Universitetin tarixi 26 dekabr 1931-ci il tarixli SSRİ Xalq Komissarları Soveti yanında Birləşmiş Dövlət Siyasi İdarəsi kollegiyasının qərarı ilə Xarkov ətrafında, Pomerkax kəndində, sərhəd profilinin adı verilən yeni bir təhsil müəssisəsi — İkinci normal məktəb açılması sərhəd gözətçisi və SSRİ Xalq Komissarları Soveti yanında Birləşmiş Dövlət Siyasi İdarəsi qoşunları ilə qoyuldu. 1938-ci ilin aprelində məktəb NKVD-nin I adına Sərhəd və Daxili Qoşunların Xarkov Hərbi Məktəbi adlandırıldı. Feliks Dzerjinski, iki illik bir təhsil müddəti ilə. Və oktyabr ayında adı: Almatı sərhəd hərbi məktəbi Feliks Dzerjinski. 2 aprel 1957-ci ildə Daxili İşlər Nazirliyinin / DTK-nin birgə əmrinə əsasən təhsil müəssisəsi Daxili İşlər Nazirliyinin tabeliyindən DTK-ya verildi. Təhsil müddəti 3 ildir. 15 iyul 1960-cı ildə SSRİ Nazirlər Sovetinin nəzdindəki DTK-nin 22 yanvar 1960-cı il tarixli əmri ilə təhsil müəssisəsi Almatı Ali Sərhəd Komandanlığı Məktəbinə çevrildi (4 illik təhsil müddəti ilə). 1961-ci ilin avqust ayında orta hərbi təhsil müəssisəsinin proqramı ilə məşğul olan üç illik təhsil müddəti olan zabitlərin son buraxılışı məktəbdə baş verdi. QRMTKSA-da 1960-cı ildə dağılmış Kalininqrad hərbi-sənaye kompleksinin 1-ci və 2-ci kurs kursantları təhsillərini başa vurdular.

Qazaxıstan Respublikası MTK Sərhəd Mühafizə Xidmətinin Akademiyası, SSRİ DTK-nın Feliks Dzerjinski adına Məktəbinin Oktyabr İnqilabının Ali Sərhəd Komandanlığı Qırmızı Bayraq Ordeninin əsasında yaradılmışdır. Qazaxıstan sərhəd qoşunlarının qurulması, Qazaxıstan Respublikası Milli Təhlükəsizlik Komitəsinin Ali Sərhəd Komandanlığı Məktəbi adlandırıldı. 1993-cü ildə onun bazasında 5 illik təhsil müddəti və məzunlar üçün ali hüquq təhsili proqramının tətbiqi ilə Qazaxıstan Respublikası Milli Təhlükəsizlik Komitəsinin Hərbi İnstitutu quruldu. 1995-1997 — Qazaxıstan Respublikası Sərhəd Qoşunlarının Hərbi İnstitutu.

1997-ci ildə tələbələr üçün hüquq təhsili ləğv edildi, hüquq fənləri şöbələri ləğv edildi, Hərbi İnstitut yenidən kursantlar üçün 4 illik təhsil müddəti ilə Qazaxıstan Respublikası Silahlı Qüvvələrinin Ali Sərhəd Komandanlığı Məktəbinə çevrildi. 26 iyun 1999-cu ildə Prezidentin Fərmanına əsasən təhsil müəssisəsi yenidən Qazaxıstan Respublikası Milli Təhlükəsizlik Komitəsinin Hərbi İnstitutu olaraq yenidən təşkil edildi. 2010-cu ildən — Qazaxıstan Respublikası Milli Təhlükəsizlik Komitəsinin Sərhəd Akademiyası. Qazaxıstan Respublikası Prezidentinin 13 mart 2012-ci il tarixli 282 nömrəli Fərmanı ilə Qazaxıstan Respublikası Milli Təhlükəsizlik Komitəsinin Sərhəd Akademiyası, Milli Təhlükəsizlik Komitəsinin Sərhəd Mühafizə Xidmətinin Akademiyası olaraq dəyişdirildi.