1942-ci ildə Şərur rayonunun Dəmirçi kəndində kolxozçu ailəsində doğulmuşdur. 1959-cu ildə kənd orta məktəbinin bitirib Tibb İnstitutuna daxil olmuşdur.

Ç. M. Cəfərov 1965-ci ildə N. Nərimanov adına Azərbaycan Dövlət Tibb İnstitutunun bitirdikdən sonra 4 saylı Bakı şəhər klinik xəstəxanasının köks cərrahlığı şöbəsinə işə göndərilmişdir. Köks cərrahlığı şöbəsinin Elmi-Tədqiqat Kliniki və Eksperimental Təbabət institutuna verilməsi ilə əlaqədar 1967-ci ildən İnstitutun əməkdaşı olmuşdur.

1971-ci ildə Leninqrad şəhərinə Ümumittifaq Elmi Tədqiqat Pulmonologiya İnstitutuna ezam olunmuş və 1973-cü ildə "Xroniki qeyri-spesifik pnevmoniyaların cərrahi müalicəsinə göstərişlər" mövzusunda namizədlik dissertasiyası müdafiə etdikdən sonra yenidən ETKTİ-yə qayıtmışdır.

1976-cı ildə müsabiqə yolu ilə ETKETİ-nın köks cərrahlığı şöbəsinə baş elmi işçi seçilmişdir. Köks cərrahlığı şöbəsində bronxoloji xidməti təşkil etmiş, ağciyərin irinli və parazitar xəstəlikləri ilə əlaqədar elmi-təcrübi ilşlə məşğul olmuşdur. 1982–1987-ci illərdə İ. M. Seçenov adına Birinci Moskva Tibb İnstitutuna ezam olunmuş və "Traxeyanın və onun bifurkasiyasının rezeksiyası və protezlənməsi" mövzusunda doktorluq dissertasiyası müdafiə etdikdən sonra yenidən ETKETİ-yə qayıtmışdır və elmi fəaliyyətini davam etdirmişdir.

1995-ci ildə müsabiqə yolu ilə Azərbaycan Tibb Universitetinin Ümumi cərrahlıq kafedrasına rəhbər seçilmiş və bu günə qədər fəaliyyətini davam etdirir. Bu illər ərzində tədris planını müasir elmi səviyəyə qədər təkmilləşdirmişdir. Rəhbərliyi altında tədrislə yanaşı kafelrada köks qəfəsi orqanlarının açıq və qapalı zədələnmələri, ağciyərin və plevranın qeyri-spesifik irinli, parazitar, şiş xəstəlikləri, divararalığının (mediastinitlər, şişlər, xoş xassəli törəmələri), yemək borusunun, kardioezofaqeal keçidin xərçəngi, yemək borusunun kimyəvi yanıqdan sonra daralmaları, kardioezofaial keçidin sinir-əzələ mənşəli daralmaları, qaraciyər, öd yolları, mədə və 12 bağırsağın xora xəstəliyi, peritonitlər, qarın boşluğu üzvlərin açıq və qapalı zədələnmələrinin diaqnostikası və cərrahi müalicəsi ilə əlaqədar təcrübi və elmi tədqiqat işləri aparılır. Ümumi cərrahlığın tədrisi keyfiyyətini yaxşılaşdırmaq üçün 2006-cı ildə elmin müasir səviyyəsinə uyğun yenilikləri özündə əks etdirən latın qrafikası ilə "Ümumi cərrahlıq", 2009-cu ildə "Kliniki və Eksperimental cərrahlıq" dərsliklərini çap etdirib tələbələrin istifadəsinə verilmişdir.

O, 250-dən çox elmi məqalə və tezisin, 2 dərsliyin, 3 monoqrafiyanın, 5 ixtiranın, 1 patentin, 5 səmərələşdirici təklifin müəllifidir. Onun rəhbərliyi altında 4 doktorluq (A. Qeybullayev, M. Əliyev, R. Məmmədov, M. Kərimov) və 12 namizədlik dissertasiyası müdafiə olunmuşdur (A. Quliyev, R. Quliyev, A. Məmmədov, E. Quliyev, Ə. Cavadov, C. İsmayılov, M. Həsənov, E. Qasımov, R. Əliyev, S. Bağırova, N. Hacıyev, A. Həsənov).

Ailəlidir: 4 övladı vardır, onlardan 2 həkim, 1 musiqişünas, 1 linqvistrdir.

Ailəlidir: 4 övladı vardır, onlardan 2 həkim, 1 musiqişünas, 1 linqvistrdir.

Son 10 ildə aşağıdakı nəşrləri olunmuşdur.

• Джафаров Ч. М., Перельман М. И. //Силиконовые протезы дыхательных путей, Баку 1999.
• Джафаров Ч. М., Джафаров Э. Ч. //Ближайшие и отдаленные результаты хирургического лечения больных с рубцовыми стриктурами пищевода после химического ожога. Вестник хирургии 2007, том 166, № 5, с 36–38.
• Джафаров Ч. М., Джафаров Э. Ч. //Хирургическое лечение рубцовых стриктур пищевода и желудка после химического ожога. Хирургия, 2007, № 1, с 25–28
• Джафаров Ч. М., Гаджыев Н. Дж. Хирургическая тактика при эхинококкозе легких.

//Экспериментальная и клиническая медицина. Тибилиси, 2007, том 35 № 2, с 28–30.

• Джафаров Ч. М., Гаджыев Н. Дж. Выбор метода хирургического лечения эхинококкоза печени. //Современные достижения азербайджанской Медицины. Баку, 2007, № 1, с 21–24.
• Джафаров Ч. М., Рустам-заде У. Ч. //Хирургическое лечение сочетанного эхинококкоза легких и печени. Хирургия 2009, № 3, с 37–40.
• Джафаров Ч. М. Эзофагопластика желудочной трубкой. //Грудная и сердечно-сосудистая хирургия, 2009, № 3.
• Rus-Azərbaycan Tibb tezislərinin lüğəti. 2004.
• Cəfərov Çərkəz. "". Bakı, "Azərbaycan" nəşriyyatı, 2006, 552 səh.
• Cəfərov Çərkəz, Mübariz Əliyev. "" (dərslik). Azərbaycan nəşriyyatı, 2011, 456 səh.
• Cəfərov Çərkəz, Kərimov Məhəmməd. "". Bakı, "Təhsil", 2016, 304+48 səh.
• Cəfərov Ç. M., "" Bakı, "Təhsil", 2016, 224 səh. Bakı, "Təhsil", 2018, 224 səh.
• Cəfərov Çərkəz, Ağayev Elçin, İsmayılova Zülfiyyə. "" (dərslik). Bakı, "Təhsil", 2018, 224 səh.
• Cəfərov Ç. M., "". Bakı, "Aspoliqraf", 2022, 376 səh.
• Cəfərov Ç. M., "". Bakı, "Aspoliqraf", 2022, 240 səh.