Əmir Mustafayev 12 mart 1936-cı ildə Qusar rayonunun Xuluq kəndində anadan olmuşdur. Rayonda Maksim Qorki adına 4 saylı beynəlmiləl orta məktəbi bitirmişdir. Daha sonra 1953-cü ildə Bakı Dövlət Universitetinin Filologiya fakültəsinə daxil olmuşdur. 1958-ci ildə universiteti bitirən Əmir Mustafayev Moskva Mərkəzi Komsomol Məktəbində təhsilini davam etdirmişdir. Daha sonra Bakı Ali Partiya Məktəbində təhsil almışdır.

Əmir Mustafayevin 1954-cü ildə, universitetin ikinci kursunda oxuyarkən "Azərbaycan gəncləri" qəzetində "O gəldi" adlı ilk hekayəsi çap olunmuşdur. Həmin vaxtdan mətbuatda müntəzəm çıxış edən yazıçının "Xəcalətli baxışlar", "Qonşu", "Sonuncu kürsü" və başqa hekayələri ölkənin nüfuzlu mətbu orqanlarında işıq üzü görmüşdür. Gənc yazıçı bundan sonra Əmir Qaraçəmənli təxəllüsü ilə hekayə, oçerk və publisistik yazıları ilə dövri mətbuatda çıxış etmişdir. 1957-ci ildə "Ədəbiyyat və incəsənət" qəzetində çap olunan "Zolaqlı adam" hekayəsi Əmir Mustafayevi ədəbi aləmdə daha çox tanınmasına səbəb olmuşdur.

Yazıçı "Qurd ürəyi", "Ürəkdən asılan yük", "Qara zolaq" kimi romanların müəllifidir. "Qurd ürəyi" kitabında eyni adlı roman, povest və hekayələr cəmləşib. Bu hekayələrdə 1937-ci ilin repressiya qurbanlarından, onların taleyindən bəhs olunur. Habelə Əmir Mustafayev 20 povestin, 200 hekayənin və 500-dən artıq publisistik yazının və müxtəlif səpkili məqalələrin müəllifidir. Ədibin povest və hekayələri Türkiyədə, İranda, İraqda və Rusiyada çap edilmişdir.

Əmir Mustaayev həm də peşəkar jurnalist idi. O, universitetin dördüncü kursunda oxuyarkən, 1957-ci ildə "Azərbaycan pioneri" qəzetinə dəvət alır və 1969-cu ilə qədər həmin mətbu orqanda ədəbi işçi və şöbə müdiri kimi fəaliyət göstərir. Daha sonra 1971-1976-cı illərdə "Ədəbiyyat və incəsənət" qəzetində məsul katib vəzifəsini yerinə yetirir.

1976-1979-cu illərdə isə Azərbaycan Yazıçıları İttifaqının orqanı olan "Azərbaycan" jurnalında məsul katib kimi çalışmışdır. Eyni zamanda jurnalist bir il Cəfər Cabbarlı adına "Azərbaycanfilm" kinostudiyasında ssenarist kimi çalışmış, lakin daha sonra yenidən "Ədəbiyyat və incəsənət" qəzeti redaksiyasına qayıtmışdır.

Əmir Mustafayev 1985-1989-cu illərdə "Azərnəşr"də bədii ədəbiyyat şöbəsində müdir, 1989- 1990-cı illərdə "Karvan" kitablar seriyası redaksiyasında məsul katib kimi çalışmışdır. Yazıçı-jurnalist 1990- 1991-ci illərdə "Respublika" qəzetində baş redaktorun müavini kimi fəaliyyət göstərmişdir. Habelə o, 1991-1993-cü illərdə "Həyat" qəzetində mədəniyyət şöbəsinin müdiri, 1993- 2002-ci illərdə "Azərbaycan" qəzetinin baş redaktoru vəzifələrində çalışmışdır. Prezident təqaüdçüsü idi.

Əmir Mustafayev 27 iyul 2007-ci ildə Bakı şəhərində vəfat etmiş, Qusar rayonunda dəfn edilmişdir.

• "Tərəqqi" medalı (1996);
• "Araz" ali ədəbi mükafatı;
• "Ustad" media mükafatı;
• "Kamil sənətkar" ali jurnalist mükafatı;