İsa Sultan Nəcəfqulu oğlu Şahtaxtinski 5 may 1851-ci ildə Azərbaycanın İrəvan şəhərində ziyalı ailəsində doğulmuşdur. İrəvan kişi gimnaziyasını, Tiflisdə realnı gimnaziyanı, Peterburqda Əkinçilik İnstitutunu bitirmişdir. Paris, London və Sürix Institutlarının azad dinləyicisi olmuşdur. Ərəb, fars, qədim türk, rus, alman, fransız dillərini mükəmməl bilmişdir. 1875-ci ildən Tiflisdə jurnalistlik fəaliyyətinə başlamış, "Tiflisski vestnik" qəzetində şöbə müdiri, "Kavkazski almanax" ın təsisçisi, naşiri və redaktoru, Türkiyədə "Qars" qəzetinin (rusca) əməkdaşı olmuşdur. Bir sıra yazının müəllifidir.

İsa Sultan 1865-ci ildə təhsilini təkmilləşdirmək üçün gürcü maarifçi David Kapiani məktəbinə, 1867-ci ildə isə Tiflis realnı gimnaziyasına daxil olur. 1871-ci ildə İsa Sultan ikinci təhsil olaraq Sankt-Peterburq Əkinçilik İnstitutuna daxil olur. O fransız, alman, yunan, latın və ingilis dillərində mükəmməl bilirdi. Təhsilini bitirdikdən sonra İsa siyasi-iqtisadi müzakirələri dinləmək üçün London və Parisə yollanır.

Təhsilini bitirdikdən sonra 1876-cı ildə Tiflisə qayıdaraq, "Tiflisski vestnik" qəzetində çalışmağa başlayır. İsa Sultan türk dilini mükəmməl bildiyi üçün 1877-ci ildə türk-rus müharibəsinin başlanması ilə əlaqədar Qars şəhərinə yollanılır. 1 yanvar 1878-ci ildə Qars bölgəsinə nəzarət üçün rəsmi və xüsusi nümayəndə seçilir. 1878-ci ildə o, köhnə Osmanlı hakimiyyəti altında mülkiyyət hüquqlarının və əhalinin öhdəliklərin müəyyənləşdirilmə Komissiyasının sədri təyin edildi. İsa Sultan 1878-ci ilin oktyabr ayında Qars bələdiyyə başçısı oldu.

O, 1880–1882-ci illərdə mübahisəli məsələləri həll etmək üçün Ərzuruma səfərə göndərilirdi, həmin illərin ən məşhur məsləhətçisi idi. İsa Sultan 1883-cü ildən ömrünün sonuna qədər Qars Rayon Hərbi valisi Aparatının rəhbəri təyin edilib və bu vəzifədə ömrünün sonuna qədər fəaliyyət göstərir.

İsa Sultan 1885-ci ildə general qızı Səkinə xanımla ailə qurur, bu evlilikdən altı qız övladı olur.

İsa Sultan Şaxtantinski 1894-cü ildə Tiflisdə vəfat etmişdir. Tiflisdə "Botanika bağı"nın yaxınlığında yerləşən müsəlman qəbirstanlığında dəfn edilmişdir.

• Atası Nəcəfqulu ağa Hacı İsa Sultan oğlu Şahtaxtinski 1828-ci ildə Şahtaxtı kəndində doğulub və Rusiya İmperiyasının hərbçilərindən olub. Nəcəfqulu Sultan dövrünün ən zəngin zadəganlarından olmuşdur. Onun Şahtaxtıda, Naxçıvan və İrəvan şəhərlərində mülkləri vardı. Naxçıvan diyarının kəndlərində isə miras torpaqları olmuşdur. Nəcəfqulu ağa vəzifəsi ilə əlaqədar olaraq Naxçıvanda və İrəvanda yaşadığından onun övladlarının bəzilərinin doğum sənədlərində həmin şəhərlərin adları qeyd edilib.
• Qardaşı Hacı Vəli ağa Şahtaxtinski — I İsa Sultan Şahtaxtinskinin oğlu. "Kavkaz" qəzetində (1856-cı il) Qafqazın baş komandanı general-adyutant Muravyovun həmin ilin 6 iyulunda verdiyi bir əmrdə Hacı Vəli ağa Hacı İsa Sultan oğlunun "İgidliyə görə" qızıl medalla təltif olması haqda məlumat var. Rusiyada müsəlmanlardan ibarət olan atlı süvari polkunun naibi, yəni ki, komandiri olmuşdur.
• Həyat yoldaşı Şahtaxtinskaya Sofya (Səkinə) Allahyar qızı (1860-?). Atası Əhməd bəy Cavanşirin əlyazmalarını nəşr etdirmək istəyən Həmidə xanım 1905 ildə bu məqsədlə Şahtaxtinskaya vasitəsilə, onun evində Mirzə Cəlil ilə tanış olur. Bu tanışlığın daha da dərinləşməsində və Həmidə xanımın Mirzə Cəlil ilə ailə qurmasında Şahtaxtinskayanın böyük rolu olmuşdur. Bunu Həmidə xanım "Mirzə Cəlil haqqında xatirələrim" kitabında ətraflı göstərmişdir. Şahtaxtinskaya rəfıqəsi Həmidə xanımla Tiflisdə Qadın Xeyriyyə Cəmiyyəti yaratmış, müsəlman qadınlarının maariflənməsində fəal iştirak etmişdir.

• Şahtaxtinskilər