Patogenez (qədim yunanca πάθος “əzab, xəstəlik” + γένεσις “mənşə, yaranma”) — xəstəliklərin yaranması, inkişafı mexanizmi və onların ayrı-ayrı təzahürləridir. Müxtəlif səviyyələrdə - molekulyar pozğunluqlardan tutmuş bütövlükdə bədəndəki pozğunluqlara qədər nəzərdən keçirilir. Patogenezi öyrənərək, həkimlər xəstəliyin necə inkişaf etdiyini aşkar edirlər.
Patogenez doktrinasının təkamülü bütövlükdə tibbin inkişafının son dərəcə vacib hissəsidir. Məhz müxtəlif səviyyələrdə patogenetik proseslərin təsvirinin olması xəstəliklərin inkişafının səbəblərinə daha dərindən nüfuz etməyə və onlar üçün getdikcə daha təsirli terapiya seçməyə imkan verdi. Patogenez məsələləri patoloji fiziologiya, patoloji anatomiya, histologiya və biokimya tərəfindən öyrənilir, heç bir tibb ixtisası patogenez məsələlərini nəzərdən keçirmədən keçinə bilməz. Tipik patogenetik proseslərin sayı məhdud olsa da, onların birləşmələri və gedişatının şiddətinin nisbəti bir çox məlum xəstəliklər üçün unikal klinik şəkillər yaradır.
Tipik patogenetik reaksiyaları, onların gedişatını və bir-biri ilə qarşılıqlı əlaqəsini bilməklə, xəstəliyin diaqnozu hələ müəyyən edilməmiş, lakin bədəndə baş verən patoloji dəyişikliklər aydın şəkildə müəyyən edilmiş hallarda belə adekvat terapiya təyin etmək mümkün olur. Beləliklə, diaqnoz qoyulana və etiotrop terapiya başlayana qədər xəstənin vəziyyətini stabilləşdirmək mümkün oldu.