yağıntılardan və yeraltı axınlardan su qalxdıqda sahədəki karst çuxurları dolur. Nəticədə göl əmələ gəlir. Yağışın və yeraltı su axınının sonrakı azalması suyun Karst mağaralarına axması, stalaqtit və stalaqmitlərin çoxalmasına səbəb olur. İllin müxtəlif dövrlərində, bölgədəki hava şəraitindən asılı olaraq, göl hövzəsi demək olar ki, tamamilə quru və tamamilə dolu ola bilər. Yayın əvvəlində bir qayda olaraq, göldə çox su yoxdur. Avqust ayında kəndlilər gölün keçmiş dibində çəmənlikləri biçir və otları heyvanlara yem kimi istifadə edirlər. Payızda göl xüsusən cənub-qərb tərəfdən yağış suları ilə doldurulur. Yazda isə qarın əriməsi ilə göl su ilə dolur. Tarixi dövrlərdə gölün heç vaxt şimal-şərq hissəsi qurumamışdır. Bu hissəsə gölün dibi karst yaylasının digər ərazilərindən fərqlənir.

Göldəki suyun səviyyəsinin hündürlüyü 7 m (dəniz səviyyəsindən 546-dan 553 m-ə qədər) dəyişir. Yüksək su ilə gölün ölçüsü 10x5 km və 30 km²-dir. Bu dövrlərdə ölkənin ən böyük gölü olur (ən böyük daimi gölü Boxinsko). Göldən axan suyun bir hissəsi Lyublyana çayının mənbələri şəklində səthə çıxır.

Çerknisa gölündə qamışlar və cil kolları, həmçinin geniş nəm çəmənliklərin böyük sıxlıqları vardır. Şərq hissəsində isə bir bataqlıq qalıqları var.

Gölün faunasına insanın təsiri azdır. Göldə olan olan balıqlar səbəbindən nəsli kəsilməkdə olan Adi çivdimdik də daxil olmaqla bir çox quş növləri üçün vacib bir yuva yeri rolunu oynayır. Ümumilikdə göl zonasında Ağgöz qaraördək və Ağquyruq dəniz qartalı da daxil olmaqla 230 quş növü qeydə alınıb .