Abidədə 1980-1987-ci illərdə arxeoloq İdeal Nərimanov tərəfindən arxeoloji qazıntı aparılıbdır. Çalağantəpə yaşayış yerində 315 kv.m sahədə qazıntı aparılmışdır. Мədəni təbəqənin qalınlığı 4,3 m-dir.

Abidənin uzunluğu 70 metr, eni isə 40 metr olan yarıdağılmış təpədən ibarətdir. Çalağantəpə də müxtəlif yaşayış və təsərrüfat tikililərinin, dulus kürələrinin qalıqları və qəbirlər aşkar edilmişdir. Qazıntı zamanı aşkar olunan binalar dairəvi formalı olub çiy kərpicdən inşa edilmişdi. Evlərin diametri 3 metrə çatır. Onlardan bəzisinin diametri 5,5 metrdir. Evlərin birində divarlar əhənglə ağardılmış və qırmızı boyaqla naxışlanmışdır. Evlərdə həsir qalığına da təsadüf edilir.

Tədqiqat zamanı müxtəlif əmək alətləri, o cümlədən sümük toxa, obsidian və çaxmaq daşından hazırlanmış oraq dişləri, deşici və cilalayıcı alətlər aşkar olunubdur. Çalağantəpənin keramika məmulatı bitki qarışığı olan gildən hazırlanaraq qırmızı rəngdə bişirilmiş və cilalanmışdı.

Təsərrüfat tikililərindən birində yanğın nəticəsində kömürləşmiş xeyli buğda, arpa, həmçinin vələmir dənləri aşkar olunmuşdur. Başqa tikilidə 3 iri küp basdırılmışdır. Çalağantəpə əhalisi oturaq həyat keçirmiş, əkinçilik və maldarlıqla məşğul olmuşdur. Süni suvarma geniş yayılmışdı. Çalağantəpədən çoxlu daş və sümükişləmə, dulusçuluq və s. maddi mədəniyyət qalıqları tapılmışdır. Gildən düzəldilmiş və boya ilə naxışlanmış donuz fiqurunun baş hissəsi Zaqafqaziyada heykəltəraşlığa aid ən qədim nümunələrləndir. Çalağantəpə də ölülər (bəzən həsirə bükülü halda) zəngin və zərif bəzək əşyaları ilə birlikdə evlərin döşəməsi altında və ya həyətyanı sahədə basdırılmışdır. Sağlığında daşıdığı bütün bəzək əşyaları ilə dəfn olunmuş bir uşaq qəbirindən 2000-dən çox bəzək tapılmışdır. Çalağantəpə dən tapılmış ağac kömürünün radiokarbon üsulu ilə analizi yaşayış yerinin e.ə. 5-ci minilliyin 1-ci yarısına eksponatlarının ən qədimini Çalağantəpə tapıntıları təşkil edir.

Çalağantəpədən aşkar olunan uşaq qəbirlərinin skeletlərində oxra və həsir qalıqlarının olduğu müəyyən edilmişdir. Qəbirlərdən həmçinin daş, sümük, firuzə və mis muncuqlar, sədəfdən hazırlanmış bəzəklər aşkar olunmuşdur.