Yevgeniya Şimkunayte 11 fevral 1920-ci ildə Novorossiyskdə anadan olmuşdur. Atası Frans Şimkunayte Litvanın İndubakia kəndində bir əczaçı ailəsində anadan olub, anası Olqa Lebedeva isə Novorossiyskdən olan bir tibb bacısı idi. 1922-ci ildə ailə Litvaya qayıdır və Yevgeniyanın atası Tauraqnai qəsəbəsində öz aptekini açır.

İbtidai məktəbdən sonra Yevgeniya 1937-ci ildə məzun olduğu Utena Gimnaziyasına daxil olur və həmin ildə bir eczacı peşəsini aldığı Böyük Vitovt Universitetinə daxil olur. 1941-ci ildən Kaunas və Tauraqnaidə əczaçı, 1942-1947-ci illərdə isə Vilnüs Universitetində dərman bitkiləri bağçasında işləmişdir. 1951-ci ildə Ümumrusiya Tibbi və Aromatik Bitkilər Tədqiqat İnstitutunda dərman bitkiləri xammalı hazırlıqlarının yoxlanılması ilə məşğul olduğu Qazaxıstana gedir. Litvaya qayıdaraq bir neçə il Litva Elmlər Akademiyasının Biologiya İnstitutunda çalışır və daha sonra əsas əczaçılıq şöbəsinə köçür və burada pensiyaya çıxana qədər dərman bitkiləri şöbəsində çalışır.

Yevgeniya Şimkunayte 27 yanvar 1996-cı ildə Vilnüsdə dünyasını dəyişir. Şimkunayte Tauraqnaidə valideynlərinin yanında dəfn edilir.

Yevgeniya Şimkunaytenin elmi fəaliyyəti dərman bitkiləri ilə əlaqəli olmuşdur. Universitetdə oxuduğu illərdə onlar haqqında mümkün qədər çox şey öyrənmək üçün hər fürsətdən istifadə edir. Yevgeniya Şimkunayte botanika ilə yanaşı, bir sıra kitablarını həsr etdiyi yerli folklor, adət və bayramlarla da maraqlanırdı. Arxeoloqlarla əlaqələrini də davam etdirir, qazıntılar zamanı tapılan bitki qalıqlarını müəyyənləşdirmələrinə kömək edir və əldə edilən məlumatlardan Litvada yayılma yollarını öyrənir.

1993-cü ildə Litva Elmi Şurası Yevgeniya Şimkunayteyə elmlər doktoru dərəcəsi verir.

1997-ci ildə məqsədi gənc əczacılara, xüsusən də dərman bitkiləri və bitkilərinin öyrənilməsində kömək etmək olan Yevgeniya Şimkunayte Vəqfi qurulur. 1998-ci ildə Tauraqnai orta məktəb Şimkunaytenin adını alır.