Qonaqkənd fiziki-coğrafi rayonu — şimal-şərqi Qafqazın bir hissəsi olub, Şamaxıdan şimalda, Baş Qafqaz silsiləsindən şərqdə yerləşir. Şimalda o, Sudur silsiləsi ilə,şərqdə isə Samur-Dəvəçi ovalığı ilə həmsərhəddir.Quba təbii rayonunun ərazisi Qonaqkəndin ərazisinə uyğun gəlir.
Bu fiziki-coğrafi rayon ərazisininin ən uca hissələri Baş Qafqaz silsiləsindəki Bazardüzü (4466 m), Zəfər zirvəsi (4301 m), bundan başqa isə Böyük Suval,Kiçik Suval və Təngi kimi silsilələr mövcuddur. Baş Qafqaz silsiləsinindın şərqə doğru hündürlüyü azalır. Buna başlıca səbəbi tektonik proseslərin zəifləməsidir.
Qonaqkənd rayonu ərazisinin əsas hissəsində təbaşır sisteminin süxurları geniş sahə tutur. Burada mezozoy qrupu çöküntülərindən başqa kaynozoy qrupunun (neogen sisteminin) süxurlarıda yayılmışdır. Ərazidə, xüsusilə dağarası çökəkliklərdə Dördüncü dövrün gilləri, qumları, çaydaşları əsasən rayonun cənub-şərqində Xızı rayonunun xəzər sahillərində geniş yayılıb. Göründüyü kimi, Qonaqkənd təbii rayonunun ərazisində qərbdən şərqə doğru süxurlar cavanlaşır, yəni qədim Təbaşir, ondan cavan Neogen, sonucu Dördüncü dövr süxurları ilə əvəz olunur.