Sovet hakimiyyəti illərində Naxçıvan Muxtar Respublikası ərazisində Sovet-İran və Sovet-Türkiyə sərhədləri Zaqafqaziya Sərhəd Qoşunları Dairəsinin 41-ci sərhəd dəstəsi, Ordubad və indiki Sədərək rayonları ərazisindən keçən hissəsi isə heç bir səbəb göstərilmədən Ermənistanda yerləşən sərhəd dəstələri tərəfində mühafizə olunurdu. Naxçıvan Muxtar Respublikasının Ali Məclisinin sədri Heydər Əliyevin təkidli tələbindən sonra 1991-ci il oktyabrın 30-da muxtar respublika ərazisində yerləşən bütün sərhəd zastavaları 41-ci sərhəd dəstəsinə tabe edildi. Lakin SSRİ-nin süqutu və Azərbaycan Respublikasının müstəqil dövlət kimi bərqərar olduğu bir şəraitdə Rusiyanın tabeçiliyində olan 41-ci sərhəd dəstəsinin Azərbaycan dövlət sərhədinin mühafizəsini həyata keçirməsi qeyri-mümükün idi. Belə mürəkkəb durumda Naxçıvan sərhəd dəstəsinin Rusiya sərhədçilərindən təhvil alınmasında Heydər Əliyevin müstəsna xidməti olmuşdur. Heydər Əliyev Azərbaycan Respublikası, o cümlədən Naxçıvan Muxtar Respublikası ərazisində yerləşən hərbi hissələrin bütün texnika və əmlakının qeyd-şərtsiz muxtar respublikaya təhvil verilməli olduğunu konkret dəlillərlə sübut etdi. Onun əzmi və iradəsi sayəsində rus sərhədçiləri heç nə götürmədən muxtar respublika ərzisini tərk etdilər; bu, müstəqil Azərbaycan ordu quruculuğunun parlaq səhifələrindən birini təşkil edir.

Azərbaycan Respublikasının Prezidenti Heydər Əliyevin 1993-cü il noyabrın 2-də radio və televiziya ilə xalqa tarixi müraciətindən sonra ötən illər ərzində Naxçıvan sərhəd dəstəsi böyük inkişaf yolu keçmişdir. Onun yetirmələri sərhədlərimizin qorunmasında və erməni təcavüzkarlarına qarşı döyüşlərdə, Azərbaycan dövlətçiliyinə xəyanət edərək dövlət çevrilişinə cəhd göstərənlərə qarşı mübarizədə fədakarlıq və qəhrəmanlıq nümunləri göstərmişlər. Onların sırasında Azərbaycanın milli qəhrəmanları Ə. R. Əliyevin, F. Ç. Cəfərovun, həmçinin Qafur Məmmədovun qəhrəmanlığını təkrar edərək komandirini ölümdən xilas edib, özü həlak olmuş kiçik çavuş N. T. Xəlilovun və b.-nın adlarını çəkmək olar.

Son illərdə dövlət sərhədinin əməliyyat şəraiti gərgin olan 42.5 km-lik məsafəsində mühəndis-texniki qurğuların yenidən çəkilib bərpa-edilməsi sayəsində mütəşəkkil qaçaqmalçılığa son qoyulmuş, İran, Türkiyə və Ermənistan sərhədləri boyu bütün 231.3 km-lik məsafədə zastavaların möhkəmləndirilməsi və yeni texniki vasitələrlə təchiz edilməsi sahəsində ciddi işlər görülmüşdür. Ali Baş Komandan Heydər Əliyev 1996-cı ilin oktyabrında Naxçıvan Muxtar Respublikasına səfəri zamanı Naxçıvan sərhəd dəstəsində də olmuş və şəxsi heyət qarşısında söylədiyi nitqində demişdir: "Sizin hamınız, zabit heyəti, şəxsi heyət çox iş görmüş, yararlı sərhəd dəstəsi yaratmışsınız. Gördüyünüz bu işlərə görə sizə təşəkkür edir və əmin olduğumu bildirmək istəyirəm ki, əldə etdiyiniz nailiyyətləri daha da artırıcaq, burada Azərbaycan sərhəd qoşunlarının böyük bir dəstəsini nümunəvi dəstəyə çevirərək respublikamızın sərhədlərini etibarlı mühafizə edəcək, qoruyacaqsınız. Mən buna əminəm".

Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyevin 2004-cü il 14 yanvar tarixli fərmanı ilə Naxçıvan sərhəd dəstəsinin bazasında "Naxçıvan sərhəd diviziyası" yaradılmışdır. 

• Naxçıvan Hərbi Qarnizonu