Qacarlar dövründə təlif olunmuş Tarix-i Darul-Erfan-i Xəmsə kitabı əsasında hüseyniyyə ən azından Əfşar dövründən Zəncan şəhərində fəaliyyət göstərir. Bəzi mənbələrə əsasən isə bu hüseyniyyə Səfəvi dövlətinin son dövrlərində inşa olunmuşdur. Bu hüseyniyyə Zəncan xanlığı dövründə də fəaliyyət göstərərək Qacar dövründə yerli hakimlər və əhali tərəfindən təmir olunmuşdur. Qacar dövründə burası həm məscid həm də mədrəsə olaraq fəaliyyət göstərərimiş; belə ki bəzi tələbələr dini təhsi almağa buradakı mədrəsəyə gəlirdilər. Rza şah Pəhləvi dövründə hökümət adamları hüseyniyyəyə hücuma keçərək buradakı bir sıra dəyərli əşyaları talan edib və hüseyniyyənin bir qismini təxrib etmişlər. Rza şah Pəhləvinin sürgünündən sonra isə hüseyniyyədən təmir işləri aparılaraq yenədən öz əhəmiyyətini kəsb etmişdir. Bura hal hazırda Məkkədəki Mina qurbangahından sonra müsəlmanların aşura günündə ikinci ən çox qurban kəsdiyi yerdir.

Hüseyniyyə binası əsasən kərpiçdən tikilmiş bir bina olaraq sadə fasada malikdir. Hüseyniyyənin damı bir böyük qızıl rəngli qübbə ilə örtülmüşdür. Qübbənin iki tərəfində isə eyni rəngdə olan iki minarə ucaldılıb. Hüseyniyyə kompleksinə həmçinin Darül-Şəfa klinikası, Seyidəl-Şühəda kitabxanası və tarixi hamam da daxildir.