Məscidin memarlıq üslubuna diqqət yetirdikdə onun düzbucaqlı formada inşa edildiyini görmək mümkündür. Bu plan əsasən Səfəvi dövrü məscidlərinin ənənəvi xüsusiyyəti hesab olunur. Bundan əlavə, məscidin daxili dekorasiyasında, müqərnəsli sütun başlıqlarını, taxta sütunlarını, taxta tavanları və digər üslub xüsusiyyətlərini nəzərə alsaq məscidin Səfəvilər dövrünə aid olduğunu söyləmək mümkündür. Qacarlar dövründə Molla Rüstəm məscidinin bir çox yeri, xüsusən də onun tavanındakı işçilik nümunələri və şerlər bərpa olunmuşdur. Məscidin içərisindəki lövhələrdə hicri 1263 (1846) tarixi görünür və bu tarix Qacar dönəminə təsadüf edir. Günümüzdə məscid istifadəyə açıqdır.

Məscidin inşa tarixini göstərən bir kitabə yoxdur. Lakin məscidin şimal tərəfində, girişdən yuxarı solda mərmərdən 40x60 sm ölçüdə kitabə vardır. Kitabənin üzərində məscidin bərpa tarixi yəni hicri 1263-cü il (1846) yazılıb. Həmçinin bu kitabənin üzərində: Məscid Nəsirəddin şah dövründə Hacəli xan Müqəddəm Maraği tərəfindən bərpa edilmişdir sözləri oxunur.

Məscid plan olaraq çoxayaqlı taxta dayaqlı plan tipində tikilmişdir. Məscidin ölçüləri 25,6x19,4 m, hündürlüyü 4,5 m-dir. İbadətgahda hər cərgədə 7 sütun olmaqla, 5 cərgə sütundan istifadə edilib və ümumilikdə 35 taxta sütun var. Ümumilikdə isə məsciddə 40 sütun mövcuddur. Bunun səbəbi Məhəmməd peyğımbər tərəfindən 40 ədədinin müqəddəs sayılmasıdır. 40 sütun Səfəvi dövrü abidələrinə məxsus memarlıq xüsusiyyətlərindən biri hesab olunur. Buna İsfahanda yerləşən məşhur Çəhəl sütun sarayını misal göstərmək olar. Abidənin şimal cəbhəsi 33,5 m, cənub cəbhəsi 28 m, qərb 21,3 m, şərq cəbhəsi isə 30 m-dir. Məscidin iki giriş hissəsi var, bu giriş bölmələri məscidin şimal tərəfindədir. Məscidin nisbətən qərbdə yerləşən giriş qapısı müqərnəsli tacqapıdır. Bu qapı sivri uclu kəmərin içinə yerləşdirilib və üzərində suvaqdan hazırlanmış müqərnəslər var. Müqərnəsin altında bitki formalı bəzəklər var. Bundan əlavə, sivri uclu kəmərin içərisində gipsdən hazırlanmış həndəsi ornamentlər nəzərə çarpır. Bu girişdə kərpiclər ornamentli üfüqi və şaquli şəkildə düzülmüşdür. Sonradan girişə dəmir pəncərə və dəmir qapı əlavə edilmişdir. Müqərnəsli girişin üzərində eni təqribən 1 m olan taxta saçaqlar var. Ümumiyyətlə Molla Rüstəm məscidində iki növ ornament var, birincisi taxta dirəklərdəki müqərnəs oymaları, digəri isə taxta tavandakı xətlərdir.

Digər giriş şimal fasadının şərqində yerləşir və eyvan tipli girişdir. Bu giriş də sivri uclu kəmərin içərisinə yerləşdirilib, içərisində pəncərə və taxta qapı var. Qapı kəmərinin üst hissəsi üfüqi və şaquli formada göy rəngli şirli kərpiclə hörülmüşdür. Kəmərin məhək daşı üzərində sarı şirli kərpicdən istifadə edilmiş və üzərində Məhəmməd peyğəmbərin adı yazılmışdır. Məscidin şimal fasadı iki mərtəbəlidir və aşağı mərtəbədə 1x1,5 m ölçüdə beş kiçik pəncərə yerləşdirilib. İkinci mərtəbədə daha beş böyük pəncərə var. Bu pəncərələr ibadətgahı işıqlandırır. Pəncərələr də sivri uclu kəmərin içərisinə yerləşdirilib və onun formasına uyğun hazırlanıb. Məscidin əsas giriş qapısı şimal tərəfdə yerləşən şərq istiqamətinə açılan qapıdır. Bu qapıdan daxil olduqdan sonra daşlıq bölümü qarşımıza çıxır. Daşlıq hissəsi suvaqla örtülüb. Bura gələn ziyarətçilər 5 pilləkən çıxaraq ibadətgaha keçirlər.  ibadətgahın qapısı kvadrat formalı, iki tərəfli taxta qapıdır. Daşlıq hissəsi kərpicdən tikilib altıbucaqlı formasındadır. Şərq qapısı dəmirdəndir və içəri girməzdən əvvəl daşlıq hissə var. Daşlıq hissənin sol tərəfindən məscidin ibadətgah hissəsinə daxil olunur. Məscidin dəstəmaz otağı və tualetləri şərq qapısı tərəfdə yerləşir və bu hissələrə giriş həyətə oxşar koridorla təmin edilir. Molla Rüstəm məscidində, əsasən, 35 taxta sütunlu ibadətgah hissəsi yayda ibadət məqsədi ilə istifadə edilsə də, qışda havanın soyuq olması səbəbindən məscidin istilik problemi də nəzərə alınır. Qışda ikinci mərtəbədə yerləşən dörd sütunlu daha kiçik ibadət otağından istifadə olunur. ikinci mərtəbədəki kiçik hərim bölməsindən istifadə olunur. Bu otağın sahəsi 26,5x7,5 m-dir, 4 sütunu var. Sütunlar arasındakı məsafə 3,4 m-dir. Onlardan biri mərmərdəndir və tarixçilərin fikrinə əsasən Qacarlar dövründə əlavə edildiyi ehtimal olunur. Bundan əlavə, bu sütunların başlıqları iki cərgə müqərnəslidir. Məscidin şərq girişindən bu gün qadınlar istifadə edirlər. Yay ibadətgahındakı sütunlar mehraba paralel olaraq yeddi ədəd olmaqla beş cərgədə düzülmüşdür. Bu sütunlar arasındakı boşluq təxminən 3 m-dir. Sütunların altlığı daşdan, başlıqları isə müqərnəsdir. Bu müqərnəslər kiçikdən böyüyə qədər tədricən üç cərgədə düzülmüşdür. Bundan əlavə, müqərnəslərin üzərində heç bir ornamentə rast gəlinmir. Sütunların gövdəsi qovaq ağacından hazırlanıb və üzərində bəzək yoxdur. Məscidin tavanı da taxtadandır. Tavanla sütunların arasında oyma ağaclar var. Onların üzərində nəbati motivlərdən ibarət əl işi ornamentlər oyulub.  onların üslub xüsusiyyətləri.Bu əllə çəkilmiş bəzəklərə əsasən Qacar dövrünə aid abidələrdə rast gəlinir. Bundan başqa tavala sütun arasındakı ağacların üzərinə Allahın (Esmaül Hüsna) bir neçə adı Ya Burhan, Məhəmməd, Əli adları yazılmışdır. Bu adları günümüzdə də oxumaq mümkündür. Yay ibadətgahının şimalında dörd taxta qapı və pəncərə var. Bu pəncərələr qış ibadətgahına açılır.

Məscidin mehrabı cənub tərəfdədir və mehrabda heç bir bəzək yoxdur. Mehrab taxçası yarımdairəvi kəmərlə divara yerləşdirilib. Mehrabın çıxıntısı yoxdur. Mehrabın qarşısında taxtadan altı pilləli səyyar minbər var. Minbərin üzərində heç bir yazı və ornament yoxdur.

Məscidin həmçinin mətbəxi və yemək paylama otağı da var. Zəkat yeri ianələrin qəbul edildiyi, qida və geyimlərin paylandığı yerdir. Burada kərpicdən hörülmüş 4 dairəvi sütun yerləşir. Otağın tavanı qış ibadətgahının zəminidir. Burada da heç bir bəzək ünsürünə rast gəlinmir.

Məscidin ornament və bəzəkləri kərpiclərin şaquli və üfiqi düzülüşü ilə əldə edilmişdir. Məscidin inşaasında daş, kərpic, şirli kərpic, taxta və suvaqdan istifadə edilib.

• Mehdi Məhəmmədzadə. Saideh Tavakolli, İrfani Semboller Molla Rüstem Camisinin Süslerinde. Mahi Hüner. 2013.
• MOHSENİ TAZEHKAND. TARİHİ ALANLARIN KORUNMASI VE İYİLEŞTİRİLMESİNİN MEKANSAL, SOSYAL VE EKONOMİK ETKİLERİNİN ANKARA HAMAMÖNÜ YENİLEME ALANI ÇERÇEVESİNDE DEĞERLENDİRİLMESİ VE MERAGA KENTİ MOLLA RÜSTEM -HAMAM TARİHİ ALANI İÇİN ÖNERİLERİN GELİŞTİRİLMESİ. Gazi Universitesi. 2018.
• Mohammedreza GHARİHEİDARİ. MERAGADA’Kİ SANAT ve MİMARİ VARLIKLARI ve ANADOLU’YA ETKİSİ. Erzurum. T.C.
ATATÜRK ÜNİVERSİTESİ SOSYAL BİLİMLER ENSTİTÜSÜ SANAT TARİHİ ANABİLİM DALI. 2017.
• Dihgan Nahid. Azerbaycan’ın Ahşap Nigareleri. Təbriz. Sanat Kültür Bakanlığı. 2000.

• Mokhlesi, M. A. Doğu Azerbaycan’ın Tarihi Eserleri Listesi. Tehran: Kültürel Miras Örgütü. 1992.
• Ali NOROUZİ ALANJAGH. DOĞU AZERBAYCAN İLİNİN (İRAN) BÖLGESEL AÇIDAN TURİZM PLANLAMASI VE ANALİZİ. Erzurum. T.C. ATATÜRK ÜNİVERSİTESİ SOSYAL BİLİMLER ENSTİTÜSÜ COĞRAFYA ANABİLİM DALI. 2019.