Kolleclərarası idman 1852-ci ildə Harvard və Yale universitetlərinin ekipajları avarçəkmə idmanı üzrə mübarizə yarışında görüşdükdən sonra ABŞ-da başladı.Avarçəkmə 1800-cü illərin sonlarına qədər ölkədə əsas idman növü olaraq qaldığından, kollegial atletik uyğunluq və məqsədlə bağlı ilkin mübahisələrin çoxu Amerika Kolleclərinin Avarçəkmə Assosiasiyası və Kolleclərarası Avarçəkmə Assosiasiyası kimi təşkilatlar vasitəsilə həll edildi. Digər idman növləri, xüsusən də futbol və basketbol yarandıqca, eyni anlayışların və standartların çoxu qəbul edildi. Xüsusilə futbol çadır idman növü kimi meydana çıxmağa başladı, lakin oyunun qaydaları daim dəyişkən idi və tez-tez hər yarışa uyğunlaşdırılmalı idi.

NCAA yaranma tarixini 20-ci əsrin əvvəllərində prezident Teodor Ruzvelt tərəfindən kollec futbolunda "bir çox kollec və universitetləri idmanı dayandırmağa vadar edən" təkrarlanan xəsarət və ölümlərə cavab olaraq çağırdığı Ağ Evdəki iki konfransla tarixləndirir. Nümayəndələr Palatasının iclasları və nəticələnən islahatlar, Nyu-York Universitetinin kansleri Henry MacCracken, futbol oyun qaydalarına dəyişiklik etmək üçün 13 kollec və universitetin iclasını təşkil etdi; 28 dekabr 1905-ci ildə Nyu-Yorkda keçirilən növbəti iclasda 62 ali təhsil müəssisəsi Amerika Birləşmiş Ştatlarının Kolleclərarası Atletika Assosiasiyasının (IAAUS) nizamnamə üzvləri oldu. IAAUS rəsmi olaraq 31 mart 1906-cı ildə yaradılıb və indiki adını, NCAA-nı 1910-cu ildə götürüb.

Bir neçə il ərzində NCAA müzakirə qrupu və qaydalar hazırlayan orqan idi, lakin 1921-ci ildə NCAA-nın ilk milli çempionatı keçirildi: Milli Kollegiya Yüngül Atletika Çempionatı. Tədricən daha çox qaydalar komitəsi yaradıldı və daha çox çempionatlar, o cümlədən 1939-cu ildə basketbol çempionatı yaradıldı.

Bir sıra böhranlar İkinci Dünya Müharibəsindən sonra NCAA-nı yol ayrıcına gətirdi. İşə götürmə və maliyyə yardımı üçün təlimatlar yaratmaq üçün qəbul edilmiş "Sağlamlıq Məcəlləsi" sui-istifadə hallarının qarşısını ala bilmədi və Assosiasiya öz üzvlüyünü azaltmaq üçün daha effektiv yollar tapmalı idi. Mövsümdən sonrakı futbol oyunları çox az nəzarətlə çoxalırdı və üzv məktəblər yeni televiziyanın futbola davamiyyətə necə təsir edəcəyindən getdikcə daha çox narahat olurdular.

Bu problemlərin mürəkkəbliyi, üzvlük və çempionatların artması tam zamanlı peşəkar liderliyə ehtiyac olduğunu nümayiş etdirdi. Əvvəllər yarımştat icraçı köməkçisi olan Walter Byers 1951-ci ildə icraçı direktor təyin edildi və 1952-ci ildə Kanzas-Siti, Missuridə milli qərargah yaradıldı. Byers vaxt itirmədən Assosiasiyaya möhürü vurdu. Futbol oyunlarının canlı televiziyasına nəzarət proqramı təsdiq edildi, illik Konvensiya icra səlahiyyətlərini Assosiasiyanın Şurasına həvalə etdi və mövsümdən sonra kassa oyunlarını tənzimləyən qanunvericilik qəbul edildi.

Kollec atletikası böyüdükcə, ölkənin atletika proqramlarının əhatə dairəsi ayrıldı və NCAA-nı müxtəlif vurğu səviyyələrini tanıyan bir struktur yaratmağa məcbur etdi. 1973-cü ildə assosiasiyanın üzvləri üç qanunvericilik və rəqabətli bölməyə bölündü — I, II və III. Beş il sonra 1978-ci ildə I Divizion üzvləri futbolda I-A və I-AA (2006-cı ildə Football Bowl Subdivision və Football Championship Subdivision adlandırıldı) bölmələrinin yaradılmasına səs verdilər.

1980-ci illərə qədər assosiasiya qadınların atletikasını idarə etmirdi. Bunun əvəzinə, 1000-ə yaxın üzv məktəbi olan Qadınlar üçün Kolleclərarası Atletika Assosiasiyası (AIAW) ABŞ-da qadınların kollec idmanını idarə edirdi. AIAW 1980-ci illərin əvvəllərində NCAA ilə münaqişələrə səbəb olan həssas vəziyyətdə idi. Hər iki təşkilatın qadın çempionatları təşkil etdiyi bir illik üst-üstə düşmədən sonra AIAW fəaliyyətini dayandırdı və əksər üzv məktəblər NCAA-nın rəhbərliyi altında qadın atletika proqramlarını davam etdirdilər. 1982-ci ilə qədər NCAA-nın bütün bölmələri qadın atletikası üçün milli çempionat tədbirləri təklif etdi. Bir il sonra, 1983-cü ildə, 75-ci Konvensiya qadınların atletik proqram xidmətlərini planlaşdırmaq üçün genişlənməni təsdiqlədi və qadınlar arasında çempionat proqramını irəli sürdü.

1980-ci illərdə televiziya kollec futbolu NCAA üçün daha böyük gəlir mənbəyinə çevrildi. 1981-ci ilin sentyabrında Oklahoma Universiteti və Corciya Atletik Assosiasiyasının Müdirlər Şurası Oklahoma ştatının rayon məhkəməsində NCAA-ya qarşı iddia qaldırdı. İddiaçılar bildirdilər ki, NCAA-nın futbol televiziyası planı qiymətlərin müəyyən edilməsi, hasilatın məhdudlaşdırılması, boykot və monopoliyadan ibarətdir və bunların hamısı Şerman Qanununa uyğun olaraq qanunsuzdur. NCAA iddia etdi ki, plan üçün rəqabətədavamlı və qeyri-kommersiya əsaslandırmaları — canlı qapının qorunması, NCAA üzv institutları arasında rəqabət balansının saxlanması və digər əyləncə formaları ilə rəqabət aparmaq üçün daha cəlbedici "məhsul" yaradılması — birləşdirilmişdir. 1982-ci ilin sentyabrında rayon məhkəməsi iddiaçıların xeyrinə qərar çıxararaq, planın antiinhisar qanunlarını pozduğuna qərar verdi. Müqaviləni icra etməkdən assosiasiyanı məcbur etdi. NCAA bütün yol boyunca Birləşmiş Ştatlar Ali Məhkəməsinə müraciət etdi, lakin 1984-cü ildə NCAA Oklahoma Universitetinin Regentlər Şurasına qarşı 7–2 səsli qərarda məğlub oldu. (NCAA-nın ABC, CBS və ESPN ilə bağladığı televiziya müqavilələri 1984-cü il mövsümü üçün qüvvədə qalsaydı, onlar assosiasiya və onun üzvləri üçün təxminən 73,6 milyon dollar qazanmış olardılar.)

1999-cu ildə NCAA qadın idmançılara qarşı sistematik olaraq aspiranturada olan kişilərə kollec idmanlarında iştirak etmək üçün qadınlardan daha çox güzəştlər verdiyi üçün IX Başlıq altında ayrı-seçkiliyə görə məhkəməyə verildi. National Collegiate Athletic Association Smith-ə qarşı, 525 ABŞ 459 (1999) işində ABŞ Ali Məhkəməsi ayrı-seçkilik iddiasının mahiyyətini nəzərdən keçirmədən NCAA-nın həmin qanuna tabe olmadığına qərar verdi.

Son iki onillikdə beynəlxalq idmançıların işə götürülməsi NCAA institutları arasında artan tendensiyaya çevrilmişdir. Məsələn, Almaniyadan kənarda olan alman idmançılarının əksəriyyəti ABŞ universitetlərində yerləşir. Bir çox Avropa idmançıları üçün Amerika universitetləri eyni zamanda akademik və atletik karyera qurmaq üçün yeganə seçimdir. Bu tələbələrin çoxu ABŞ-yə yüksək akademik gözləntilər və arzularla gəlir.

2009-cu ildə Kanadanın Britaniya Kolumbiyası, Burnabi şəhərindəki Simon Fraser Universiteti II Bölməyə qoşularaq NCAA-nın ABŞ üzvü olmayan ilk institutu oldu. 2018-ci ildə Bölmə II üzvlüyü Meksikadan olan məktəblərə üzvlük üçün müraciət etmək icazəsini təsdiqlədi; CETYS of Tijuana, Baja California o zaman qoşulmaqda böyük maraq göstərdi.

2014-cü ildə NCAA 989 milyon dollar xalis gəlirlə rekord həddə çatdı. Bütün böyük idman təşkilatları arasında ən yüksək göstəricidir. NCAA-nın 2022-ci il illik konvensiyası zamanı üzvlük təşkilatın nizamnaməsinin yeni versiyasını ratifikasiya etdi. Yeni konstitusiya bir çox kollec idman liderlərinin getdikcə şişirdildiyini gördükləri qaydalar kitabını dramatik şəkildə sadələşdirir.

NCAA-nın Rəhbərlər Şurası (əvvəllər İcraiyyə Komitəsi kimi tanınır) NCAA-nın əsas orqanıdır. Bu orqan NCAA-nın prezidentini seçir.

NCAA-nın qanunvericilik strukturu onun üzv məktəblərinin müxtəlif nümayəndələrindən ibarət kabinetlər və komitələrə bölünür. Bunlar daha sonra alt komitələrə bölünə bilər. Qanunvericilik daha sonra bütün kabinetlərə və komitələrə nəzarət edən, həmçinin idman direktorları və fakültə məsləhətçiləri kimi məktəblərdən nümayəndələrdən ibarət İdarəetmə Şurasına ötürülür. İdarəetmə Şurasının qanunvericiliyi yekun təsdiq üçün məktəb sədrlərindən ibarət Direktorlar Şurasına göndərilir. NCAA milli ofisinin işçiləri bələdçilər, əlaqələndiricilər, tədqiqatçılar kimi çıxış edərək, ictimaiyyət və media ilə əlaqələri idarə etməklə dəstək verir.

NCAA-nın iki törəmə şirkəti, Arbiter MMC və eOfficials LLC arasında birgə müəssisə olan, Yuta ştatının Sandy şəhərində yerləşən ArbiterSports proqram təminatı şirkətini idarə edir. NCAA-nın müəssisə üçün bəyan etdiyi məqsədi həvəskar atletika üzrə hakimliyin ədalətliliyini, keyfiyyətini və ardıcıllığını yaxşılaşdırmağa kömək etməkdir.

1951-ci ilə qədər, Walter Byers icraçı direktor təyin olunana qədər NCAA-nın tam ştatlı idarəçisi yox idi. 1998-ci ildə başlıq prezident olaraq dəyişdirildi.

• Walter Byers 1951–1988 (İcraçı Direktor)
• James Frank 1981–1983 (İcraçı Direktor)
• Dik Şults 1988–1993
• Judith Sweet 1991–1993
• Cedric Dempsey 1994–2002
• Myles Brand 2003–2009
• Jim Isch 2009–2010 (aralıq)
• Mark Emmert 2010–2023
• Charlie Baker (indiki başçı)

1957-ci ilə qədər bütün NCAA idman növləri bir yarış bölməsindən istifadə edirdi. 1957-ci ildə NCAA yalnız kişi basketbolu üçün iki bölməyə bölündü, əsas proqramlar Universitet Şöbəsini və daha kiçik proqramlar Kollec Şöbəsini təşkil etdi. Adlar çaşdırıcı ola bilər, çünki adında "Universitet" olan bəzi məktəblər hələ də Kollec bölməsində, adında "Kollec" olan bəzi məktəblər isə Universitet bölməsində yarışırdı. Parçalanma tədricən digər idman növlərində də özünü büruzə verdi. Parçalanmadan əvvəlki qeydlər Universitet bölməsi tərəfindən miras alındı.

1973-cü ildə Kollec Bölməsi idman təqaüdü vermək istəyən komandalar (Kollec bölməsinin rekordlarını və tarixini miras qoyan II bölməyə çevrildi) və etməyən komandalar (Bölmə III oldu) arasında bölündü və Universitet Bölməsi I Divizion olaraq dəyişdirildi. I bölmə yalnız 1978-ci ildə futbol üçün iki bölməyə bölündü (hər ikisi hələ də I bölmənin adı altında), bölmə I-A kubok oyunlarında mübarizəni davam etdirəcək və çempionunu və I-AA bölməsini təyin etmək üçün müxtəlif sorğulardan istifadə edəcək əsas komandalardan ibarət idi. Çempionu təyin etmək üçün yeni NCAA Futbol Turnirində yarışacaq kiçik komandalardan ibarət. Futbol komandaları olmayan I bölmə məktəbləri bölmə I-AAA kimi tanınırdı. 2006-cı ildə I-A bölməsi Football Bowl Subdivision (FBS), bölmə I-AA Football Championship Subdivision (FCS) oldu və I-AAA bölmə I bölmə qeyri-futbol oldu. Dəyişikliklər təşkilat üçün əhəmiyyətli struktur fərqləri olmadan yalnız adda idi.