Sofiya Qubaydulina, Tatar MSSRʼin Çistay şəhərində anadan olub. Atası Qubaydulin Asqat Masqudoviç, mühəndis –geodez, anası Qubaydulina Fedosiya Fedorovna, müəllimə, babası Masqud Qubaydulin molla idi. 1932-ci ildə ailə Kazana köçdü. 1935-ci ildə Sofiya, P. I. Çaykovski adına 1 saylı musiqi məktəbinə daxil oldu.1946-cı ildən 1949-cu ilə qədər Kazan Musiqi Pianino Məktəbində (M. Ə. Pyatnitskaya sinfi) və, 1949-cu ildən 1954-cü ilədək Kazan Konservatoriyasında professor Albert Lehmanın sinfində, həmçinin Qriqori Koandanın piano sinfində təhsil almışdır.

1954-cü ildə Moskva Konservatoriyasına, Yuri Şaporinin sinfinə, sonra isə Yoqub Zackin pianino sinfində təhsil aldı. Stalin təqaüdçüsü idi. 1963-cü ildə professor Vissarion Şebalinin rəhbərliyi ilə Moskva Konservatoriyasının aspiranturasını bitirmişdir. 1969–1970-ci illərdə Qubaydulina A. N. Skryabin muzeyində Moskva Elektron Musiqi Eksperimental Studiyasında işləmiş və orada "Vivente — non vivente" (həyat – qeyri həyat, 1970) elektron pyesini yazmışdır.

Qubaydulina filmlər üçün də musiqi yazmışdır. Ümumilikdə, o, " Şaquli " (1967), "Mouqli" (cizgi filmi, 1971), "İnsan və onun quşu" (cizgi filmi, 1975), " Müqəvva " (rej. R. Bıkov, 1983) "Məryəm Şotlandiya Şahzadəsi" (2013) daxil olmaqla 25 film üçün musiqi yazmışdır .

1979-cu ildə Tixon Xrennikovun bəstəkarların VI qurultayında hesabatında onun musiqisi sərt tənqidlərə məruz qaldı və Qubaydulina bir neçə il radio və televiziyada çıxış edə bilməyən yeddi yerli bəstəkardan biri oldu, "Xrennikov yeddilik" adlanan "qara siyahı"-a düşdü. 1991-ci ildə Qubaydulina Alman təqaüdünü qazandı və yarım il Vorpsvede yaşadı. 1992-ci ildən etibarən Hamburq yaxınlığında Appen şəhərində yaşayır, Rusiya vətəndaşlığını saxlayır.

2005-ci ildə Kazan Minilliyinə həsr olunmuş dünya turu keçirmişdir. 2011-ci ildə Qazan şəhərində Qubaydulinanın 80 illiyinə həsr olunmuş bayram və tədbirlər keçirildi, o cümlədən onun adına iki festival təşkil edildi və o, Kazan fəxri vətəndaşı elan edildi.

• Etüd üçün 5 arf, ikiqat bas və zərb alətləri (1965)
• Memfis gecəsi, mezzo-soprano üçün cantata, qədim Misir mətnləri üzrə kişi xor və orkestrası (1968)
• Rübailər, Xaqani Şirvani, Hafiz Şirazi və Ömər Xəyyam şeirlərinə kantata (1969)
• Tatarıstan folkloruna əsaslanan Domra və Piano üçün beş pyes (1977)
• Saat Kitabı, Rayner Mariya Rilke şerlərinə kantata (1991)
• Vaxtın Şəkli Simfoniyası (1994)
• Flüt, simli və zərbə üçün musiqi (1994)
• İndi həmişə qar var, Gennady Aygi şerlərinə kantata(1993)
• "In Tempus Praesens", skripka və orkestr üçün ikinci konsert, (2007)
• So Sei Es (belə olsun), Suslin'ə həsr olunmuş pyes (2013)

• 1964 — "istəyirsiz İnanın – istəyirsiz yox"
• 1967 — "Şaquli"
• 1968 — "Mələk Günü"
• 1969 — "Ağ Partlayış"
• 1973 — "Mouqli" (animasiya)
• 1974 — "Həkim Kalinnikovanın hər günü"
• 1975 — "İnsan və onun quşu" (animasiya)
• 1982 — "Şöbə"
• 1983 — "Müqəvva"
• 1987 — "Kreutzer Sonata"
• 1988 — "Tək gəzən pişik" (animasiya)
• 1988 — "Balkon"
• 1989 — "Anna Axmatovanın fərdi işi" (sənədli)
• 2011 — "Karton kənd"
• 2013 — "Məryəm —Şotlandiya Kralı"

• Monako Knyaz mükafatı(1987)
• RSFSR əməkdar incəsənət xadimi (1989)
• Lenin mükafatı mükafat komitəsinin üzvü(1990)
• Franco Abbiato mükafatı, İtaliya (1991)
• Kusevitsky mükafatı, ABŞ (1990, 1994)
• Rusiya Federasiyasının Dövlət mükafatı(1992)
• Ludwig Spohr Mükafatı, Almaniya (1995)
• İsveç Kral Musiqi Akademiyasının üzvü(1995)
• Imperator mükafatı (Praemium Imperiale), Yaponiya (1998)
• "Pour le Mérite" ("Merit üçün") ordeni, Almaniya (1999)
• "Bibliya və Mədəniyyət" fond mükafatı, Almaniya (1999)
• Leoni Sonning Musiqi Mükafatı, Danimarka (1999)
• Goethe medal, Almaniya (2001)
• Silenzio Mükafatı, Moskva (2001)
• Polar Musiqi Mükafatı, Stokholm (2002)
• Living Composer, Fransa (2003)
• "Triumf" mükafatı (2006)
• Çikaqo Universitetinin fəxri doktoru (2011)
• Kazanın fəxri vətəndaşı (2011)
• Venesiya Musiqi Festivalı'da Golden Lion (Biennale di Venezia'nın Musiqi və Teatr sektoru) (2013)
• "Duslik" ordeni (Tatarstan, 2016)

• Холопова В. Н., Рестаньо Э. София Губайдулина. — М., 1996. (на ит. яз. — Турин, 1991).
• Ценова В. С. Числовые тайны музыки Софии Губайдулиной. — М., 2000 (на нём. яз. — Берлин, 2001).
• Холопова В. Н. София Губайдулина: Путеводитель. — М., 2001.
• Кудряшов А. Ю. Об особенностях ладогармонического устройства "Сада радости и печали" С. Губайдулиной // Проблемы музыкознания. Музыка. Язык. Традиция: Сборник научных трудов. Вып. 5. / Отв. ред.-сост.: В. Г. Карцовник. — Л.: ЛГИТМиК, 1990. — С. 179–192.
• Петров В. О Инструментальный театр Софии Губайдулиной // Актуальные проблемы высшего музыкального образования: Научно-аналитический и научно-образовательный журнал. — 2011. — № 4 (20). —С. 49–55.
• Петров В. О. "Сад радости и печали" Софии Губайдулиной (о концепции сочинения) // Камертон: Вестник Астраханской государственной консерватории. Вып 9: сентябрь — декабрь 2010. — Астрахань: Новая линия, 2010. — С. 28–30.
• M. Kurtz. Sofia Gubaidulina. — Stuttgart, 2001.