Muzey 1803-cü ildə qurulmuşdur. Muzeyin açılışı Qara dəniz donanmasının və limanların baş komandiri Markiz de Traversin tapıntıların saxlanması zərurəti ilə əlaqədar qərarı ilə yaradılan nadir əşyalar ofisinin açılması ilə əlaqədardır.

1806-cı ilə qədər bu, Novorossiyanın bütün arxeoloji tapıntılarının gətirildiyi yeganə muzey idi.

1838-ci ildə şəhər admirallığı ekspozisiyalar üçün xüsusi pavilyon tikir. XIX əsrin ortalarında bir çox eksponatlar Odessa, Kerç, Xerson və digər şəhərlərdə muzeylərin açılması üçün əsas olmuşdur.

1856-cı ildə Krım müharibəsində Rusiya imperiyasının məğlubiyyətindən sonra və sülh müqaviləsinin şərtləri nəticəsində Nikolayevdəki dəniz müəssisələrinin ştatları xeyli ixtisar edilir. Nadirlər kabineti də ləğv olunur. Beləliklə, qiymətli əşyalar kolleksiyaları lazımi diqqətdən kənarda qalaraq müxtəlif şəhər müəssisələrinin fondlarına və arxivlərinə köçürülür. 1913-cü il dekabrın 15-də Nikolayev Şəhər Dumasının qərarı ilə S. Qayduçenkonun rəhbərlik etdiyi həvəskar yerli tarixçilərdən ibarət təşəbbüs qrupu tapıntıların daim yenilənməsi əsasında Nikolayev Təbiət Tarixi Muzeyini açır. O, İ. Zaslavskinin Bolşaya ilə Malaya Morskayanın küncündə yerləşən şəxsi evinə yerləşdirilir. Ekspozisiyanın əsasını 40 ildən çox zoologiya, botanika, mineralogiya obyektlərini toplayan E. Frantsevin kolleksiyası təşkil edirdi. O, ölümündən sonra varislər bu kolleksiyanı şəhərə hədiyyə edirlər. S. Qayduçenko muzeyin ilk direktoru təyin edilir. Muzeyin fondu Olbiyada aparılan qazıntılar və şəxsi kolleksiyalardan əldə edilən əşyalarla əhəmiyyətli dərəcədə dolur.

1920-ci ildə muzey Tarix-Arxeologiya Muzeyi adlandırılmağa başlanılır. 1929-cu ildən 1936-cı ilə qədər o, Mühafizəxana və Admiralti Katedralinin evlərində yerləşib, sonra İnjenernaya küçəsindəki 1 nömrəli evə köçüb. Artıq İkinci Dünya müharibəsi başlamazdan əvvəl muzey Dekabristov küçəsi, 32 ünvanındakı binada yerləşirdi.

1941-1944-cü illər işğalı dövründə muzey demək olar ki, tamamilə dağıdılıb. Buna baxmayaraq, onun ekspozisiyası işğal dövründə də fəaliyyət göstərib. Hətta burada yeraltı antifaşist qrupu qurulub və fəaliyyət göstərib.

1943-cü ildə muzey hətta yeni, daha böyük bir bina alır. Muzeyin direktoru və baxıcısı şəxsi mənzil əldə edir. Yenilənmiş muzey sərgilər keçirməyə başlayır və ziyarətçilərin üzünə açılır. Ziyarətçilərin 75%-i alman zabitləri və əsgərləri olur.

Buna baxmayaraq, 1943-cü ilin sonunda almanlar arxeoloji eksponatların bir hissəsini Koenigsbergə aparır. Bunlar bu günə qədər itmiş hesab edilən ən qiymətli eksponatlar hesab edilir.

Artıq 1950-ci ildə muzey müxtəlif nadir eksponatlarla doldurulmuş, tamamilə bərpa edilmiş və artıq vilayətl diyarşünaslıq muzeyi kimi açılışını qeyd etmişdir.

Müharibədən sonrakı bütün illərdə 2012-ci ilə qədər muzey Müqəddəs İosif Roma Katolik Kilsəsinin kompleksinə aid kiçik bir otağın divarları arasında idi. Buna görə də yalnız iki sərgi zalı açıq idi. Eksponatlar olduqca çətin şəraitdə saxlanılırdı. 1 m²-ə 400 ədəd eksponat düşürdü. Baxmayaraq ki, muzey əşyalarının kolleksiyası davamlı şəkildə artırdı və hər il muzey fonduna 3-4 min eksponat gətirilirdi.

2012-ci ildən o, ölkə əhəmiyyətli abidə olan Köhnə Donanma kazarmasında yerləşir. Bu günə qədər əsas bina bərpa olunub və ziyarətçilər üçün açıqdır. Üç mərtəbədə maraqlı eksponatlar var. Ekspozisiya 21 zaldan ibarətdir. Birinci zal Emmanuil Frantsevin kolleksiyasıdır. “Staroflotski kazarmaları”nın ərazisində əsl muzey şəhərciyinin salınması planlaşdırılır.

Nikolaev Vilayəti Diyarşünaslıq Muzeyi əhəmiyyətli bir muzey birliyidir. Onun tərkibinə (əsas tərkibə əlavə olaraq) daxildir:

Gəmiqayırma və donanma muzeyi;

Böyük Vətən müharibəsi illərində Nikolayev vilayətindəki Yeraltı Partizan Hərəkatının Muzeyi;

A. V. Suvorov adına Oçakov Hərbi Tarix Muzeyi;

Pervomayski diyarşünaslıq muzeyi;

Krımka kəndindəki "Partizan qığılcımı" muzeyi.

Muzeydə artıq 300.000-dən çox eksponat toplanmışdır ki, onların da yarısı antik əşyalardır. Onların arasında Olbiyadan qədim əşyalar, Kiyev Rusunun alətləri, kazakların silahları və daha çox şey var. Muzeyin kolleksiyası şəhər əhalisinin təsadüfi tapıntıları hesabına daim yenilənir. Tramvay hissələri daim köhnəlirdi və onları dəyişdirmək çətin idi. O günlərdə tramvayın alt hissəsi tuncdan ibarət idi. Yalnız eyni bürünclə əvəz edilə bilərdi, lakin çox az metal var idi və onlar sadəcə tramvay deposunun ehtiyacları üçün ayrılmamışdı. Ştemberov fantaziyasını işə saldı və vəziyyətdən çıxış yolu tapdı. Tarix-diyarşünaslıq muzeyində çar dövründən qalma üç tunc top saxlanılırdı. Yevgeni Nikolaeviç şəhər şurasına müraciət edərək silahları əritmək və yeni hissələri tökmək üçün icazə alır. 21-ci əsrdə buna yol verilməzdi. Lakin o zaman inqilab artıq keçmişdi və onlar mübarizə apardıqları keçmiş rejimin simvolundan başqa bir şey hesab edilmirdilər.

Tarix-diyarşünaslıq muzeyinin işçiləri bu qərara etiraz edirlər, lakin hər şey çox uzun çəkir. Yalnız bir silah geri qaytarılır. Qalanların hamısı xeyirxah işə sərf olunur.