı illər boyunca Pakistan-Özbəkistan münasibətləri pisləşir. İslamabad və Daşkənd Əfqanıstandakı müxtəlif silahlı qruplara dəstək verirlər. Hər iki dövlət daha sonra qoşulur və yeni Əfqanıstan hökumətini dəstəkləyir. Özbəkistan Pakistanla iqtisadi əlaqələrin inkişafına, xüsusən hidroenergetikanın inkişafına və qaz boru kəmərlərinin çəkilməsinə diqqət yetirir. Sonra ölkələr Özbəkistanın 1992-ci ilin noyabrında üzv olduğu İqtisadi Əməkdaşlıq Təşkilatı çərçivəsində əməkdaşlığa başlayır. 1993-cü ilin fevralında Kvettada keçirilən İqtisadi Əməkdaşlıq Təşkilatının zirvə toplantısında əməkdaşlığa başlayır. 2000-ci ilə qədər İƏT üzvləri arasında yeni regional iqtisadi blok yaratmaq üçün iddialı bir plan elan edilir. Plan iqtisadiyyatın bütün sahələrində, təhsil və turizmdə əlaqələrin genişləndirilməsini nəzərdə tutur. Səmərəli nəqliyyat infrastrukturunun yaradılması və nəticədə iştirakçı ölkələr arasında vizasız rejim qurmaq, antidempinq tədbirlərinin ləğvini tətbiq etmək məcburiyyəti tələb edirdi. Ölkələr arasında yeni neft və qaz boru kəmərlərinin, elektrik xətlərinin inşasını da müzakirə edilir. Lakin Əfqanıstandakı vətəndaş müharibəsi bu ümidverici planların həyata keçirilməsinə öz təsirini göstərir.

25 yanvar 2001-ci ildə hər iki ölkənin hökumətləri ekstradisiya müqaviləsini imzalayır. 6 mart 2005-ci il tarixində Pərviz Müşərrəf və Özbəkistan Prezidenti İslam Kərimov Daşkənddə danışıqlar aparır. İki ölkə arasındakı münasibətlərdə əsas problem Pakistanın üsyançı Vəziristan bölgəsindəki özbək silahlılarıdır. Özbəkistanın axtarışa verdiyi radikal özbək yaraqlısı Tahir Yuldaş Vəziristanda gizlənir. Pərviz Müşərrəf demişdir: "Pakistanda qəbilə bölgəsində özbək terrorçularının olduğunu bilirik və mən prezident Kərimovu Pakistanın Özbəkistandan gələn hər hansı bir terrorçunun milli maraqlarımıza qarşı çıxmasına icazə verməyəcəyinə inandım". İslam Kərimov isə öz bəyanatında "Müşərrəf hökuməti silahlılara qarşı müharibədə həqiqi şücaət göstərir" deyə bildirmişdir. 2016-cı ilin dekabrında Pakistan Baş naziri Nəvaz Şərif Özbəkistanı Çin-Pakistan iqtisadi dəhlizinə qoşulmaq üçün rəsmi olaraq dəvət edir. 2017-ci ilin may ayında hər iki ölkənin hökumətləri rəsmi diplomatik əlaqələrin qurulmasının 25 illiyini qeyd edir. 2018-ci ilin fevral ayında Özbəkistan Xarici İşlər Naziri Əbdüləziz Kamilov pakistanlı həmkarı Xavaca Məhəmməd Asif ilə görüşdə ölkəsinin Pakistan Silahlı Qüvvələrinin peşəkarlığına və terrorizmlə mübarizədəki fədakarlığına heyran qaldığına dair bir açıqlama verir.

2005-ci ildə danışıqlarda olan ölkələrin liderləri ticarəti müzakirə edir. Əfqanıstanda barışıq bərpa olunduqca Pakistan və Özbəkistan Pakistana Orta Asiya bazarlarına və Özbəkistana Hind Okeanı limanlarına giriş imkanı verən ticarət yolları inşa etməyi planlaşdırırlar. Görüşdə iki ölkənin liderləri bir sıra ikitərəfli ticarət müqavilələri imzalamışdır. 2010-cu ildə Özbəkistan Pakistana 10 milyon ABŞ dolları məbləğində mal tədarük etmiş, 2011-ci ildə isə Özbəkistanın bu ölkəyə ixracatı 14 milyon ABŞ dolları təşkil etmişdir. 2016-cı ildə ölkələr arasındakı ticarət həcmi 36 milyon ABŞ dolları olmuşdur.

Pakistanın Daşkənddə, Özbəkistanın isə İslamabadda səfirliyi vardır.