Başqırdıstanın torpaq örtüyü — yetərincə müxtəlifdir. Uralönünün şimalında çimli-podzollaşmış torpaqlarda cökə, bəzən də palıd və ağcaqayın qarışığı olan küknar-ağ şam qarışıq meşələri yayılmışdır. Cənuba getdikcə bunlar tünd-boz meşə və çimli-karbonatlı torpaqlarda zəngin meşəaltına malik və cökə, ağcaqayın, palıd, bəzən qarağacdan ibarət enliyarpaqlı meşələrlə, yerli meşələr isə çox vaxt ikincili çökəliklər, tozağacı meşələri və ağcaqovaqlıqlarla əvəz olunur.

Başqırdıstanın düzənlik ərazisinin təqribən 50%-ini meşə-çöllər tutur. Uralönündə tünd-boz meşə torpaqlarında adalar şəklində yerləşən qarağac qarışıq palıd-tozağacı və cökə meşələri tipik və karbonatlı qaratorpaqlardakı taxıllı-müxtəlifotlu çəmən və müxtəlifotlu-şiyavlı bozqırlarla növbələşir. Uralarxasının meşə-çöllərində tozağacı və tozağacı-şamağacı meşələri, adi və cənub qaratorpaqlarında, bəzən şorakətvarı qaratorpaqlarda və şorakətlərdə şırımlı-topallı-şiyavlı çöllər, həmçinin çəmən və bataqlıqlar üstünlük təşkil edir.

Başqırdıstanın cənubunda adi və cənub qaratorpaqlarında kolluqlu (qızılıakasiya, topulqa) və daşlı çöllər yayılmışdır. Bozqır sahələr, əsasən, şumlanmışdır. Çay dərələrində qızılağac meşələri, bataqlıqlar və subasar çəmənlər inkişaf etmişdir. 

Dağlarda yüksəklik qurşaqlığı müşahidə olunur. Cənubda 350–400 m yüksəklikdə ki öndağlıq meşə-çölləri qərb yamacının boz-meşə torpaqlarında bitən palıd-cökə alçaq dağ meşələri ilə, şimal yamacının şamağacı-tozağacı meşələri ilə, 650–700 m-dən yuxarıda isə podzollaşmış torpaqlarda bitən enliyarpaqlı-küknar və küknar-ağşam meşələri ilə əvəz olunur. 1000–1200 m-dən yuxarılarda qərb yamaclarında çimli torpaqlarda bitən seyrək küknar və küknar-tozağacı meşələri, ş. yamaclarında enliyarpaqlı seyrək meşəliklər yayılmışdır; 1400 m-dən başlayaraq tundra, 1600 m-dən yuxarıda daş səpintili və şibyəli holtslardır. Şimal-şərq yamaclarında tünd-iynəyarpaqlı və şərq yamaclarında açıq iynəyarpaqlı meşələr üstünlük təşkil edir.