İsgəndər Cəfərov 1948-ci ildə Bakı şəhərində anadan olub. Ali təhsilini 1971-ci ildə Azərbaycan Dövlət Neft və Sənaye Universitetində alıb. O, Geoloji-kəşfiyyat fakültəsini Mühəndis-geofizik ixtisasını üzrə bitirib.

İsgəndər Cəfərov 1993–1997-ci illərdə Moskvanın Ümumittifaq Elmi Tədqiqat Neft İnstitutunda baş elmi işçi vəzifəsində çalışıb. Sibir-Ural neft qazkimya şirkətinin böyük vitse-prezidenti vəzifəsini icra edib. Habelə İsgəndər Cəfərov Xəzər dənizinin bir sıra yataqlarının ehtiyatlarının hesablanması üzrə yerinə yetirilən işlərdə iştirak edib, Tengiz, Karaçağanak və Samotlor yataqları üzrə ekspert olub.

İsgəndər Cəfərov 1975-ci ildə fəlsəfə doktoru, 1986-cı ildə geologiya-mineralogiya üzrə elmlər doktoru elmi dərəcələrini alıb. O, 1989-cu ildə Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının müxbir üzvü seçilib. 1998-ci ildə isə Rusiyanın Təbiət Elmləri Akademiyasının həqiqi üzvü seçilib.

Elm sahəsi geoloji obyektlərin xüsusiyyətlərinin modelləşdirilməsi və proqnozlaşdırılmasının riyazi üsullarının inkişafı olub. O, petrofiziki əlaqələrin, geofiziki parametrlərin, geoloji modellərin qurulması və neft-qazın təbii rezervuarlarının ehtiyatlarının qiymətləndirilməsi zamanı ehtimal determinent yanaşmadan istifadə edib. İsgəndər Cəfərov öz tədqiqatlarını sistem yanaşma əsasında və geoloji-geofiziki məlumatların analizində kompüter texnologiyasından istifadə etməklə aparmış, karbohidrogen yataqlarının kəşfiyyatı məsələlərinin həllində orijinal kompüter proqramlarını işləyib hazırlamışdır.

İsgəndər Cəfərovun 127 elmi əsəri, o cümlədən 9 monoqrafiyası nəşr olunub. 11 patentin müəllifi olan Cəfərovun rəhbərliyilə 17 fəlsəfə doktoru hazırlanıb.

İsgəndər Cəfərov İ. M. Qubkin adına mükafatın laureatı olub. Həmçinin Rusiyanın Fəxri neftçisi adı ilə təltif olunub. 2006-cı ildə elm və texnika sahəsində RF Dövlət mükafatına layiq görülüb.