Şah İsmayıldan qaçaraq Gilana gedən Şeyxşah h.908 (1502)-ci ildə Şirvana qayıdaraq mübarizəsiz Sultan Mahmudun tərk etdiyi Şirvanşahlar taxtına çıxdı. Şahgəldi ağa Şirvanşahı tərk etməyə məcbur oldu. Şirvan əhli Şeyxşahın ədalətli hökmranlığından razı idi. Bir qədərdən, ehtimal ki, üç ildən sonra h.911 (1505/6)-ci ildə Şah İsmayılın sarayında yaşayan Sultan Mahmud əmisini devirib yenidən Şirvanda hakimiyyəti ələ keçirmək fikrinə düşdü. O, tezliklə Şirvanşahlar taxtını özünə qaytarmaq üçün Şah İsmayılın qızılbaş qoşun dəstəsi ilə Şirvana gəldi. Sultan Mahmud Şeyxşahın öz qoşunları ilə sığındığı Gülüstan qalasını üç aydan çox mühasirədə saxladı. Şeyxşahın vəziyyəti olduqca ağır idi. Lakin təsadüf onu məğlubiyyətdən və ölümdən qurtardı. Sultan Mahmudun sevimli qulu məmlük Qara bəy ağası yuxuda ikən onun başını kəsərək, elə həmin gecə Şeyxşaha göndərdi. Sevincək Şeyxşah təbil vurub bayraqları açmağı əmr edərək, səhərin açılmasını gözləmədən qoşunları ilə qaladan çıxdı. Qəfil yaxalanmış qızılbaşlar qaçmağa üz qoydular. Lakin onların çoxu əsir düşdü və öldürüldü. Y.A.Paxomovun fikrincə, Sultan Mahmudun səfəvi qoşunları ilə Şirvana yürüş edərək Şamaxını və Şəbəranı tutması numizmatik məlumatlara görə h.911 (1505/6)-ci ildə baş vermişdir.

Belə ki, həmin vaxt bu şəhərlərdə kəsilən sikkələr Şeyxşahın deyil, Şah İsmayıl səfəvinin adından zərb edilmişdir. Y.A.Paxomov bundan belə bir nəticə çrxarmışdır ki, "Əvvələn, Sultan Mahmuda yardım göstərən Səfəvilər təkcə Şamaxını deyil, Şəbəranı da zəbt etmişdilər, ikincisi bu yardımın əvəzində Sultan Mahmud özünü Şah İsmayılın təbəəsi kimi tanımağı və onun adından sikkə kəsdirməyi öhdəsinə götürmüşdü".

S. Aşurbəyliyə görə, Sultan Mahmud öldürüldükdən sonra Şeyxşah Şirvan taxtında ancaq Şah İsmayılın ali hakimiyyətini qəbul etmək və onun adından pul kəsdirməklə möhkəmlənə bilmişdi. O, yalnız bundan sonra asudə hakimiyyət sürməyə başladı. Lakin mənbələr Sultan Mahmudun Şeyxşahın olduğu qalanı üç ay ərzində mühasirədə saxladığını xəbər verirlər. Şeyxşahın adından, demək olar ki, iki il (h.911–912 (1505–1506/7)-ci illər) sikkə kəsilməməsi isə ehtimal etməyə imkan verir ki, Şeyxşah qızılbaşların Gülüstan qalası yaxınlığında məğlubiyyətindən sonra yalnız Şah İsmayılın ali hakimiyyətini tanıdıqdan və ona tabe olduqdan sonra Şirvanda hakimiyyətini davam etdirmişdir.

Lakin Şeyxşah Şirvanı müstəqil idarə etmək fikrindən əl çəkməmişdir. Şah İsmayılın h.913 (1507/8)-cü ildə zülqədərlər tayfasının iğtişaşını yatırtmaq üçün Mərəş vilayətinə işğalçılıq yürüşündən istifadə edən Şeyxşah İsmayıla ödəməli olduğu xəracı verməkdən boyun qaçırdı və onun elçilərinə ehtiram göstərmədi. Həmin vaxtdan, yəni h.913 (1507/8)-cü ildən Şeyxşah yeniden öz adından sikkə zərb etdirməyə başladı. Şah İsmayıl Şeyxşahın xərac vermək istəməməsi ilə əlaqədar h.915 (1509)-ci ilin sonlarında ikinci dəfə Şirvana yürüş etdi. O, Kür çayına çatıb onu ponton körpülərlə keçdi. Bu xəbər bütün Şirvana yayıldı. Şahın gəlməsini eşidən Şeyxşah qüvvələr nisbətini nəzərə alıb Buğurt qalasına çəkildi. İsmayıl əmirlərini Şamaxını tutmağa göndərdi, özü isə qoşunlarının bir hissəsi ilə Bakıya yollandı. Bakı qalasının komendantı (kütüval) hədiyyələrlə şahın qərargahına gələrək itaət göstərdi və şəhərin açarlarını ona təqdim etdi. İsmayıl Bakıdan Şəbərana getdi. Bu vilayətin valisi və digər Şirvan qalalarının hakimləri də şahın hüzuruna tələsərək, öz itaətlərini bildirdilər və buna görə mükafata və fəxri paltara layiq görüldülər. Şah həmin qalaların idarə olunmasını Lələ bəy Şamluya həvalə etdi.

Bundan sonra İsmayıl Dərbəndə yaxınlaşdı. Dərbənd istehkamlarının möhkəmliyinə güvənən əmirlər Yar Əhməd ağa və Məhəmməd bəy şahın qarşısına çıxmadılar və ona hədiyyə göndərmədilər. Şah İsmayıl Dərbəndi mühasirəyə almağa başladı. Qızılbaşlar qalanın bürcləri altından 12 lağım atdılar. Mühasirədə olan Dərbəndilər qızılbaşların üstünə daş və ox yağdırırdılar. Müqavimət göstərməyin mənasızlığını görən Yar Əhməd ağa və Məhəmməd bəy boyunlarında qılınc, çiyinlərində kəfən İsmayılın qərargahına gələrək, təslim olmağa razılaşdılar. Şah Mənsur bəyi Dərbənd hakimi təyin etdi. İsmayıl Şeyx Heydərin 22 il Təbərsəranda qalmış cənazəsinin qalıqlarını Ərdəbilə köçürüb orada ailəvi türbədə dəfn etməyi əmr etdi. Şirvanı yenidən özünə tabe edən Şah İsmayıl Kürü keçib qışı Qarabağda keçirdi, baharda isə Təbrizə qayıdaraq, Xorasan üzərinə yeni yürüşə hazırlaşmağa başladı. Şirvana səfərindən sonra şahın uğurlarını və qələbələrini görən Şeyxşah onunla yaxınlaşmaq qərarına gəldi və xərac verməyə razı oldu.

Şah İsmayıl h.916 (1510/11)-cı ildə Xorasanda Şeybək xana qalib gəldikdə Şeyxşah, digər hakimlər kimi, İsmayılın sarayına səfirlik göndərərək, onu təbrik etdi. Həmin vaxtdan şahla dostluq münasibətləri kəsilmirdi. İsmayılın Şeyxşaha iltifatlı münasibəti şah h.920 (1514)-ci ildə türk sultanı Səlimlə Çaldıran vuruşmasında məğlubiyyətə uğradıqdan az sonra özünü göstərdi. H.924 (1518)-ci ildə Təbriz sarayında şahzadə Sam Mirzənin anadan olması təntənə ilə qeyd edilərkən şah Şeyxşahla danışıqlar aparmaq üçün əmirləri Mirzə şah Hüseyni və Cəmaləddin Məhəmmədi Şirvana göndərdi. Onlar Şirvanşahı İsmayılın ona yaxşı münasibət bəslədiyinə əmin etdilər və Təbrizə gəlmək dəvətini yetirdilər. Şeyxşah cavabında onlarla birlikdə İsmayıla cins atlar, Bərdə qatırları, türk və Avropa parçaları, çoxlu pul, daş-qaş yolladı və oğlunu səfəvi sarayına göndərməyi, əgər şah əmr edərsə, şəxsən özünün gəlməsini vəd etdi. Həsən bəy Rumlunun məlumatına görə Şeyxşah h.924 ()-cü ildə başqa hakimlərlə birlikdə, şahın Təbrizdəki sarayına gəlmişdir. Belə ki, Münəccimbaşı yazır: "O (Şeyxşah), Şah İsmayılla sülhə can atır, ona qılıq göstərirdi və h.927 (1521)-ci ildə onun hüzuruna gəlmişdi". Şah İsmayıl ona böyük iltifat və ehtiram gostərdi, Şirvanı idarə etmək haqqında yeni fərmanlar verərək öz ölkəsinə yola saldı.

Şirvanşah söz verdiyi kimi oğlu, Sultan Xəlili qiymətli hədiyyələrlə Təbrizə, İsmayılın sarayına göndərdi və dostluq münasibətlərini daha da möhkəmləndirmək məqsədilə şahın qızını oğluna istədi. Təklif qəbul edildi və İsmayıl qızı Pərixan xanımı Şirvanşahın oğlu sultan Xəlilə nişanladı. H.919 (1523)-cu ildə Şah İsmayıl Şirvanşah Şeyxşahın qızı ilə evlənmək istədiyini bildirdi. O, həmin məqsədlə əmir Cəlaləddin Məhəmmədi və Dəmir bəyi qiymətli hədiyyələrlə Şamaxıya göndərdi. Bu təklifdən son dərəcə məmnun qalan Şeyxşah şahın elçilərini böyük ehtiramla qəbul edib, qızını onlarla və məiyyətin müşayiətilə şaha göndərdi. H.929-cu il zilhiccə ayının 25-də (5 noyabr 1523-cü il) Təbriz yaxınlığında Şah İsmayılla Şirvanşahın qızının dəbdəbəli toyu oldu.

19 avqust 1516-cı ildə Yavuz Səlimin özünü xəlifə elan etməsi ilə bağlı fəthnaməsi ilk dəfə Şirvanşaha göndərilmişdir. Şirvanşaha fəthnaməni İdrisi Bitlisi şəxsən təqdim etmişdir. Şirvanşah 1521-ci ildə Sultan Süleymanın taxta çıxmasını təbrik edən bir məktub göndərmişdi. 1524-cü ilin iyulunda Süleymandan Şah İsmayılın vəfatı ilə bağlı xəbərlərin doğru olub-olmaması ilə bağlı məktub almışdır.

Münəccimbaşının məlumatına görə Şeyxşah 22 il "ədalətlə və tərəfgirsizliklə hökmranlıq sürmüş və h.930 (1524)-cu ildə öz əcəli ilə ölmüşdür". Mənbələrdə o, müdrik, ədalətli, mömin və üləmalara hamilik edən bir hökmdar kimi xatırlanır.

Şirvanşah II İbrahimin yeddi oğlu olmuşdur. Bilinən oğulları:

• Məhəmməd Mirzə — I Təhmasibin sarayına gəlmiş və h.935 (1528/9)-ci ildə Zurabad yaxınlığında özbəklərlə döyüşdə həlak olmuşdur.
• Müzəffər Mirzə — qohumu Şamxalın ölkəsinə getmiş və orada qalaraq onun himayəsində yaşamışdır.

Mənbələrdə Şeyxşahın bir oğlunun Dağıstana, qohumu Şamxalın yanına qaçaraq onun himayəsində yaşamış azyaşlı Şahruxun atası Fərrux Yasar, yaxud Fərrux Mirzə və ya Sultan Fərruxun da adı çəkilir. Hürşah Şeyxşahın oğlu Müzəffər Mirzənin adını xatırladır. Ehtimal ki, o bu adla Fərrux Yasarı nəzərdə tutmuş, yaxud da o, Şeyxşahın dördüncü oğlu olmuşdur. Mənbələrdə Şeyxşahın qalan oğlanlarının adı çəkilmir.

Şirvanşah II Şeyx İbrahimin adından Şamaxıda h.908–910 (1502–1504/5)-cu illərdə, sonralar isə h.913 (1507/8)-cü ildən başlayaraq, 930 (1523/4)-cu ilədək – onun ölümünədək hər il gümüş sikkələr kəsilmişdir. Sikkələrdə aşağıdakı kitabələr həkk olunmuşdur. Üz tərəfində (Sultan) əlahəzrət (Şeyx İbrahim). Əks tərəfdə: (Zərbxana) Şamaxı (il) və ənənəvi din rəmzi. H.920 (1514/5)-ci ildə kəsilmiş pulların əks tərəfində sünni əvəzinə şiə rəmzi və epitetləri göstərilmədən on iki imamın adı çəkilir ki, bu da Səfəvilərin, ehtimal ki, Şah İsmayılın xatirinə şiəliyi qəbul etmiş Şirvanşah üzərində nüfuzunu göstərir.