Mudros müqaviləsindən sonra İstanbulun işğalı zamanı işğalçılar İttihad və tərəqqi partiyasının üzvü olan komandirləri və idarəçiləri həbs etməyə başladılar. 145 Osmanlı sərkərdəsi, idarəçi və ziyalı həbs edildi. Osmanlı tərəfindən qurulan hərbi məhkəmələrdə bir çox komandir müxtəlif müharibə cinayətlərinə görə mühakimə olundu. Ənvər, Tələt, Camal Paşa və bir çox digər məmurlar edama məhkum edildi. (Paşalar ölkədən qaçdıqları üçün cəzalandırılmadı.)

1919-cu ilin yanvar ayının sonlarında saxlanılan şəxslərə qarşı cinayətlərə erməni soyqırımı da əlavə edildi. 120 nəfər təqsirli bilinən şəxs HMS Benbow gəmisi ilə İngiltərə Ali Komissarı Admiral nəzarəti altında Malta adasına aparıldı. İngilislər tərəfindən Osmanlı arxivlərində, həm İttihad və Tərəqqi rejimi, həm də İstanbul və Maltada saxlanılan insanlar haqqında, Erməni Deportasiyası ilə bağlı cinayət sübutları tapmaq üçün geniş araşdırmalar aparıldı. Lakin nə o dövrün İstanbul Hökumətinə, nə də Maltada saxlanılanlara qarşı ittihamları sübut edə biləcək heç bir dəlil məhkəməyə təqdim edilmədi.

Hətta o vaxt ABŞ-dən ittihamlarla bağlı əldə etdikləri məlumatları məhkəməyə göndərmələri istənilmişdi. ABŞ tərəfi bu məsələnin soyqırım olduğunu göstərən heç bir sənədə sahib olmadığını bildirmişdi. (O dövrdə ABŞ-nin bölgədə müşahidəçiləri var idi.) ABŞ arxiv hesabatlarında; İngiltərənin Vaşinqtondakı səfiri (ing. Robert Leslie Craigie)-in, 13 iyul 1921 -ci ildə (ing. George Curzon)-a göndərdiyi teleqramda yazırdı:

"Maltada saxlanılan türklərə qarşı sübut kimi istifadə edilə biləcək bir şey olmadığını bildirməkdən təəssüflənirəm... Kifayət qədər dəlil yarada bilcək heç bir problemli məsələ yoxdur. Sözügedən hesabatlar, Əlahəzrət Hökumətinin türklərlə bağlı əlindəki məlumatları tamamlamaqda faydalı ola biləcək dəlillər belə görünmür."

1918-ci ilin noyabr ayından etibarən Osmanlı İmperiyası yaşadıqları yerdən deportasiya edilən ermənilərin öz yurdlarına qaytarılması üçün ciddi addımlar atdı.Ermənilərin sağ-salamat qayıtması üçün edilən səylər, bölgədəki quraqlıq səbəbiylə geri dönəcək olan ermənilərin ərzaqla təmin edilməsi və o vaxt hökumət başçısı olan Vəzir Əhməd İzzət Paşanın məclisdəki çıxışları; Osmanlının ermənilərə verdiyi dəyəri göstərir.

Bundan əlavə, ermənilər geri qayıdanda onlara ev və ərzaq verilmiş, bölgədəki rəsmi qurumlar açılmışdı .

Erməni məsələsinə görə həbs olunan ittifaqçıların harada və necə mühakimə olunacağı parlamentdə gündəmdə idi. Mühakimə olunacaq insanların cinayətləri və veriləcək cəzalar müxtəlif idi. Bu səbəbdən də Kanun-i Esasidə araşdırmalar və dəyişikliklər edilməli idi. Antanta təzyiqi altında olan və ittifaqçılardan bir an əvvəl qurtulmaq istəyən hökumət dövlətin xeyri üçün erməni məsələsini dərhal həll edilməsi lazım olan bir məsələ kimi qiymətləndirdi. Buna görə onlar çox çəkmədən işin içindən çıxdılar.

Eyni dövrdə, təzyiq olan Altıncı Mehmed, məhkəmə prosedurunu sürətləndirmək üçün fövqəladə bir məhkəmənin qurulmasını da tələb etdi.Bu, o dövrdə məğlub olan Osmanlı İmperatorluğunun vəziyyətini ortaya qoyur.

16 dekabr 1918-ci ildə Məclis-i Vükelanın qərarı ilə İstanbulda ilk Divan-i Harb-i Örfi quruldu və nümayəndə heyəti təyin edildi. Heyətinin vəzifəsi, Osmanlı müharibə cinayətlərini və ermənilərin deportasiyası zamanı qanun pozuntularını mühakimə etmək idi. Heyətinin rəhbəri Ferik Mahmut Hayret Paşa idi. Daha sonra əyalətlərə (İzmir, Bursa, Tekfurdağı, Ədirnə, Samsun və Antep) daha altı məhkəmə quruldu.

Mətbuatda daim məhkəmələr qurulsa belə, Türkiyə heyətlərinin doğru qərar verməyəcəyi təkrarlandı. Tevfik Paşa hökuməti, xarici işlər müşaviri Hikmət bəy vasitəsilə Avropadan qərəzsiz hakimlər gətirmək istəyirdi. Bu məqsədlə, 13 fevral 1919-cu ildə köçürülməni araşdırmaq və məsələnin sülh yolu ilə həll edilməsi üçün qurulacaq komissiyada iştirak etmələri üçün İsveç, Hollandiya, İspaniya və Danimarka hökumətlərinə təkliflər göndərildi. Ancaq İngilislər Osmanlı İmperatorluğunun bu cəhdinin qarşısını aldı. Tarixçi Prof. Dr. Feridun Ataya görə: "Çünki neytral ölkələrin hakimləri ermənilərin iddialarının əksini sübut edə bilərdilər".

Dinləmələr zamanı müttəhimlərə özlərini müdafiə etmək üçün çox imkan verilməmişdi, lakin müttəhimlərə qarşı bir çox şahid çıxmışdı. Məsələn: Kamal bəyin mühakiməsi zamanı daha çox şahidlər çıxmışdı və fərqli şahidlər onun Keller kəndinə gəldiyini və qırğınları izlədiyini, özünün şəxsən 3 nəfəri öldürdüyünü və hətta bir erməninin barmağından üzük oğurladığını iddia etdilər. Kamal bəy isə bütün ittihamları rədd edərək sözügedən kəndə gəlmədiyini və erməniləri əmrə əsasən Kayseri üzərindən Deyr əz-Zövr göndərdiyini söylədi. O, heç kimin bu cinayətləri törədəcək qədər qəddar ola bilməyəcəyini də bildirdi. Sonradan şahidlərin həqiqəti söyləmədiyi və söylədiklərinin onlara əzbərlədildiyi məlum oldu. Şahidlərdən birinin İstintaq Komissiyasına verdiyi ifadə ilə iclasda verdiyi ifadənin ziddiyyət təşkil etdiyi görüldü.

Hafiz Abdullah Avni məhkəmə nəticəsində edam cəzasına məhkum edildi və istintaqdakı qanunsuzluqlar yalnız ölümündən sonra ortaya çıxdı.

Məhkəmə nəticəsində edam edilən və buna bənzər bir çox hadisələr, məhkəmələrin əslində Antanta dövlətlərinin maraqları üçün çalışdığını və yol verilən qanun pozuntularını göstərir. Bu məhkəmələrin daha sonra Qurtuluş savaşı zamanı Mustafa Kamal və silahdaşlarına həbs qərarı verməsi də bunu göstərir.