Yamanaşi Universitetinin mənşəyi 1795-ci ildə Tokuqava hökumətinin "Şoheizaka" məktəbinin (sonradan Tokio Universiteti) bir qolu kimi əsası qoyulan və Yamanaşi Müəllimlər Məktəbinə çevrilən "Kitenkan"dan (徽典館) gəlir. 1921-ci ildə kiçik yaşlı uşaqlar üçün Yamanaşi Müəllimlər Məktəbi və 1924-cü ildə Yamanaşi Mühəndislik Ali Məktəbi yaradıldı.

İkinci Dünya Müharibəsindən sonra bu üç məktəb Yaponiyanın yeni məktəb sisteminə uyğun olaraq Yamanaşi Universitetinə birləşdirildi.

Universitet rəsmi olaraq Yamanaşi Milli Universitet Korporasiyası adlanır. 2012-ci ildə Təhsil və İnsan Elmləri fakültəsi və Mühəndislik fakültəsi təşkil edildi və Həyat və Ətraf Mühit Elmləri fakültəsi yeni yaradıldı. 2016-cı ildə Pedaqoji-humanitar fakültəsində davamlı təhsil ləğv edilmiş və fakültə Təhsil fakültəsi adlandırılmışdır.

Mühəndislik fakültəsinin "Asiya Musson Bölgəsində İnteqrasiya Su Resurslarının İdarə Edilməsi üzrə Tədqiqat və Təhsil" layihəsi 2002–2006-cı illər üçün XXI-ci əsr KOE Proqramı kimi qəbul edilmişdir. Onun ardınca 2007-ci ildən KOE Qlobal Proqramı "Asiya Regionunda Çay hövzəsinin İnteqrasiya edilmiş İdarəetməsində Tədqiqatın və Təhsilin Təkamülü" proqramı həyata keçirildi.

Yamanaşi Universiteti bakalavr və magistr şöbələrindən ibarətdir.

Universitetin 4 bakalavr və 3 magistratura fakültələri var:

Bakalavr:

• Humanitar Təhsil fakültəsi
• Mühəndislik fakültəsi
• Tibb fakültəsi
• Həyat və Ətraf Mühit Elmləri fakültəsi

Magistr:

• Təhsil fakültəsi
• Tibbi avadanlıqların mühəndisliyi fakültəsi
• Tibbi Tədqiqat və Mühəndislik fakültəsi

Kofu Şərq kampusu, Kofu Qərb kampusu, Tibb Fakültəsinin kampusu

Texnologiya fakültəsi:

• Kooperativ Tədqiqat və İnkişaf Mərkəzi
• Instrumental Analiz Mərkəzi
• Universal məlumat mərkəzi
• Nanomateriallar və yanacaq elementləri üçün mərkəzlər
• Qabaqcıl Biotexnologiya mərkəzi
• Ali Təhsil mərkəzi
• Kristallar haqqında Elm və Texnologiya mərkəzi
• Oenologiya və Üzümçülük İnstitutu
• Beynəlxalq Təhsil Mərkəzi və Beynəlxalq Əlaqələr bürosu

Fakültələri: Təhsil, İnsan Elmləri və Həyat, Ətraf Mühit elmləri.

• Yaponiya Açıq Universiteti (Yamanaşi filialı)
• Universitet Kitabxanası
• Sağlamlıq Xidməti mərkəzi
• Tələbə İdman zalı.

• Universitet xəstəxanası
• Universal Tibbi Təhlil və Təcrübə mərkəzi
• Tibb fakültəsinin əsas kampusu

Yamanaşi Universitetinin tərəfdaşları

•   ABŞ Ayova Universiteti, ABŞ
•   ABŞ Şərqi Kentukki Universiteti, ABŞ
•   ÇXR Çin Elmlər Akademiyası, Çin
•   ÇXR Çin Su Ehtiyatları və Hidroenergetika Tədqiqatları İnstitutu, Çin
•   ÇXR Tianjin Universiteti, Çin
•   ÇXR Siçuan Universiteti, Çin
•   ÇXR Çin Tibb Universiteti, Çin
•   ÇXR Çində Monqolustan Tibb Universiteti, Çin
•   İndoneziya İndoneziya Universiteti (Tibb Fakültəsi), İndoneziya
•   Tailand Asiya Texnologiya İnstitutu, Tayland
•   Tailand Khon Kaen Universiteti, Tayland
•   Böyük Britaniya Durham Universiteti, Birləşmiş Krallıq
•   Böyük Britaniya Oksford Brukes Universiteti, Birləşmiş Krallıq
•   Avstraliya Texnologiya Universiteti, Avstraliya
•   Almaniya TU Drezden, Almaniya
•   Almaniya Münhen Texniki Universiteti, Almaniya

Fakültələrin tərəfdaşları

• Təhsil və İnsan Elmləri Fakültəsinin tərəfdaşları
  •   Almaniya Lüdviqsburq Təhsil Universiteti, Almaniya
  •   Fransa Jan Moulin Universiteti Lion, Fransa
• Mühəndislik Fakültəsinin Tərəfdaşları
  •   Cənubi Koreya Hanyang Universiteti, Koreya
  •   Cənubi Koreya Şonbuk Milli Universiteti, Koreya
  •   ÇXR Çançun Tətbiqi Kimya İnstitutu, Çin Elmlər Akademiyası, Çin
  •   ÇXR Vuhan Texnologiya Universiteti, Çin
  •   ÇXR Jiaotong Universiteti, Çin
  •   Malayziya Şimali Malayziya Universiteti, Malayziya
  •   İndoneziya Bravijaya Universiteti, İndoneziya
• Tibb fakültəsinin tərəfdaşları
  •   İsveç Karolinska İnstitutu, İsveç