Babur ata tərəfdən Teymurilər sülaləsindən, ana tərəfdən isə Çingizlilər sülaləsindəndir. Baburun atası Əmir Teymurun nəvəsi olan Ömər Şeyx Mirzə Barlas idi. Baburun anası isə Çingizlilər nəslindən olan Yunus xanın qızı Qutluq Nigar xanım idi.

Baburun ata tərəfdən mənsub olduğu Teymurilər sülaləsinin əsasını qoyan Əmir Teymur əslən barlas boyundandı. Barlaslar Orta Asiyada yaşayan türkləşmiş monqol boyu idi. Monqolların gizli tarixi (rus. Монголын Нууц Товчоо) adlı əsərə görə barlaslar boruciginlərlə bir soydan gəlir. Karçar barlaslar barlas e3boyunun qurucu əcdadlarıdır. Monqolların gizli tarixi XIII əsrdə Ögedey xana yazılmış epik əsərdir. Bu əsərdə göstərilir ki, Karçar barlaslar eyni zamanda Çingiz xanın əcdadı olan əfsanəvi monqol lideri Bodonçirin nəslindən gəlir.

Orta Asiyanın yerli əhaliləri ilə sıx əlaqələrə görə barlaslar arasında İslam dinindən başqa digər dinlərə (Buddizm, Şamanizm) də inananlar yaşayırdı. Bu sıx əlaqələr mədəni cəhətdən bir-birlərindən təsirlənmələrinə və qarışmalarına səbəb olmuşdu. Bu kimi səbəblərdən monqol mənşəli boy olan barlaslar monqol dilindən başqa çağataycanı da (Türk dillərinin uyğur mənşəli bir növü; ərəb və fars dillərindən də təsirlənmiş və çağdaş özbəkcənin yaranmasında rol oynamışdı) geniş şəkildə istifadə edirdilər.