Seyid Muhəmmədbağır əl-Həkim Nəcəf şəhərində 1939-cu ildə Ayətullah Möhsün Təbabtəbai əl-Həkimin ailəsində dünyaya göz açdı. Atası Ayətullah Möhsün əl-Həkim İraqın tanınmış şiə liderlərindən sayılır və 1950-ci ildən İraqda müctəhidliyi qəbul olunan şəxsiyyətlərdəndir. Muhəmməd Baqir kiçik yaşlarında həm ruhani, eyni halda dünyəvi təhsilə yiyələnərək bərabər dini-dünyəvi elimləri əldə edir. 1964-cü ildə, 25 yaşında ikən o Bağdad Unversitetinin Dini Elmləri Fakültəsində Quran və fiqh elmləri üzrə müəllim vəzifəsində çalışmağa başlayır.

Tədrisi dövründə eyni halda Əhli-beyt (ə) məktəbinin özəllikləri və cəmiyyətdə haqq və batil savaşında məğrur və qəhrəmanlığın insani hədəf olması təbliği ilə də məşğul olur. Bu təbliğatı onun tələbələr arasında xüsusi titul qazanmasına səbəb olur. O dərsdən kənar tələbələrlə keçirdiyi görüşlərdə onların mübarizə hədəfləində incələmə apararaq daha dəqiq və iti addımlar atmalarına səbəb olur.

1974-cü ildə əqidəvi prinsipləri, insani dəyərlərin müdafiəsi, ail məqamların qorunması istiqamətinə apardığı təbliğatı səbəbi ilə Muhəmməd Baqir həbs olunur. Bir müddət sürən həbsi onun ali təhsil ocağında apardığı tədrisinə də son qoyur. O 1975-ci ildə, Səddam Hüseynin başçılıq etdiyi BƏƏS təşkilatının hakimiyyətə gəlməsi və bu fakültənin rəsmən bağlanmasına qədər olan müddətə qədər Bağdad Unversitetində işləsə də ona qarşı sərt mövqeylər, hədələr və qadağalar qabarıq hala gəlir. Buna müxtəlif səbəblər bəhanə gətirilir.

Daha çox 1958-ci ildə bir çox şiə ruhaniləri tərəfindən yaradılan və qısa bir zaman ömür sürən, 1961-ci ildə bağlanan İslami Dəvət Parityasının qurulmasında və burada irəli sürülən siyasi pirnsiplərinə görə Muhəmməd Baqir təhdid olunaraq təzyiqlərə məruz qalır. Qəti qadağalar onu 1972-ci ildə bir neçə ay, 1974-cü ildə isə dörd il sürən həbs cəzasına məhkum edir. 1978-ci ildə ölkə rəhbərliyi tərəfindən nəzərdə tutulan aministiya Muhəmməd Baqiri də həbsxana həyatından azad edir. Amma dövlətin qərarına əsasən o şübhəli şəxs qismində nəzarət altında saxlanılır. Bu isə yaşayış tərzi, hər zaman terror təhlükəsi, qadağalar dolu bir həyatı daha də çətinləşdirirdi.

1979-cu il İran İslam İnqilabından sonra Muhəmməd Baqir əl-Həkimin müəllimi onu bu vəziyyətə son qoymaq üçün İraqı tərk edib İrana getməyə tövsiyə edir. Amma ölkədəki kəskin vəziyyəti nəzərə alan Əl-Həkim bu işi o qədər də uğurlu hesab etməyərək İraqda qalır. 1980-ci ildə İraqın mütəşəkkil təşkilatlarının, BƏƏS-in əli ilə gerçəkləşdirilən bir əməliyyatda Muhəmməd Baqirin müəlimi öldürülür. Onunla yanaşı bir neçə siyasi xadim müxtəlif dərəcəli xəsarətlər alır. Bu hadisə əl-Həkimi uzun zaman tərəddüddə olan addımı, hicrəti zəruriləşdirir. O İraqdan Suriyaya gəlir.

Burada üç ay qaldıqdan sonra 1980-ci ilin oktyabrında İrana gəlir. Onun gəlişini eşidən İmam Xomeyni (r) Muhəmməd Baqir əl-Həkimi çox ehtiramla qarşılayır və evinə yaxın bir yerdə onun üçün kirayə ev tutur. Onun bütün xərclərini, yaşamaq, görüşləri üçün əlverişli şəraiti yaradan İmam Xomeyni (r) onun Səddam Hüseynin fəaliyyəti əleyhinə hazırlanan siyasi layihələrini yaxından izləyir. Bir çox addımları bərabərliklə incələyirlər və bunun üçün zəruri olan addımlar atılır.

Muhəmməd Baqir İranda ilk olaraq İraqlı alimləri bir ünvana toplamaq məqsədilə "İraq Alimlər Şurası"nı yaradır. Bura tanınmış alimlər, mütəfəkkirlər toplanır. Ancaq 1981-ci ildə İran-İraq arasında baş qaldıran müharibə səbibi ilə bu təşkilat öz fəaliyyətini qismən də olsa dondurur. Elə həmin ildə bir çox haqsevən insanların birliyinə rəhbərlik edərək o Bədr briqadasını yaratdı. Bu briqada 1991-ci il Körfəz müharibəsi zamanı İraqın cənub bölgəsində aparılan məməliyyatlarda xüsusi xidmət göstərdi.

Bundan əlavə də İraq daxilində aparılan bir çox gizli fəaliyyətlərin başında da məhz əl-Həkimin özünün və onun yaratdığı Bədr briqadasının durduğu heç kəsə gizlin deyildi. Buna görə idi ki, onu xalq "İraqın Xomeynisi" adlandırırdılar. O isə həmişəki təvazükarlığı ilə sadəcə bir İslam əsgəri olduğunu söylərkən bundan qürur duyduğunu bildirirdi. Eləcə də müharibə dönəmində əl-Həkim İran daxilində "İraq İslam İnqilabı Ali Şurası"nı yaradır ki, bura çox fəal təşkilat üzvüləri cəmləndi. Bu şura İraqın daxilində bir çox ictimai, siyasi hadisələri tənzimləyir, ölkədaxili ruhanilərin ümumi qərar əldə etməsində misilsiz xidmət göstərirdi. Şəhid Həkim şuraya daxil olan üzvülər kimi ilkin dövrdə bu şurada çalışsa da o 1986-cı ildə bu təşkilatın başçısı seçildi və şəhid olan günə qədər də burada rəhbərliyini davam etdirdi.

Apardığı mübarizəsi boyunca əl-Həkim 7 dəfə sui-qəstə məruz qalmışdı. Hər dəfə də müxtəlif xəsarətlərlə həyatı xilas olan bu İlahi şəxsiyyət heç nəyi Allahın təqdirindən kənar bilmirdi. Daim insanlığı haqq ədalət cilvəsində ali məqamlara yüksəlmək üçün fikirlər söyləyir, təbliğatlar aparırdı. 2002-ci ildə Amerika qoşunlarının İraqın daxilinə hücumundan sonra bu hadisə Əl-Həkim tərəfindən də qəti pislənilir.

2003-cü ilin əvvələrində İraqda Sünni-Şiələr arasında yaradılan və arxasında Amerikanın durduğu qarşıdurmaların acı nəticə alacağını göz önünə alan Əl-Həkim Ayətullah Sistaninin məsləhəti ilə 23 illik hicrətdən sonra İraqa qayıdır. Böyük şiə müctəhidi Ayətullah Sistaninin ictimaiyyətlə əlaqələrinin məhdud olması səbəbi ilə Əl-Həkimə olan ehtiyac onun İraq daxilində yaranan kəskin vəziyyəti qısa müddət ərzində tənzimləməsi təkcə şiələrin deyil, eyni halda sünnilərin də Əl-Həkimə olan məhəbbətlərini artırır. Amma bu təbii ki, bu qarşıdurmanın artmasını arzu edən Amerika, israil və onlarla birlik nümayiş etdirən müttəfiq qüvvələri qane etmirdi.

Onun həyatı üçün terror ən əlverişli addım idi. Buna görə də hər dəfə Allahın inayəti sayəsində ölümün pəncəsindən sağ çıxan əl-Həkim üçün daha geniş və öldürücü plan hazırlamaq lazım idi. 2003-cü il Avqustun 29-da Nəcəfdə, Həzrət Əlinin (ə) hərəmindən Cümə namazından çıxan zaman hazırlanmış terror aktı 83-nəfər silahdaşı ilə bərabər İraq İslam İnqilabı Ali Şurasının sədri Ayətullah Muhəmməd Baqir əl-Həkimin həyatına son qoyaraq onu şəhidlik məqamına yüksəltdi. Hadisə zamanı İraq Keçici Hökumət Şurasının üzvü Əbdüləziz əl-Həkim də daxil olmaqla 229 nəfər dinc əhali müxtəlif dərəcəli xəsarətlər aldı.