30 yanvar 2020-ci ildə gömrük xidməti general-polkovniki ali xüsusi rütbəsi verilib.<ref>{{Cite web |title=Azərbaycan Respublikası Dövlət Gömrük Komitəsinin əməkdaşlarına ali xüsusi rütbələrin verilməsi haqqında Azərbaycan Respublikası Prezidentinin Sərəncamı |url=http://president.az/articles/35667 |access-date=2021-01-12 |archive-date=2021-12-03 |archive-url=https://web.archive.org/web/20211203231403/https://president.az/articles/35667 |url-status=live }}</ref>
Onun rəhbərliyi dövründə Gömrük Komitəsində rüşvət və korrupsiya hallarının olması barədə iddialar mövcuddur. Səfər Mehdiyev həmçinin yerlipərəstlikdə və diskriminasiyada ittiham olunur. Belə ki, komitənin 4.000 əməkdaşının 1400-ündən çoxu Səfər Mehdiyevin doğulduğu Nehrəm kəndindədir. 2022-ci ilin iyul ayında Dövlət Təhlükəsizliyi Xidməti DGK-də bir neçə dəfə əməliyyatlar aparıb. Əməliyyatlar nəticəsində Komitənin generalları, vəzifəli şəxsləri saxlanılıb.<ref>{{cite web |title=Gömrüyün 4 min əməkdaşından 1400-ü nehrəmlidir – Sensasion statistika |url=https://yenisabah.az/gomryun-4-min-emekdasindan-1400-u-nehremlidir-sensasion-statistika |website=-Yeni Sabah- |accessdate=20 iyul 2022 |language=az |date=20 iyul 2022 |archive-date=2022-07-21 |archive-url=https://web.archive.org/web/20220721052241/https://yenisabah.az/gomryun-4-min-emekdasindan-1400-u-nehremlidir-sensasion-statistika |url-status=live }}</ref> Bundan sonra 16 iyul 2022-ci ildə [[Azərbaycan Respublikası Prezidenti]]nin Sərəncamı ilə Dövlət Gömrük Komitəsi sədri vəzifəsindən azad edilib.<ref>{{cite web |title=Səfər Mehdiyev Dövlət Gömrük Komitəsinin sədri vəzifəsindən azad edilib |url=https://report.az/daxili-siyaset/sefer-mehdiyev-vezifesinden-azad-edilib/ |website=Report İnformasiya Agentliyi |accessdate=16 iyul 2022 |language=az |archive-date=2022-07-19 |archive-url=https://web.archive.org/web/20220719230559/https://report.az/daxili-siyaset/sefer-mehdiyev-vezifesinden-azad-edilib/ |url-status=live }}</ref><ref>{{Cite web |title=S.M.Mehdiyevin Azərbaycan Respublikası Dövlət Gömrük Komitəsinin sədri vəzifəsindən azad edilməsi haqqında Azərbaycan Respublikası Prezidentinin Sərəncamı |url=https://president.az/az/articles/view/56670 |access-date=2022-07-18 |archive-date=2022-07-16 |archive-url=https://web.archive.org/web/20220716124434/https://president.az/az/articles/view/56670 |url-status=live }}</ref>