Universitetin tarixi 3 iyul 1993-cü il tarixli 3897 saylı qanunla Balıkəsir Universitetinin nəzdində qurulan və 18 oktyabr 1993-cü ildə İqtisadiyyat və İdarəetmə fakültələri ilə təhsilə başlayan Bandırma İqtisadiyyat və İdarəetmə Fakültəsindən başlayır. Elə həmin il Bandırma Peşə Məktəbi, sonrakı illərdə isə Balıkəsir Universitetinin tərkibində Gönen Peşə Məktəbi, Manyas Peşə Məktəbi, Erdek Peşə Məktəbi və Bandırma Sağlamlıq Məktəbi təhsil və təlim fəaliyyətlərinə başlamışdır. Bölgənin ehtiyacları və bölgə əhalisinin sıx tələbi nəticəsində Bandırma Onyedi Eylül Universiteti 23 aprel 2015-ci il tarixli 6640 saylı Qanunla Balıkəsirdə ikinci universitet olaraq quruldu.

Universitetin adı 1922-ci il 17 sentyabr tarixindən — istiqlaliyyət müharibəsi zamanı Bandırmada düşmən qüvvələrinə son güllənin atıldığı və Türkiyə müstəqilliyinin əbədi olaraq qorunub saxlanacağının qeyd edildiyi gündən gəlir.

Universitet hazırda 12 fakültə, 1 institut, 1 kollec, 8 peşə məktəbi və 19 tətbiq və araşdırma mərkəzi ilə ümumilikdə 11 kampusda təhsil və tədqiqat fəaliyyətini davam etdirir.

• Tibb fakültəsi
• Dənizçilik fakültəsi
• İqtisadiyyat və İnzibati elmlər fakültəsi
• Humanitar və Sosial elmləri fakültəsi
• Mühəndislik və Təbiət elmləri fakültəsi
• Ömər Seyfəddin adına Tətbiqi elmlər fakültəsi
• Sağlamlıq Elmləri fakültəsi

• Xarici kolleci

• Ədliyyə Peşə kolleci
• Bandırma Peşə kolleci
• Bandırma OSB Texniki Elmlər Peşə kolleci
• Dənizçilik Peşə kolleci
• Erdek Peşə kolleci
• Gönən Peşə kolleci
• Manyas Peşə kolleci
• Sağlamlıq Xidmətləri Peşə kolleci

• Sosial Elmləri İnstitutu
• Səhiyyə Elmləri İnstitutu
• Elm və Texnologiya İnstitutu
• Gönen Geotermal İnstitutu