Çexiyada 26 dövlət, 30 özəl ali məktəb vardır. Ali məktəblər universitet, institut və akademiya adlanırlar. Ancaq elmlər namizədi və doktorları hazırlayan alim məktəblər universitet adlana bilərlər. Ədəbiyyat, incəsənət və mədəniyyət sahəsin kadr hazırlayan ali məktəblər akademiya adlanırlar.

Dövlət ali məktəblərinin qədim tarixi vardır və təhsil ödənişsizdir. Təhsil 3 il (bakalavatura) və əlavə 2 ildir (magistratura).

Özəl ali məkətəblərin yaranma tarixi yenidir və təhsil ödənişlidir. Orada ancaq bakalavrlar (təhsil 3 ildir) hazırlanır.

Əsas ali məktəbləri bunlardır:

• Praqa İqtisadi Universiteti – Çexiya hökumət üzvlərinin əksəriyyəti bu universiteti bitirib.
• Karlov Universiteti.
• Masarikov Universiteti – 19 fakültəsi, 30 min tələbəsi vardır. Böyük bir hissəsi xarici tələbələrdir.
• Çexiya Texniki Universiteti - 1707-ci ildə yaradılıb.