Karlen Levoni Ağacanyan 1938-ci ildə Azərbaycan SSR-nin Şaumyan rayonunda anadan olmuşdur. Atası İkinci Dünya müharibəsi əlili, anası səhhətində ciddi problemlər olan tütünçü idi. O, yerli orta məktəbi bitirmişdir. Daha sonra Rostov Ali Polis Akademiyasında təhsil almışdır. 1961–1977-ci illərdə Şaumyan rayonunda müxtəlif vəzifələrdə çalışmışdır. 1977–1998-ci illərdə DQMV və DQR polis sistemində işləmişdir. Balaca qardaşı Volodya Levoni Ağacanyan Şaumyan rayon komitəsinin birinci katibi vəzifəsində çalışırdı.

Ağacanyan Qarabağ hərəkatı başlayandan sonra Şaumyan rayonu ərazisində partizan müharibə aparmaq üçün fəaliyyət göstərmişdir. Şaumyanda işlədiyi illərdə 1,000-dən çox ov tüfəngi toplaya bilmiş və erməni döyüşçülərini bu silahlarla təmin etmişdir. Əsgəran RPŞ-nin rəisi olmuş, sonradan Əsgəran rayonunda döyüşlərdə iştirak etmişdir. Bu dövrdə Ağacanyan azərbaycanlı əsir götürmək və onları erməni əsirlərlə dəyişmək ilə məşğul idi. 1990-cı ildə partizan fəaliyyəti üçün öz tabeliyində 250 nəfər döyüşçü toplamışdır. Ağacanyan Qaraçinar, Talış, Buzluq, Mənəşli və Börü kəndlərinə yerləşdirmişdir. Ağacanyan Çaykənd əməliyyatından sonra Qarabağda etiraz aksiyalarının təşkilində iştirak etmişdir.Xocalı soyqırımını törədənlərdən biridir.