Alanyanın nəqşibənd şeyxlərindən Mehmed Əfəndinin oğludur. İstanbula getdikdən sonra xəlvətiyyə şeyxi Ömər Əfəndinin xidmətinə girən atasının Çatalcadakı evində hicri 1041-ci ildə (1631 vəya 1632-ci ildə) dünyaya gəlmişdir. İlk təhsilini burada aldıqdan sonra 1647-ci ildə şeyxülislam Əbdürrəhim Əfəndi tərəfindən məzun edildi və daha sonra Minkarizadə Yəhya Əfəndinin xidmətinə alındı. Yəhya Əfəndinin 1652-ci ildə Misir qazısı olmasıyla, onunla birlikdə Misirə getdi. Bu illərdə həcc ziyarətinə getdi. 1659-cu ildə Yəhya Əfəndi İstanbulqazılığına gətirildi və onunla birlikdə paytaxta qayıtdı. 1661-ci ildə Əbdürrəhimzadə Mehmed Əfəndinin Misir qazılığı əsnasında ikinci dəfə Misirə yollandı. Hələ 30 yaşlarında ikən elm aləmində nüfuz qazandı və "naib çələbi" adıyla tanınmağa başlandı.

Bu əsnada tədris sahəsinə keçən Əli Əfəndi 1663-cü ildə Məsih Paşa, 1664-cü ildə Hafiz Paşa və ardından Qəzənfər ağa mədrəsələrində müdərris oldu. 1663-cü ildə Fazil Əhməd Paşanın Uyvar səfərinə ordu qazısı olaraq qatıldı. 1666-cı ildə Salonikiyə gedən Əli Əfəndi daha sonra Krit səfərinə qatıldı və burada ordu qazısı oldu. 1671-ci ildə Rumeli başqazılığına gətirilsə də, 2 il sonra təqaüdə çıxarıldı. Çox keçmədən şeyxülislam Minkarizadənin xəstəliyi səbəbilə vəzifədən alınmasının ardından sədrəzəm Fazil Əhməd Paşanın tövsiyəsilə 43 yaşında şeyxülislamlığa gətirildi (21 fevral 1674).

Əli Əfəndinin 12 ildən çox davam edən şeyxülislamlığı dövrü İkinci Vyana mühasirəsindəki məğlubiyyət səbəbilə Avropadakı torpaqların itirildiyi böhranlı illərə təsadüf edir. Ov mərasimlərindən ayrılmayıb, dövlət işlərini vəzirlərə əmanət edən Sultan Mehmedə məsləhət verib düz yola çəkmədiyi üçün əhalinin etirazları ilə qarşılaşdı. Məruz qaldığı təhqirlər səbəbilə Sultan Mehmedlə münasibətləri pisləşən şeyxülislam 26 sentyabr 1686 tarixində padşahın tərtib etdiyi məşvərətə getməmiş, bu səbəblə vəzifədən alınmışdır. Bursaya sürgün edilən Əli Əfəndi bir il sonra Rodos adasına göndərilsə də, çox keçmədən Bursaya qayıtdı. Nəhayət, 1690-cı ildə İstanbula gəldi.

2 il sonra yenidən şeyxülislamlığa gətirilən Əli Əfəndi 9 mart 1692-ci ildə Əbusəidzadənin vəzifədən alınması ilə Sultan Əhməd tərəfindən Ədirnəyə çağırıldı və burada şeyxülislam elan edildi. İkinci şeyxülislamlığı yalnız 40 gün davam etdi. 19 aprel 1692 tarixində Ədirnədə vəfat etdi. Məzarı Ədirnədəki Zəhrimar məscidinin həyətindədir.

• Silâhdar, Târih, I, 632–633;
• Şeyhî, Vekāyiu’l-fuzalâ, II, 67–69;
• Râşid, Târih, I, 304–305;
• Devhatü’l-meşâyih, s. 71–72;
• İlmiyye Salnâmesi, s. 485–486;
• Uzunçarşılı, Osmanlı Tarihi, III/2, s. 479–480.

1. Çatalcalı ʿAlī Efendi //  (ing.). Consortium of European Research Libraries.
2. Ali Efendi //  (ing.).