SSRİ dağıldıqdan sonra Çin sərhədlər haqqında yeni anlaşmanın imzalanması və demarkasiya xəttlərinə yenidən baxılmasının vacid olduğunu bəyan etmişdir.

13 avqust 1999-cu ildə iki ölkə arasında «Tacikistan-Çin dövlət sərdəddi haqqında» yeni müqavilə imzalanır. Müqaviləyə görə Tacikistan Karzak aşırımı rayonundakı mübahisəli əraziləri öz torpağı olaraq təsdiqlənir, amcaq bunun əvəzinə Markansu bölgəsindəlki 200 km² ərzini Çinə verməli olur. Digər ərazi mübahisəsi isə sahənin iki ölkə arasında tən bölünməsi yolu ilə həll edilir.

Üçüncü sahə ilə bağlı məsələ Tacikistan Prezidenti Emoməli Rəhmonın Çinə səfəri zamanı həll edilir. İki ölkə arasında «Sərhəd demarkasiyası və mübahisəli ərazilərin həll edilməsi» haqqında müqaviləyə əsasən Tacikistan Çinə min km² ərazini güzəştə gedir. Bu mübahisəli regionu ümumilikdə 28 min km² ərazini nəzərdə tuturdu. 2004-cü ilin mayında iki ölkə sərhəddində ilk sərhəd keçid məntəqəsi istifadəyə verilir. 12 yanvar 2011-ci ildə Tacikistan Parlamenti Çinə min km² ərazinin verilməsini təstiqləyir. 6 oktyabr 2011-ci ildə tacikistanın nəzarətində olan 1158 km² ərazi Çinə güzəştə gedilir. Bu ümumilikdə mübahisəli ərazilərin 5.5 % təşkil edir. 2013-cü ili mayında kütləvi informasiya vastələrində Çin ordusunun Tacikistanın Dağlıq Bədəxşan vilayətinə yeridilməsi barədə xəbərlər yayılır. Bir müddət sonra xəbər inkar edilir.

İki ölkə arsında 2013-cü ildə ticarət dövriyyəsi 682,1 mln ABŞ dolları olmuşdur. Tacikistan ixracatının əsasını alüminium və ondan hazıralana məhsullar, pambıq, qara metallar, dəmir və s. olmuşdur. 2013-cü ilə Tacikistan ixracatı cəmi 86,3 mln ABŞ dolları idi. Çindən isə Tacikistana 595,8 mln ABŞ dolları dəyərində mal ixrac edilmişdir. Tacikistan Çindən yanacaq, keramika, neft, plasmas, polimer, texniki və nəqliyyat vastələri və s. alır. Çin Tacikistanın iqtisadiyyatını canlandırmaqda maraqlıdır. Bu baxımdan ona uardımklar edir. 2012-ci ilə görə Tacikistanın Çinə dövlət borcu 878,5 mln ABŞ dollarıdır. 2012-ci ildə Tacikistan Çindən 1 mlrd ABŞ dolları dəyərində qrand, kredit və texniki yardım formasında pul almışdır.

2012-ci ildə Tacikistanda hasil edilən 2,4 ton qızıldan 1.6 tonu və ümumrespublika miqyasında çıxarılan gümüş Tacikistan-Çin müştərəş şirkətinin payına düşür. 2009-cu ildə isə müştərək dağ-mədən fabriki istifadəyə verilmişdir.

2006—2009-cu illərdə Tacikistan Çinin dəstəyi ilə öz enerji daşıyıcılarını Çinin enerji sisteminə qoşmuşdur. Bununla əlaqəli iki xətt istifadəyə verilmişdir.

1 yanvar 2013-ci ilinə olan məlumata görə Çin Xalq Respublikası Tacikistana 210,5 mln ABŞ dolları dəyərində investisiya qoymuşdur. Təkcə 2013-cü ildə Tacikistana yatırılan 341,1 mln dollarlıq investisiyanın 48,7%-i (166,1 mln ABŞ dolları) Çinə məxsus olmuşdur.